Лишь постепенно стало ясно, что правящие круги Голландии, после всех произошедших событий, не полностью владели ситуацией. Отчасти это было вызвано сильным влиянием штатгальтерства. Но причины нидерландского политического кризиса 1648-49 гг. лежали также в трениях внутри самой Голландии и между ней и другими провинциями, которые, в конечном счете, позволили Вильгельму II разделить Голландию и сплотить остальные провинции против нее. В некоторой степени эти осложнения носили экономический характер. Если коммерция и промышленность в Голландии оказались в выигрыше от экономических последствий мира (см. стр. 34-36 ниже), то этого нельзя было сказать о других провинциях. Зеландия, как и в 1609 г., потерпела немедленный и резкий экономический упадок, потому что, как объясняли Штаты Зеландии, «вся торговля и коммерция на Шельде, Сасе и Звине [водная магистраль, соединявшая Зеландию с Брюгге, Гентом и Антверпеном] с каждым днем все больше и больше оскудевает, будучи отрезана от фламандских морских портов». Ибо снятие морской блокады фламандского побережья снова позволило поставлять на юг соль, вина, рыбу, зерно и продукты балтийского импорта из Голландии, и, на голландских кораблях, напрямую из Балтики, в обход Зеландии и устья Шельды. Тем временем резкое сокращение численности гарнизонов и военных расходов привело к тому, что рецессия распространилась по всей большой дуге внутренней оборонной цепи от Делфзейла до Слёйса. Отказ Голландии от оказания помощи Вест-Индской компании, которая в это самое время потерпела катастрофическое поражение в Бразилии, стал еще одним поводом для недовольства, особенно в Зеландии и Гронингене — провинциях, чьи инвестиции в компанию были намного выше, чем у Голландии.

Возмущение, вызванное этими неблагоприятными переменами, приобрело еще более массовый характер из-за череды неурожаев, вызванных стоявшей в Соединенных Провинциях на протяжении нескольких летних сезонов сырой, ветреной погодой, и последующего стремительного роста цен на хлеб — явления, давшего о себе знать по всей Европе. Для бедных ремесленников, кормивших свои семьи, главным образом, хлебом, в 1648-50 гг. уровень жизни резко упал до одного из самых низких за весь XVII в. Этот кризис был не менее значительным, хотя и более коротким, чем тот, который рабочие пережили во время экономического спада 1621-31 гг. В нескольких памфлетах того времени утверждалось, что высокие цены на продовольствие и непогода были признаками того, что Бог недоволен кощунственным миром, заключенным в Мюнстере. Антони Врун, первый испанский посол в Соединенных Провинциях, в феврале 1650 г. докладывал, что растущая нестабильность и потенциальная угроза народных волнений в Нидерландском государстве были вызваны, главным образом, не штатгальтером или военными элементами, но «gente mecanica», простыми ремесленниками, которых подзуживали проповедники. Вновь повторив это наблюдение в донесении в Мадрид месяцем позже, он замечает, что, по мнению рядовых голландцев, они живут сейчас хуже, чем во время войны из-за того, что цены на хлеб стали существенно выше. Аналогичным образом историк Айтзема считал ключевым элементом нидерландского конституционного кризиса 1650 г. простой народ. Он подчеркивал, что за пределами Голландии простые люди в целом были настроены антиголландски, а внутри самой Голландии мнения разделились.

Еще одним фактором было неистовое рвение ортодоксальных кальвинистов. Большинство самых ярых антиголландских памфлетов, изданных в 1649-50 гг., были часто написаны радикально настроенными проповедниками, которые открыто приписывали высокие цены на хлеб, экономический коллапс в Зеландии и поражение в Бразилии тому, что Бог гневается на регентов за отказ в подобающей поддержке официальной Церкви и за их нечестивую веротерпимость к католицизму и протестантским сектам.

В этот момент отношения между регентами и Церковью омрачали несколько вопросов. Одним из источников неприязни были весьма скромные успехи, достигнутые в ходе распространения Реформации в Генералитетских землях (часть территории республики, управляемая напрямую Генеральными штатами. — Прим, ред.) — основная проблема, поставленная на повестку дня в результате заключения голландско-испанского мира. Во время переговоров в Мюнстере Испания пыталась оговорить уступку только «светского суверенитета» над Бейлевиком, крупной частью территории, аннексированной Республикой, стремясь защитить находившиеся в этой области 300 церквей и духовных обителей, и их земли и доходы. Судя по всему, голландские регенты готовы были согласиться на это условие, если бы не протест со стороны других провинций и Церкви. В конечном итоге было достигнуто соглашение о передаче «полного суверенитета», и, как только мирный договор был ратифицирован, началась попытка насаждения в Бейлевике протестантизма.

Главные усилия церковных деятелей Реформации, направленные на обращение в протестантскую веру не только Бейлевика, но и других аннексированных территорий, и Лингена, начались только в 1648 г., так как раньше, пока шла война, реформатские проповедники не имели возможности действовать за пределами укрепленных пунктов, занятых голландскими войсками. При распространении Реформации на вновь приобретенных территориях Генеральные Штаты по совету провинциальных синодов не стали создавать новые синодальные учреждения, но передали Генералитетские земли под духовную опеку уже существовавших синодов. Так, Статс-Фландрия и Берген-оп-Зом остались под юрисдикцией синода Зеландии, а барония Бреда — Южноголландского синода, тогда как Бейлевик был разделен на два классиса, подчиненных синоду Гелдерланда. В целях гарантии того, что процесс распространения протестантского вероучения в Генералитетских землях будет происходить на общей основе в виде коллективного предприятия Семи Провинций — которые совместно осуществляли суверенитет в этой области через посредничество Генеральных Штатов — был учрежден руководящий комитет из представителей всех провинциальных синодов.

В том, что касалось учреждений старой Церкви, Реформация в Генералитетских землях была проведена быстро. В Бейлевике Генеральные Штаты закрыли все 300 католических церквей и обителей, конфисковали их доходы и выбросили из них алтари и изображения святых. Главные церкви были побелены и заново освящены для реформатского богослужения. Были учреждены консистории, реформатские Библии и катехизисы сменили католическую духовную литературу в школах и городских библиотеках, а католические школьные учителя были уволены. Первые четырнадцать реформатских проповедников, направленных Генералитетом в Бейлевик, прибыли на место служения всего через несколько недель после заключения мира. Их количество выросло до тридцати шести к концу 1648 г. — и пятидесяти двух к концу 1649 г. Последнее число было близко к абсолютному максимуму, ибо в период своего наивысшего расцвета в XVIII в. реформатская Церковь в Бейлевике никогда не насчитывала больше шестидесяти проповедников. Одновременно Генеральные Штаты назначили в школы Бейлевика пятьдесят одного школьного учителя.

Аналогичные перемены произошли и в других недавно полученных Генералитетом землях, за исключением Маастрихта и Овермааса, где в соответствии с указом Генеральных Штатов от 1632 г. было разрешено отправлять католическое богослужение, и где католическая Церковь осталась в неприкосновенности. Процесс замены одного вероучения другим ускорился в тех землях, где штатгальтер обладал особенным влиянием. Фредерик-Хендрик, как правило, благосклонно относился к католикам, проживавшим в его владениях; но Вильгельм II, славившийся своей распущенностью, и по образу жизни бывший кем угодно, но только не кальвинистом, в отличие от своего отца увидел в ортодоксальном кальвинизме ценную опору для своей власти. Вскоре после заключения мира принц поручил дросту Бреды «немедленно и без отлагательства убрать из церквей все алтари и папистское убранство» и назначить реформатских проповедников в баронию за пределами города. До 1648 г. реформатские проповедники в Генералитетских землях не могли даже показаться за пределами стен городов, где стояли гарнизоны, поэтому, несмотря на подавляющее присутствие голландских войск с 1590-х гг. до 1625 г. и снова в 1637-1648 гг., Реформация в большей части баронии Бреда и сеньории Стенберген (см. карту 10) фактически началась только в 1648 г. То же самое с полным правом относится к местностям вокруг Хулста, Сас ван Гента и другим недавно аннексированным округам Статс-Фландрии. Вильгельм II также распространил Реформацию в своем графстве Линген, дав указание его дросту, Рутгеру ван Хэрсолте, изгнать католических священников (которым его отец разрешил остаться), освободить церкви от предметов культа и назначить реформатских проповедников. Так как Линген — территория с преимущественно католическим населением — был зажат между двумя основными частями княжества-епископства Мюнстер, где Контрреформация в то время одержала полную победу, то перемены в Лингене внесли свою лепту в напряженность в отношениях между реформатами и католиками на всей восточной границе Республики, и между Республикой и князем-епископом.