Бухарский хан Абдалла (правление 1557–1598) отправил в 1572 году в Сибирь религиозную миссию с целью укрепления ислама, а в 1598 году в послании своему протеже, сибирскому хану Кучуму (пр. 1563–1598), еще раз подчеркнул религиозное значение защиты Сибири от русских: «Врагами нашей веры в настоящее время являются кафиры [русские]… тебе нужно заключить мир [с местными азиатскими вождями] и подумать о том, чтобы снова изъять твои земли из рук кафиров. Если ты не понимаешь этого сейчас… то останешься бессильным перед кафирами».

Кучум и Абдалла умерли вскоре после составления этого послания, а Россия продолжила поглощение Сибири, и хотя это столкновение создало напряжение в отношениях между Бухарой и Москвой, оно не воздвигло религиозных барьеров для дальнейшего общения.

Несмотря на отдельные конфликты между «верующими» и «неверными», как называли друг друга представители обеих религиозных конфессий, религия с самого начала стала важным государственным вопросом в отношениях между Россией и Средней Азией в связи с паломничеством и заключением браков. Эти ситуации спорадически повторялись в период, когда Астраханское ханство подчинилось России в XIV столетии и далее из-за русской оккупации через три столетия. Наиболее удобные пути для паломников из Средней Азии в Мекку проходили прямо через Персию, но они блокировались враждебными мусульманами шиитского вероисповедания, и теперь для суннитов была закрыта основная альтернативная дорога через территорию татарского Астраханского ханства. Поэтому мусульманам приходилось добиваться разрешения проходить по территории, удерживавшейся Россией, чтобы совершить продолжительное путешествие через Черное море в Стамбул, а оттуда в Мекку. Дипломатическая почта в Россию из Бухары и Хивы, особенно в XVII и XVIII веках, часто содержала просьбы об обеспечении беспрепятственного прохода мусульман в их Священный город. Как правило, русские неохотно давали такое разрешение. До указа Екатерины II от 9 мая 1780 года позиция царствующего дома относительно связей между мусульманскими странами оставалась негативной: «Одним из политических правил было… блокировать связи с единоверцами, как для мусульман, проживающих в границах империи, так и для мусульман, не являющихся подданными [России], населяющими Великую Татарию, через данную территорию, с Крымом, Кубанью и Оттоманской Портой».

Отношение России к мусульманству изменилось к концу десятилетия. Императрица дала ход программе обращения в ислам казахов, используя на равнинах казанских татар в качестве миссионеров. Их деятельность была призвана ослабить влияние в регионе бухарских мулл. Несмотря на упорное сопротивление реализации этой программы со стороны казахов, такой татарский прозелитизм успешно продолжался при официальной поддержке царских властей.

Несмотря на подобный поворот во внешней политике России, который спровоцировала просьба, переданная в 1780 году бухарским правителем Абул Гази (пр. 1758–1785) через своего посланника в Санкт-Петербурге муллу Ир Назар-бека Максудова, от русских властей не поступило ответа на запросы о свободном проходе паломников через Россию. Они продолжали относиться сдержанно к каждому такому обращению. Министр иностранных дел России граф К. В. Нессельроде мог в 1842 году только потянуть время с ответом хану Коканда Шир Али (пр. 1842–1845) по аналогичному запросу. «Считаю необходимым заявить вам, что прохождение паломников может не ограничиваться подданными Коканда, но также относиться к жителям других азиатских владений. Следовательно, возникает необходимость более широкого предварительного взгляда на этот вопрос, и когда будут найдены средства удовлетворения этой петиции без ущерба существующим в России полицейским правилам, власти Коканда будут извещены… Однако из уважения к вашей личной просьбе в прошлом году было дано разрешение прохождения через территорию России Мухаммаду Шариф Ходжа Касиму Ходжа-оглы».

Другая религиозная проблема, часто поднимавшаяся в дипломатической переписке, – браки между жителями Средней Азии и российскими подданными – возникала из-за затягивавшегося пребывания в России азиатских купцов, которые обычно брали в жены татарских и башкирских женщин. Упрямство царских властей, которые запрещали азиатам забирать с собой мусульманских жен и детей в Хиву или Бухару, вызывало поток официальных петиций с просьбами разрешить этим семьям эмигрировать. Авторам петиций отказывали скорее не по религиозным соображениям, а из-за нежелания позволить людям ускользнуть из-под российского государственного контроля.

Такое положение сравнимо в некотором отношении с проблемой тех русских, которые прожили всю жизнь рабами в Бухаре и Хиве, нередко принимали ислам и женились на местных девушках. Вероотступничество – смертный грех по канонам ислама – также противоречило и канонам русского православия, обращение в которое для мусульманина было хуже, чем обращение в язычество. Для русских церковных иерархов, имевших сильное влияние в правительственных учреждениях, потеря любого русского, который стал мусульманином (обасурманился) до такой степени, что отождествлял свои интересы с мусульманской общиной, была особенно огорчительной. А усилия русских по освобождению соотечественников из рабства были очень рискованными. То, что русские вероотступники временами служили двойными агентами против русских дипломатов, пытавшихся завербовать их для разведывательной работы в Бухаре или Хиве, подтверждал посол Петра Великого Флорио Беневени. Он докладывал, что русский, обращенный в мусульманство, знавший о деятельности дипломата в Бухаре, однажды раскрыл тайного курьера Беневени к хивинским властям.

После 1800 года, видимо, ни один повод, касавшийся Средней Азии, не возбуждал общественного негодования в России больше, чем воображаемая судьба христиан под «варварским» гнетом и чувство священного долга по их освобождению. Весьма вероятно, что национальная гордость, как и благочестие, являлись для официальных лиц мотивами особого внимания к судьбе русских пленников в Хиве. Религиозный фанатизм, которого Россия всегда справедливо или несправедливо опасалась в Бухаре, древнем мусульманском религиозном центре, вспыхнул сразу после вторжения царских войск, но еще раньше он разразился в наиболее опасной форме в Кокандском ханстве, расположенном южнее Хивы и Бухары.

Жестокий хан Коканда Алим (пр. 1800–1809) после подчинения большинства соседних территорий, присоединения их к своему владению и замирения с другими азиатскими соседями определил, кто был его реальным врагом. В конце своего правления, осознав, что царская Россия является главной угрозой власти Коканда, как и независимому существованию исламской Азии, Алим-хан заявил: «У нас нет более опасных врагов на этих землях, кроме неверных русских. Теперь нам надлежит проводить кампании во имя ислама, газават, так же как джихад против этого нечестивого стада, и опоясаться боевым поясом в борьбе против них».

Следуя такому предписанию, его наследники укрепили северную границу Коканда, прежде чем русская и кокандская армии не пришли во взаимодействие. Религиозная война, провозглашенная Алим-ханом, отсрочилась почти на два десятилетия, до тех пор, пока противники не определили общие границы и пока не возросла их взаимная неприязнь.

Шагом в этом направлении стал отказ российского МИДа послу Коканда ходже Миркурбану посетить Петропавловск в 1831 году. Отказ допустить посла на территорию России вызвал негодование и призыв кушбеги Ташкента к казахам Среднего джуза и к Коканду вести войну за веру против неверных русских. К священной войне подстрекала также мусульманская Турция в связи с ее конфликтом с Россией в 1828 году и в связи с напряженностью в начале 1860 года, особенно после захвата Россией Токмака.