Так началась работа Михаила Сергеевича Кедрова в чекистских органах.

К тому времени борьбой со шпионажем против Красной армии занималось военное ведомство. Военные специалисты из Всеросглавштаба и его регистрационного управления вопросы борьбы с иностранным военным шпионажем пытались решать по устоявшимся схемам контрразведки царской армии. В мае 1918 года в Красной армии была создана специальная служба военного контроля. В ее системе были развернуты довольно многочисленные подразделения как в центральном аппарате военного ведомства, так и во фронтовом и армейском звеньях. Эти подразделения возглавляли, как правило, коммунисты, но привлекались в качестве специалистов и сотрудники старой контрразведки. Органы военконтроля в ряде случаев успешно боролись с военным шпионажем. Вместе с тем проникшие в них под видом специалистов противники советской власти превращали отдельные подразделения военконтроля в очаги контрреволюции. Осенью 1918 года в Вологодском отделе военконтроля была раскрыта тайная белогвардейская организация, которая занималась шпионажем в пользу англичан, вербовкой и переброской в Архангельск бывших офицеров для пополнения белогвардейских отрядов.

Кедрова волновала и такая проблема, как подотчетность подразделений военконтроля. Они существовали при соответствующих штабах и подчинялись командованию и начальнику штаба.

Военный отдел ВЧК, руководство которым было поручено Кедрову, фактически еще не существовал. В условиях обострившейся критики деятельности ВЧК и местных ЧК, развернувшейся в тот период на страницах печати, среди некоторой части партийных и советских работников и командно-политического состава в центральных учреждениях Красной армии, разобраться в чекистской работе по военной линии было непросто.

Кедров понимал, что левацкие заявления некоторых ответственных работников о необходимости упразднения ВЧК не только глубоко ошибочны, но и крайне опасны, так как играют на руку врагам.

Кедров был достаточно информирован о том, что разведки Англии, Франции и США, опираясь на внутреннюю контрреволюцию, развертывали против Советской России интенсивную разведывательно-подрывную работу, одним из главных объектов которой была молодая Красная армия.

Комплектование Военного отдела ВЧК проходило не без трудностей. Сказывалась нехватка надежных и опытных кадров. Получил назначение в этот отдел и А. X. Артузов, инженер-металлург по образованию. Он не без основания считал себя учеником Кедрова. Был знаком с ним с гимназической поры, под его личным влиянием пришел в революцию. Он возглавил особое бюро при Московском окружном военном комиссариате. Это чекистское подразделение участвовало в проверке бывших офицеров до зачисления их на службу в части и учреждения Красной армии. Во второй половине декабря 1918 года в Военном отделе ВЧК было создано военно-регистрационное бюро, которое приступило к регистрации бывших офицеров.

Деятельность ЧК на фронтах и в армиях встречала подчас возражения со стороны комиссаров, создававшихся в тот период армейских политических органов. В таком реагировании сказывались в определенной мере последствия и отзвуки необъективных суждений о чекистской работе в ходе дискуссии о ВЧК. Так, деятельности Кедрова противостояли с одной стороны враги, а с другой — свои.

В первый период своего руководства Особым отделом ВЧК Кедрову пришлось столкнуться с открытым саботажем медицинских работников. В начале 1919 года по всей стране была объявлена мобилизация медицинского персонала для отправки на фронт. Эту мобилизацию некоторые медицинские работники встретили в штыки. Под разными предлогами они не являлись на медкомиссии для освидетельствования или предъявляли «документы», освобождающие от призыва в армию за «непригодностью». Такой «документ» в те времена нетрудно было купить на Сухаревском рынке. В середине мая 1919 года группа работников Особого отдела ВЧК во главе с М. С. Кедровым была направлена в Петроград, с заданием обезвредить силы внутренней контрреволюции, связанной с иностранными миссиями. Незадолго до этого были подавлены восстания на фортах Серая Лошадь и Красная Горка. Для проведения этих операций Кедров имел мандат от Дзержинского, дававший ему широкие полномочия. В состав группы входили работники следственного органа Особого отдела ВЧК Владимир Дмитриевич Фельдман, Иоган Фридрихович (Иван Федорович) Тубала, старший сын Кедрова Игорь Михайлович и несколько латышских стрелков. Позднее в Петроград приехал заместитель Кедрова по особому отделу Иван Павлович Павлуновский. Вся работа группы осуществлялась через Петроградскую ЧК, которую возглавлял тогда Филипп Демьянович Медведь (все вышеуказанные чекисты в конце тридцатых были расстреляны).

М. С. Кедров разработал остроумный и весьма эффективный план вылавливания Петроградских контрреволюционеров. Идея плана основывалась на том, что многие иностранные посольства и миссии в Петрограде превратились в своеобразные центры контрреволюции. Для врагов советской власти они стали местом явок. Здесь они получали оружие и продовольствие, информацию. По всему городу одновременно были произведены массовые обыски в буржуазных кварталах, в пустующих зданиях, подвалах и на чердаках. Операция была неожиданной для контрреволюционных заговорщиков, и это способствовало ее успеху. Иностранные посольства и миссии в обычных условиях пользуются правом экстерриториальности. Но в данном случае иностранные послы и консулы столь грубо попирали все нормы международного права, так нагло и открыто вмешивались во внутренние дела нашей страны, что выход оставался единственный. Решено было одновременно занять все без исключения иностранные миссии и посольства и устроить там засады, задерживая всех приходящих. Расчет оказался правильным. За несколько суток удалось захватить большое количество бывших офицеров, членов знатных фамилий и других лиц, участвовавших в подготовке контрреволюционного выступления в Петрограде.

Кедров сам участвовал в организации засад, а затем и в допросе арестованных. При этом Михаил Сергеевич строго следил за тем, чтобы в отношении кого бы то ни было не допускались грубость и насилие. Сам Кедров по отношению к арестованным держался очень корректно.

— Моя группа стала производить обыск в доме номер четыре по Строгановской улице, в особняке швейцарской миссии, — вспоминал впоследствии Кедров. — В кладовках у «нейтральных» швейцарцев оказалось шестьдесят девять револьверов разных систем, один маузер, четыре охотничьих ружья, много опечатанных в ящиках патронов и снаряженных обойм…

Группа Кедрова уже в другом месте обнаружила замурованные в подвале двести с лишним ящиков и сейфов с серебряными изделиями фирмы Фаберже и несметное количество часов разных марок, сданных на хранение питерскими капиталистами.

— Оружие и боеприпасы пошли на дело обороны. То, что принадлежит местным коммерсантам, передадим Госбанку, а все остальное — на усмотрение Народного комиссариата иностранных дел, — говорил Кедров.

Проверка задержанных во время обысков, расследование дел участников офицерской заговорщической организации в Кронштадте дали массу ценных данных о подрывной работе контрреволюционеров на Петроградском фронте, что способствовало последующему разоблачению Петроградского отделения монархической организации «Национальный центр».