Чекисты ликвидировали ряд вражеских гнезд. Входе обысков было изъято 6625 винтовок, 644 револьвера, станковые пулеметы, более 140 тысяч патронов, ручные гранаты, взрывчатка. Вражеский замысел взорвать Петроградскую оборону изнутри провалился.

Обстановка в те напряженные дни 1919 года и тактика вражеских шпионов требовали усиления контроля за передвижением в прифронтовой зоне. На это М. С. Кедров обращал особое внимание военных чекистов. Проверка подозрительных лиц, а при необходимости и их обыск давали положительные результаты. В середине июня недалеко от Луги близ линии фронта красноармейский наряд попытался задержать неизвестного в военной форме, который пробирался в сторону противника. Тот, отстреливаясь, бросился бежать. Однако был поражен метким выстрелом. У убитого обнаружили документы на имя Александра Никитенко и пачку дорогих папирос. При их тщательном осмотре в одном из мундштуков была найдена записка с зашифрованными шпионскими сведениями, адресованными одному из сподвижников Юденича, белогвардейскому генералу Родзянко. Записка имела подпись «Вик». Через несколько дней близ линии фронта были задержаны двое, пытавшихся нелегально пробраться в Финляндию. У них нашли шпионские донесения с подписью «Вик».

Кедров лично руководил розыском «Вика». И они увенчались успехом. Им оказался крупный деятель кадетской партии, бывший член Городской Думы, глава патентной фирмы «Фосс и Штейнингер» Вильгельм Иванович Штейнингер. Являясь членом руководства Петроградского отделения контрреволюционного «Национального центра», он направлял действия заговорщиков, при этом ловко заметал свои следы. В засаду, оставленную на квартире Штейнингера, вскоре попался бывший генерал Махов. При допросе 30 июля Штейнингер показал: «…генерал Махов Михаил Михайлович — представитель Юденича». Кроме того, Штейнингер выдал и ряд других лиц, что дало возможность и дальше разматывать клубок шпионских организаций.

В шифровальном письме от 14 июля 1919 года Штейнингера имелись указания на существование белогвардейской организации в Москве. Произведенные в Москве обыски и аресты обнаружили существование двух организаций белогвардейцев: политической, возглавлявшейся кадетами, и военно-технической, вербовавшей своих сторонников из старого офицерства. Весомые результаты дал обыск, произведенный у известного московского кадета, бывшего члена Государственной Думы III и IV созывов, крупного домовладельца Н. Н. Шепкина, у которого на дворе в деревянной стене в жестяной коробке были найдены собственноручное донесение Деникину о дислокации наших войск, шифры, различные удостоверения.

Большое внимание Михаил Сергеевич Кедров уделял укреплению кадрового состава особых отделов. Не заслуживающие доверия лица отсеивались.

27 марта 1919 года на заседании СНК М. С. Кедров был утвержден членом комиссии Народного комиссариата внутренних дел. Таким образом, на Кедрова была возложена вся полнота ответственности за положение дел в особых отделах.

Михаил Сергеевич был обаятельным человеком. Простой и скромный, он все время ходил в гимнастерке и сапогах. Никогда не кичился своими заслугами. Так говорили о нем те, кто работал с ним в двадцатые годы. За честность, прямоту и удивительное трудолюбие Кедрова очень уважал и любил Дзержинский. Не имея собственной жилой площади в Москве, Михаил Сергеевич скитался по городским гостиницам. И когда он обратился к Дзержинскому за помощью, Феликс Эдмундович написал записку: «Дать тов. Кедрову квартиру. Она ему нужна не столько для проживания, сколько для работы».

М. С. Кедров с первых шагов деятельности особых отделов отводит подобающее место правовым вопросам. Он стремится к максимально возможному в условиях Гражданской войны использованию права для борьбы с контрреволюционным подпольем и шпионажем. Ему всегда было чуждо сухое, бездушное, формальное отношение к делу, каким бы оно ни являлось. Везде он искал новых путей, новых интересных форм работы, отдавая ей свой блестящий организаторский талант, ум и горение. Работу чекиста, беспощадного к врагам, Михаил Сергеевич удивительно умел сочетать с решением высокогуманных задач борьбы за жизнь и счастье людей, ради чего он не щадил самого себя. За борьбу с контрреволюцией Кедрову было присвоено звание Почетного чекиста и выдан ценный подарок — рояль лучшей марки, на котором он играл многие годы. Деятельность Кедрова за годы Гражданской войны была высоко оценена советской властью. В декабре 1927 года он награжден орденом Красного Знамени.

Кедров сумел, преодолевая противоречивые мнения военных авторитетов, выбрать и предложить Ф. Э. Дзержинскому, коллегии ВЧК единственно правильное решение в организации военной контрразведки Красной армии. Немногим более полугода возглавлял он советскую военную контрразведку, но за это короткое время она превратилась в четко функционирующий боевой орган. В успешном выполнении задач ограждения Красной армии и флота от происков контрреволюции и иностранных шпионов в годы Гражданской войны, которое обеспечивали особые отделы, есть несомненная заслуга их первого руководителя.

В 1921–1922 годах М. С. Кедров выполнял поручения Совета Труда и Обороны, а также ГПУ — ОГПУ на Южном Каспии, в Закавказье и на Нижней Волге. Знакомясь с работой Азербайджанской ЧК, председателем которой был Багиров, а его заместителем — Берия, Кедров обнаружил грубейшие нарушения революционной законности и произвол со стороны Берии. Принципиально оценив конкретные факты, Кедров решил сообщить о них специальным письмом на имя Ф. Э. Дзержинского в Москву. В письме указывалось, что Берия арестовывал и привлекал к уголовной ответственности невиновных людей по явно непроверенным, а иногда и сфальсифицированным материалам и в то же время необоснованно прекращал уголовные дела на лиц, в отношении которых имелись неопровержимые доказательства их враждебной деятельности против советской власти. Михаил Сергеевич просил Ф. Э. Дзержинского рассмотреть вопрос об отстранении Берии от работы в чекистских органах как человека, не заслуживающего, по его мнению, политического доверия. Письмо Кедров вручил сыну и просил передать в Москву Дзержинскому. Тот привез письмо в Москву, отдал в ЧК, но по неизвестным причинам оно не попало к Ф. Э. Дзержинскому, и Берия остался на ответственной работе.

Во время пребывания на Кавказе Кедров активно участвовал в работе местных партийных и советских органов, в укреплении их проверенными кадрами. Он был избран членом Бакинского Совета.

У М. С. Кедрова большой послужной путь. Он работал в ВСНХ и Наркомате здравоохранения, был младшим помощником прокурора Отдельной военной прокуратуры Верховного суда СССР, трудился в Госплане РСФСР. С 1936 года начинает работу в Научно-исследовательском институте нейрохирургии Наркомздрава СССР.

Жизненный путь Кедрова оборвался трагически. В апреле 1939 года он был арестован, содержался во внутренней тюрьме НКВД. На суде 9 июля 1939 года оправдан Верховным судом СССР — редкий случай в то время. Несмотря на это, люди Берии не выполнили указание суда о немедленном освобождении.

В октябре 1941 года Берия отдал письменное распоряжение о расстреле без суда 25 арестованных по списку, составленному Меркуловым и Кобуловым. В этот список был включен и Кедров. В октябре 1941 года был расстрелян. Берия опасался его разоблачений. Он знал об отношении Кедрова к нему. И еще не без оснований боялся того, что Кедрову известно его участие в контрразведке муссаватистского правительства Азербайджана.