О джихаде снова широко возвестил полководец, мулла Алимкул, который после уведомления в 1864 году о том, что его войска окружили значительные силы русских у Ак-Булака к северо-востоку от Ташкента, отдал своим подчиненным приказ в принятой у мусульман манере: «…вступить с ними [русскими] в переговоры… Если они примут ислам и раскаются в своих действиях, то к ним следует проявить доброту и оставить целыми и невредимыми. В противном случае я сам приду… со всеми своими войсками и артиллерией и обращу их в пыль и пепел силой своего меча».

В результате столкновения был убит или ранен каждый пятый солдат, прежде чем русский отряд сумел вырваться из окружения.

Таким образом, к окончанию спора между Кокандом и Россией перед захватом Ташкента раздор принял характер священной войны. Он принял форму мелких столкновений и нескольких крупных сражений, в которых, однако, религиозные соображения играли не главную роль. В самом начале, в IX веке, противоборство происходило в виде грабительских рейдов, затевавшихся с русской территории славянами или скандинавами с восточного побережья Каспийского моря. Часто на стороне русских в битвах участвовали хазары, булгары или половцы (куманы).

Аналогичным образом тюркские кочевники равнин составляли мощную силу армий хана Батыя, вторгшегося на территорию Руси между 1237 и 1240 годами. А к концу XIV века русские снова оказались вовлеченными в битвы, когда Тимур (Тамерлан) (пр. 1370–1405) и его воины сокрушили Золотую Орду с ее славянскими отрядами. Эти сражения имели место в Северном Хорезме и Южной Руси. После падения Золотой Орды и образования отдельных ханств военное противостояние Русского государства и Средней Азии хотя и продолжалось, но в меньшем объеме. Это происходило до тех пор, пока их отношения не приняли новый оборот, когда русская южная граница, сократившаяся под давлением кочевников в XI и XII веках, продвинулась далеко на юг.

Предтечей экспансии на юг стали казацкие поселения, которые подготовили почву для прямых военных действий против Средней Азии с форпостов в районе реки Яик (Урал). Из этой пограничной зоны совершались кровавые набеги. Атаман Нечай Старенский с яицкими казаками в ходе внезапного нашествия 1603 года проникли в центр Хивинского ханства, где захватили и разграбили столицу Ургенч, но затем их окружил Араб Мухаммад-хан I (пр. 1602–1621). После кровопролитного сражения казаки сумели вырваться и вернуться домой с захваченными женщинами и трофеями. Имеются сведения, что в том же веке казаки дважды подвергались истреблению, когда пытались совершить такие же набеги.

В отличие от внутреннего замирения в России в Средней Азии усилилась междоусобная борьба. В XVII и XVIII веках создалась обстановка, когда нельзя было ожидать, чтобы с территории ханств предпринимались сколько-нибудь эффективные военные вторжения на территорию России. И созидатель империи Петр I стал проявлять интерес к экспансии на юг. В результате российские власти тщательно спланировали военную экспедицию, выдававшуюся за дипломатическую миссию в Хиву.

В 1717 году русский отряд численностью 3500 человек, преодолев немалые трудности и пустыню, достиг Хивы. Он был разгромлен, а немногие оставшиеся в живых казаки попали в пожизненное рабство. Этому фатальному для русских походу под командованием Александра Бековича-Черкасского предшествовали в 1716 году попытки построить первые русские крепости на побережье залива Тюб-Караган на восточном берегу Каспийского моря, а также южнее, вблизи места, которое называется сейчас Красноводск. Разгром русских под Хивой заставил их покинуть эти форпосты, и экспансия Петра в Азию прекратилась.

Более эффективным стал русский поход во время военной кампании 1715 года под командованием полковника Ивана Бухгольца во главе отряда примерно в три тысячи человек. Он прошел вдоль реки Иртыш от Тобольска к Ямыш-озеру, где была построена крепость. Попав там в осаду калмыков под водительством Черин-Дондука, русский отряд покинул крепость, лишь 700 человек из него смогли отступить к устью реки Ом. Здесь в 1716 году потрепанный отряд основал крепость, которая позднее превратилась в город Омск. Бухгольц, как Бекович-Черкасский в Хиве, погиб во время похода.

Лишь через два года был воздвигнут форт Семипалатинск, а в 1720 году подобная крепость появилась в Усть-Каменогорске. Новая пограничная крепость Оренбург была сооружена в 1735 году на том месте, где сейчас стоит Орск в устье реки Ор. К 1743 году крепость переместилась на запад к своему нынешнему положению у слияния рек Урал и Сакмара. Троицк был основан в том же году, когда Оренбург занял свое второе место, а через десять лет был заложен Петропавловск (1752).

Теперь граница между Россией и Азией на большом протяжении была обозначена. Поворачивая на западе к древнему городу Астрахань, Яицкому городку (Уральску), основанному в 1620 году, и Гурьеву, построенному в 1645 году, эта граница напрямую сокращала старую границу, проведенную по линии Уфа – Тобольск – Сибирь, обрезав края азиатских соседей на всем пути от севера каспийского побережья к китайской границе. С этих пор, сочетая военное давление с дипломатической активностью, русские повели наступление, имевшее целью нарушить хрупкое равновесие между недостаточно хорошо скоординированными из единого центра частями оборонительной системы противника. Кочевые казахи, киргизы и туркмены формировали внешнее кольцо подвижной обороны жизненно важного ядра ханств, расположенных в середине и являвшихся прочным фундаментом, на который кочевники могли опираться или отдаляться в определенных ситуациях. Казахи и туркмены, занимавшие периметр, разделяли неприязнь к нападавшим русским с Хивой, Бухарой и Кокандом, которые во многих случаях снабжали кочевников всем необходимым, чтобы поддерживать оборонительную систему в боевом состоянии.

Цель наступления русских состояла в ликвидации и дезорганизации важных частей всей системы. Русские начали действовать в соответствии с этой необходимостью, когда их новые передовые посты оказались в постоянном соприкосновении с азиатами. В течение XVIII века русские трудились на строительстве серии укреплений по линии Яик – Оренбург – Ишим – Иртыш, которые консолидировали оборону России против нежелательных набегов казахских всадников и тем самым облегчили подготовку к своему дальнейшему продвижению. В систему этих линий вошли 46 фортов и 96 редутов.

Царские войска пережили кратковременные трудности, когда многие казахи присоединились к Емельяну Пугачеву в борьбе против царской власти в 1773–1774 годах, захватив Гурьев, Петропавловск, Троицк и осадив Оренбург. Но после этого русские войска двинулись на юг именно с этих баз. Они жестоко подавляли сопротивление казахов в первой половине XIX века и поменяли на вражду значительную часть доброй воли, которой отличались их прежние дипломатические усилия.

Примерно с 1836 по 1846 год султан Кенесары Касымов (1802–1847), некогда союзник русских, стал их наиболее ярым противником на равнинах Казахстана. В этот период у казахов накопились бесчисленные обиды против русских, и способный военный предводитель Кенесары Касымов не только возглавил сопротивление казахов, но и обличал несправедливости, которые терпел его народ от царизма. В жалобе председателю Пограничной комиссии Оренбурга в июне 1841 года Кенесары Касымов представил причины своего сопротивления таким образом: «По примеру предков наших, хана Аблая, принявшего присягу на верноподданство Великому Государю Императору, мы располагались кочевьем на Исель Нуре, уповая на Бога и не беспокоясь ни о чем, как только о спокойствии нашего народа, но вдруг грянул на нас гром следующим образом… В 1825 году… Султан Ямантай Букеев… наговорил на нас начальнику Каркаралинского приказа Ивану Семеновичу Карначеву, который, выехав с 300 русскими и 100 человеками киргизов… разбил аулы султана Саржана Касымова… и награбил бесчисленное множество скота и имущества и убил 64 человека, остальные же спаслись бегством. В 1827 году… 200 человек под начальством майора Мингряву разбили аулы отрядов Алике и Чубуртпалы, убили 58 человек и разграбили бесчисленное имущество… В 1830 году… команда… убила 190 человек… В 1831 году… команда в 500 человек под начальством подполковника Алексея Максимовича… убила 450 человек и увезла дитя Саржана [Касымова]… В 1832 году… команда в 250 человек под начальством Петра Николаевича Кулакова… убила 60 человек… В 1836 году… 400 человек под начальством майора Тинтьяка… убили 250 человек… В 1837 году… 400 человек под начальством Ивана Семеновича Карпачева разграбили аликинцев, калкамановцев и туртуловцев и убили 350 человек».