Вернувшись с Мурмана в Архангельск, Борисов первым же рейсом парохода «Ломоносов» отправился на Новую Землю. По дороге он познакомился с участниками экспедиции Казанского университета, следовавшей в Заполярье для наблюдения за полным солнечным затмением. По просьбе ученых он остановился с ними в Малых Кармакулах и написал два этюда затмения, на основе которых позднее родилась большая картина.

Из Малых Кармакул Борисов перебрался в Поморскую губу в западном устье Маточкина Шара, где жило несколько ненецких семей. С семьями Пырерки и Вылки он подружился на долгие годы. Подрядив нескольких ненцев, художник решил пройти на карбасе проливом Маточкин Шар до Карского моря. По дороге из-за ледяных заторов случалось много остановок, которые Борисов использовал для написания этюдов. До Карского побережья добраться не удалось, и ему пришлось пешком пройти до мыса Выходного, чтобы с его высоты посмотреть на таинственное море.

Почти два месяца провел художник на Маточкином Шаре, неустанно работая над этюдами.

Некоторые этюды Борисов позднее переработал в картины, но большинство их осталось в качестве самостоятельных произведений и экспонировалось на выставках. Пятьдесят шесть этюдов за 8 тысяч рублей приобрел Павел Михайлович Третьяков. Они заняли целый зал его галереи в Москве.

И всё же Борисов не был полностью удовлетворен двухмесячным пребыванием на Новой Земле. У него возникло желание перезимовать на Маточкином Шаре, а весной на собаках двинуться по береговым припаям на север, до мыса Желания: писать этюды, делать съемки берега, собирать коллекции. То есть принести пользу и искусству, и науке. Очень скоро эта мечта приобрела реальные формы. Но прежде чем отправиться на Новую Землю, Александр Алексеевич решил осуществить рекогносцировочный маршрут по Большеземельской тундре и на остров Вайгач. Надо было научиться спать на снегу, работать на морозе, есть сырое мясо, переносить одиночество.

Залив Чекина на берегу Карского моря. Новая Земля. 1901. Холст на картоне, масло

Ночь в Большеземельской тундре в апреле. 1898. Холст на картоне, масло

В декабре 1897 года Борисов выехал поездом из Петербурга в Архангельск. В этой экспедиции он не ограничился написанием этюдов. Все свои наблюдения художник изложил в путевых литературных очерках «У самоедов. От Пинеги до Карского моря», вышедших отдельной книгой в Санкт-Петербурге в 1907 году. Путешествие оказалось масштабным и ярким.

Вернувшись, Борисов подробно изложил суть большой экспедиции на Новую Землю в письме председателю Русского географического общества Петру Петровичу Семёнову-Тян-Шанскому с целью заручиться его покровительством и поддержкой. Художник планировал приобрести небольшое парусное судно, погрузить на него сруб дома-мастерской и отплыть к восточному входу в пролив Маточкин Шар. Там предстояло собрать дом и перезимовать, а весной он хотел двинуться на собаках вдоль побережья к северной оконечности Новой Земли – мысу Желания. Для второй зимовки художник собирался вернуться в дом-мастерскую на Маточкином Шаре, а в следующую навигацию отплыть морем в Архангельск.

Министр финансов выделил для экспедиции Борисова 26 тысяч рублей, к ним художник добавил своих 7 тысяч, полученных за картины от Третьякова, и путешествие состоялось. Ход своей новоземельской экспедиции Борисов описал в книге «В стране холода и смерти», вышедшей в Санкт-Петербурге в 1909 году.

Вернувшись в столицу, Борисов с удивлением узнал, что в мастерской для обработки собранных материалов ему отказали. Пришлось снимать помещение за свой счет на Васильевском острове.

И всё же поездка на Новую Землю, множество привезенных этюдов и рисунков сделали художника героем дня. Немало хороших слов было сказано о нём Репиным, Васнецовым, Стасовым.

Весь 1902 год Борисов усиленно работает в своей мастерской, обобщая собранный материал, пишет большой очерк о своем путешествии для журнала «Нива». Но оказалось, что подготовить путешествие на Новую Землю легче, чем устроить выставку созданных работ. К тому же целый год ушел на картину «Страна смерти». Публика встретила ее по-разному, но восхищенный В. А. Гиляровский, которому не откажешь во вкусе, даже написал стихотворение:

Картины полярной природы пожелал увидеть император Николай II. 1 марта 1903 года в Зимнем дворце открыли экспозицию работ Борисова для царской фамилии. Царь приобрел картину «Страна смерти» и передал ее в Русский музей.

Летом 1903 года Борисов снова едет рейсовым пароходом на Новую Землю и месяц живет в своем доме на Маточкином Шаре. Оттуда он привозит несколько альбомов с рисунками. Ряд работ художника приобретают для Русского музея. Одновременно царь заказывает ему пять картин по его выбору.

Начало XX века отмечено творческим подъемом Борисова. Накопив этюдный материал, он одну за другой создает картины. Вместе с тем Александр Алексеевич стал проявлять себя и в другом качестве: он пишет статьи в газеты о богатствах Севера, о проводке караванов по Севморпути.

Имя Борисова стало известно за границей. Первыми его пригласили к себе венские художники – по рекомендации Юлиуса Пайера и Карла Вейпрехта, первооткрывателей Земли Франца-Иосифа. Экспозиция в Вене оказалась первой персональной выставкой Борисова. Несмотря на то что Русский музей отказал в выдаче картин, рецензенты отмечали, что таких залов нельзя отыскать в Москве и Петербурге. Посыпались заказы и предложения по продаже.