Ахиллесовой пятой Ме 163В была крайне малая продолжительность полета. Увеличить её за счет увеличения запаса топлива не представлялось возможным — оставалось искать способы уменьшить расход топлива. Одним из возможных решений стало создание двухкамерного ЖРД с раздельными камерами сгорания — стартовой и маршевой. Такой двигатель получил индекс HWK 109-509A-2 (дополнительная маршевая камера сгорания, представлявшая собой, по сути, отдельный ЖРД, обозначалась HWK 509C). Согласно расчетам, это мероприятие позволяло довести продолжительность моторного полета до 12 минут. Испытания двигателя проводились на двух самолетах Ме 163В-0 — V6 и V18.

6 июля 1944 г. в Пенемюнде Х. Диттмар выполнил первый полет на Ме 163В(V18) с обеими работающими камерами сгорания. Поначалу все шло благополучно. Самолет набрал высоту 5000 м, а скорость продолжала возрастать. Но тут дала о себе знать сжимаемость воздуха — самолет приближался к звуковому барьеру. Диттмару пришлось остановить двигатель, и самолет тут же свалился в крутое пике. Лишь буквально в нескольких метрах над водной поверхностью пилоту удалось выровнять машину, а запас скорости позволил выйти к аэродрому и благополучно совершить посадку. Оказалось, что на самолете частично разрушен стабилизатор. Немудрено — ведь скорость «Комет» превысила 1100 км/ч!

Пока в Пенемюнде испытывались самолеты V6 и V18, в конструкторском бюро «Мессершмитта» велось проектирование самолета Ме 163С под двухкамерный ЖРД. Проектирование возглавил Вальдемар Фойгт (Waldemar Voight). Крыло в этом варианте осталось практически неизменным по сравнению с Ме 163В, но фюзеляж подвергли существенным переделкам — он должен был вместить более габаритный двигатель и несколько увеличенный запас топлива. Вооружение было аналогичным Ме 163В — две 20-мм пушки MG 151/20 и 30-мм МК 108. В конце 1944 г. велась подготовка к серийному выпуску этой модификации, но все ограничилось изготовлением трех прототипов — Ме 163С(V1), Ме 163С(V2) и Ме 163С(V3). Все они были уничтожены в конце войны, чтобы не достались в руки советских войск. Для серийного варианта было предусмотрено обозначение Ме 163С-1а. Некоторые публикации указывают, что один самолет в такой конфигурации успели собрать и даже облетать до сворачивания производства «Комет».

Параллельно с Ме 163 С велась разработка следующего варианта ракетного истребителя — Me 163D. На нем предполагалось, наконец, устранить все недостатки Ме 163В. В частности, самолет должен был получить нормальное убирающееся шасси. Для этого пришлось вновь удлинить и увеличить фюзеляж — крыло же оставалось прежним. Увеличили запас топлива, а в качестве двигателя применили двухкамерный ЖРД HWK 109-509С-1 с максимальной тягой, возросшей до 2000 кгс.

Прототип Ме 163D(V1) был закончен постройкой к началу лета 1944 г. Первые испытательные полеты (в ходе которых шасси ещё не убирали) прошли вполне успешно. Но дальнейшее развитие проекта по решению рейхсминистерства авиации передали фирме «Юнкерс» — «Мессершмитт» был загружен другими проектами, да и само отношение Вилли Мессершмитта к «сторонним» самолетам было довольно прохладным. На «Юнкерсе» руководство работами поручили профессору Хертелю (Hertel), а сам проект получил новое обозначение — Ju 248. В конструкцию внесли существенные изменения — в частности, кабина стала герметичной, а фонарь выполнили отстреливаемым в аварийных ситуациях при помощи пиропатронов. Фиксированные предкрылки заменили выпускаемыми автоматически, увеличили площадь посадочных щитков. Изменили схему защиты пилота — вместо бронированного носового конуса фюзеляжа применили бронеплиты, установленные внутри фюзеляжа. Вооружение состояло из двух 30-мм пушек МК 108 с боекомплектом 150 патронов на ствол. Были внесены и некоторые другие изменения, причем Хертель планировал ещё более глубокое вмешательство в исходную конструкцию. Однако этому воспротивилось рейхсминистерство авиации, настаивавшем на максимально быстром внедрении Ju 248 в серию.

Первый прототип Ju 248V1 был построен довольно быстро — к началу августа 1944 г., но для него ещё не был готов двигатель. Поэтому испытания начались с полетов на буксире за Ju 188. В октябре на самолет установили ЖРД HWK 109-509С-1 и начались моторные полеты, проходившие без особых проблем. Рейхсминистерство авиации рекомендовало самолет к серийному производству, вновь изменив его обозначение на Ме 263 — вспомнились «мессершмиттовские» корни. На серийных самолетах предполагалось применить ЖРД BMW 708. В этом двигателе в качестве окислителя применялась азотная кислота, а тяга его должна была существенно превысить аналогичный показатель ЖРД Вальтера.

22 декабря 1944 г. на совещании в Берлине было решено сосредоточить максимальные усилия на производстве новых ракетных истребителей. Образцом для серийных машин должен был стать прототип Ju 248V1 (он же — Ме 263V1). Однако тяжелое положение Германии не оставляло никаких шансов на разворачивание серийного производства Ме 263А-1. Прототип же в неповрежденном виде стал советским трофеем.

Ещё одним вариантом «Комета» стал учебный Ме 163S (Schule — «школьный»). Его создание было продиктовано ожидавшимся поступлением Ме 163В на вооружение строевых частей. В связи с этим требовалось максимально сократить программу переучивания для строевых летчиков — не было никакой возможности пропускать каждого из них через ту долгую канитель с полетами на разнотипных планерах, которую проходили пилоты EKdo 16. Опытный Ме 163S получили путем переделки Ме 163В. Кабина инструктора находилась за пилотской, на месте части топливных баков. Хотя ЖРД и сохранился, но запас топлива уменьшился настолько, что самостоятельный ракетный старт был невозможен. Переделка была завершена 23 мая 1944 г. Последовала серия испытательных полетов, по результатам которых в конструкцию самолета внесли некоторые изменения. 25 июля был утвержден стандарт для серийного производства. Планировалась постройка 42 Ме 163S на заводе «Юнкерс», но после выпуска нескольких экземпляров рейхсминистерство авиации распорядилось прекратить производство — в первую очередь требовались боевые машины. В конце войны 2 или 3 Ме 163S стали советскими трофеями.

Эти фотографии были сделаны с камеры установленной на P-51 капитана Андерсона. Несмотря на повреждения, Me 163 не был сбит.

Выше мы уже упоминали о некоторых особенностях подготовки летчиков для Ме 163 — в частности, о полетах на планерах и тренировках в барокамере. В дальнейшем летчики обучались на Ме 163А, буксируемых Bf 110. Такие полеты на буксире продолжались довольно долго — до полутора часов. В ходе их курсанты отрабатывали манипуляции с органами управления и приноравливались к реакции само-лета-«бесхвостки» на отклонения рулевых поверхностей. А в общем первый полет на Ме 163А напоминал обучение плаванию с бросанием обучаемого сразу на глубину: поскольку двухместные Me 163S появились довольно поздно, да и было их мало, курсант должен был самостоятельно справиться с выполнением расчета на посадку при отсутствии возможности подтянуть «на газу» или уйти на второй круг. Обратимся снова к воспоминаниями Мано Циглера, так запомнившего свой первый полет: «…Взгляд на альтиметр привел меня в чувство, и я пошел на снижение. К тому времени я был далеко не новичком в летном деле и считался опытным пилотом, но когда мой самолет, с гулом рассекая воздух, пошел вниз, я почти сразу ощутил участившиеся удары собственного сердца, словно устремившегося следом за нараставшей скоростью полета. Осторожно развернувшись, я снизился до 600 метров и пронесся над летным полем. Последний взгляд в сторону вышки командного пункта, где длинная бело-красная колбаса четко указывает направление ветра. Я снова разворачиваюсь, и, аккуратно работая рулями, делаю ещё один чистый проход над аэродромом. Бросаю взгляд на указатель скорости — 330 км/ч!… Плавный разворот с небольшой потерей высоты, но скорость гасится довольно существенно. Однако запас высоты достаточный, и я, дав ручку от себя, захожу на посадку. Как ни странно, но до последних мгновений мне кажется, что скорость не так уж велика. Все внимание сконцентрировано на выдерживании направления снижения. Земля приближается. Касание! Меня бросает вперёд — все, я на земле. В этот момент мой взгляд падает на указатель скорости — 110 км/ч. Но самолет уже скользит по асфальту и я сейчас почти ничего не могу сделать.»