Важнейшим мероприятием явилось и введение со 2 марта 1925 года единоначалия в армии и на флоте, при котором командир руководил всей повседневной жизнью, учебой и боевой деятельностью своей части, выполняя одновременно обязанности командира и комиссара. У него имелся помощник по политической части, отвечавший за политико-моральное состояние военнослужащих.

Была проведена дальнейшая реорганизация органов руководства флотом. В 1924 году упразднили должности главкома и его помощника по морским делам, Главное морское техническо-хозяйственное управление реорганизовали в Управление помощника начальника Военно-морских сил по техническо-хозяйственной части. Руководство Морскими силами было возложено на начальника Военно-морских сил (ВОЕНМОРА) и Штаб РККФ.

В апреле 1926 года Штаб РККА под руководством МЛ. Тухачевского разработал «Соображения по вопросу организации Морских Сил», в которых отмечалось, что «вспомогательная роль морского флота в общей системе Вооруженных Сил СССР говорит за необходимость более тесной его связи с сухопутной армией и воздушным флотом»[31].

Чем мотивировало в этом вопросе руководство Красной Армии? В эти годы, согласно советской военной доктрине, считалось, что в случае войны решающие события развернутся на сухопутных фронтах, а флот должен содействовать армии при проведении операций на приморских направлениях. Решению этого вопроса в пользу армейского командования способствовал и вывод, сделанный Морским штабом в «Проекте пятилетнего плана усиления РККФ»[32], в котором отмечалось, что флот «имея своим противником всю совокупность военных флотов капиталистических государств может выполнить лишь те ограниченные задачи, которые ставят ему утвержденные РВС СССР планы кампаний и которые недостаточно обеспечивают обороноспособность союза со стороны моря»[33].

Результатом стало образование в Наркомате Управления Военно-морских сил РККА (вместо существовавшего Управления ВМС СССР), подчиненного народному комиссару по военным и морским делам. Таким образом, флот попадал в полную зависимость от руководства РККА, что некоторым образом негативно повлияло на его дальнейшее развитие. Теперь вопросы оперативного использования сил флота стали прерогативой командующих войсками прибрежных военных округов.

Начальнику Управления Военно-морских сил подчинялись начальники Морских сил Черного, Балтийского морей и Дальнего Востока, речных флотилий, береговая оборона, начальники военно-морских заведений и Военно-морской академии.

На Управление Военно-морских сил (УВМС) РККА были возложены следующие задачи:

— проведение боевой, организационно-мобилизационной и специальной подготовки ВМС;

— комплектование и подготовка личного состава флотов и флотилий;

— реализация планов строительства флота;

— материально-техническое обеспечение.

Штаб РККФ ликвидировался, а его функции передавались УВМС и 1-му управлению Штаба РККА, в котором был образован 2-й отдел (морской).

Было проведено укрепление командования военно-морских сил на морях и флотилиях, несколько изменилась и организационная структура флота. Так, на Балтике дивизионы эскадренных миноносцев были сведены в бригады (по Два дивизиона в каждой); заградители и тральщики сведены в бригаду траления и заграждения в составе двух дивизионов. К началу 1925 года и отдельный дивизион подводных лодок развернулся в бригаду двухдивизионного состава.

На Каспийском море все корабли были сведены в один отряд, а дивизионы канонерских лодок и эсминцев расформированы. В 1926 году были расформированы Морские силы Дальнего Востока, а на их базе образована Дальневосточная флотилия (с 1931 г. — Амурская), которая несла службу по охране морских просторов Дальнего Востока.

Особое внимание было обращено на боевую и учебную подготовку личного состава кораблей и береговых частей. С 1924 года советский флот стал на путь систематического проведения боевой подготовки, маневров, дальних плаваний. Так, крейсер «Аврора» и учебное судно «Комсомолец» выполнили дальний поход из Кронштадта вокруг Скандинавии в Архангельск и обратно.

Отряды кораблей Морских сил Балтийского моря выполняли походы в Пиллау, Данциг с проведением различных учений. Корабли в одиночку, в составе отрядов ходили по Финскому заливу, выполняя различные маневры, артиллерийские и торпедные атаки, учились отражать нападение условного противника.

Осенью 1925 года эскадра кораблей во главе с линкором «Марат» (на борту которого находился наркомвоенмор М.В. Фрунзе) выполнила учебный поход в южную часть Балтийского моря. В эти годы учились и подводники, и береговая оборона, что приносило в дальнейшем положительные результаты. С 1928 года значительно выросла продолжительность учебных походов подводных лодок (до 53 суток) и время нахождения под водой (до 43 часов).

Но боевая подготовка флота на Балтике была ограничена временем года. Зимой корабли стояли в кронштадтских гаванях или у причалов ленинградских судостроительных заводов.

В конце 1929 — начале 1930 года линейный корабль «Парижская коммуна» и крейсер «Профинтерн» выполнили большой и трудный переход с Балтики через Бискайский залив в Черное море, где были включены в состав морских сил.

Организационно укрепились и начали отрабатывать учебно-боевые задачи Морские силы Черного моря. В 1924—1925 годах корабли впервые после длительного перерыва приступили к артиллерийским стрельбам и минным постановкам. Большую и важную работу по очистке советских вод от взрывоопасных предметов проводили тральные силы. Не прекращались и походы кораблей. Так, осенью 1925 года два эскадренных миноносца нанесли дружественный визит в Италию, с заходом в Стамбул.

В 1926 году на Черном море были проведены совместные учения кораблей, морской авиации и частей береговой обороны с целью отработки их взаимодействия. В августе 1927 года в районе Очакова были проведены совместные тактические учения флота и частей Красной Армии. Такие же учения позднее были проведены и в районе Северного Кавказа.

Корабли Каспийской флотилии в 1925 году ходили по маршруту Баку — Ленкорань — Махачкала — Красноводск — Форт-Шевченко — Баку, а также к берегам Ирана.

Резко возросло количество походов и артиллерийских стрельб, выполняемых кораблями Дальневосточной флотилии. Башенные и канонерские лодки выполняли дальние переходы по Амуру, осваивали побережье Тихого океана. В 1924 году канонерская лодка «Красный Октябрь» достигла острова Врангеля и водрузила на нем государственный флаг СССР.

В 1920-х годах были организованы несколько экспедиций, целью которых являлось изучение и освоение Северного морского театра, проведение гидрографических работ. Продолжалось и освоение Северного морского пути. В 1924 году посыльное судно «Боровский» совершило сложный переход из Архангельска во Владивосток, положив начало движению кораблей и судов по этой морской трассе.