Осужденных в начале 1930-х гг. «харбинцев» с выходом приказа № 00593 перестали выпускать из тюрем и лагерей. Их повторно подвергали репрессии как «японских шпионов», на этот раз приговоры выносились в пользу смертной казни. В местах лишения свободы органами НКВД фабриковались групповые дела. Так, осенью 1937 г. в Алтайском крае в барнаульской тюрьме по обвинению в «японском шпионаже» чекисты задержали 11 человек, которые были приговорены Комиссией НКВД и Прокурора СССР к смертной казни[126]. Весной 1938 г. УНКВД по Новосибирской области ликвидировало «прояпонское» формирование, созданное на территории Сиблага. По делу прошло 164 чел.[127]

Изучение архивно-следственных материалов «харбинцев», арестованных по приказу № 00593, позволяет судить о широком размахе репрессий, прокатившихся по крупным индустриальным и транспортным центрам, а также по небольшим городам, рабочим поселкам и сельской местности. Особое внимание уделялось фактам преступного сговора, создания групп и организаций. Следствие строилось по типовому сценарию. После выявления «центральной» резидентуры, действовавшей на крупном заводе, на узловом транспортном центре, в большом городе и т. д., «вскрывалась» сеть мелких периферийных групп. По сценарию, задуманному сотрудниками НКВД (УНКВД), арестованные по статье «японский шпионаж» за свою вредительскую и диверсионную работу получали денежные выплаты. Так, по следственным материалам УНКВД по Тульской области, один из арестованных «харбинцев», проходивший по делу как лидер «прояпонской организации», за время своей работы получил от сотрудника японского посольства в Москве 74 тыс. руб., которые в разное время выплатил участникам организации, оставив в свою пользу 12 тыс. руб.[128] Кроме того, в оперативных материалах указывалось количество изъятого у «контрреволюционных групп» оружия. Эти сведения, совместно с информацией о «политических настроениях населения», об отношении населения к операции, сообщались каждые пять дней в докладных записках наркому внутренних дел СССР Н.И. Ежову. Данные такого рода должны были усилить ощущение существования в стране организованной контрреволюционной и криминальной деятельности «харбинцев».

Основную часть приговоров в отношении «харбинцев» вынесла Комиссия НКВД и Прокурора СССР. В переданных на рассмотрение Особой тройки «альбомах» некоторых регионов совсем не содержалось обвинительных справок на «харбинцев» (Новосибирская область, Алтайский край) или их численность в списках не превышала нескольких человек (Читинская, Омская области, Грузинская и Армянская ССР). Материалы проверки 1939–1941 гг. указывали на подтасовку фактов в отношении осужденных осенью 1938 г., которым приписывалось пребывание в Китае.

В целом в проведении «харбинской» операции можно выделить три этапа. Первый, предоперационный, начинается весной 1937 г. и характеризуется массовыми арестами бывших служащих КВЖД и реэмигрантов из Китая, обвиненных в «японском шпионаже». Второй этап стартует с выхода приказа № 00593 и закрытого письма к нему. С сентября 1937 г. территориальные карательные органы стали отправлять в центральный аппарат НКВД «альбомы» для утверждения приговоров Комиссией НКВД и Прокурора СССР. К началу февраля 1938 г. по «харбинской» линии было арестовано 14 332 чел. Около 93 % бывших служащих КВЖД и реэмигрантов из Китая выявили в РСФСР. Среди российских регионов особенно массовые преследования прошли в Свердловской области (2330 чел.), Красноярском крае (2123 чел.), Новосибирской (1337), Читинской (1271), Ленинградской (850 чел.), Московской (729 чел.) и Челябинской (717 чел.) областях, Алтайском (711 чел.) и Дальневосточном (630 чел.) краях. Также «харбинцы» и «КВЖДинцы» были выявлены в Украинской (592 чел.), Узбекской (259 чел.), Казахской (168 чел.), Грузинской (84 чел.), Белорусской (59 чел.), Киргизской (23 чел.), Туркменской (18 чел.) Таджикской (15 чел.) ССР[129].

С весны 1938 г. начался третий этап проведения «харбинской» линии, который закончился в середине ноября 1938 г. За этот период репрессиям подверглось еще около 9 тыс. бывших служащих КВЖД и реэмигрантов из Китая, т. е. интенсивность террора по отношению к этим целевым категориям на заключительном этапе массовых репрессий 1937–1938 гг. снизилась. К середине ноября 1938 г. по «харбинской» подоперации было репрессировано около 25 тыс. чел.[130]

Не все бывшие служащие КВЖД и реэмигранты из Китая были репрессированы по приказу № 00593. «Харбинцев» преследовали в рамках других «национальных» операций, а также в рамках «кулацкой» операции и карательной акции против советской элиты. Так, в Алтайском крае сотрудники горотдела НКВД г. Барнаула летом 1937 г. сфабриковали дело о «Сибирском союзе Дальневосточников». Официально начало кампании по ликвидации «Сибирского союза Дальневосточников» связано с выходом 20 сентября 1937 г. приказа № 00593 и закрытого письма к нему, получивших высшую партийную санкцию. Лидерами организации были названы люди, прибывшие из Харбина. Среди них были бывший полковник армии Колчака, дети генералов царской армии, старший инспектор Барнаульского отделения Комбанка, т. е. люди принадлежавшие к «высшему обществу». Главным фигурантом, лидером союза был назван Николай Шереметьев – сын полковника генерального штаба царской армии Александра Шереметьева, во время Гражданской войны служившего в белой армии. Семья проживала на Дальнем Востоке, но в 1932 г. была выслана из пограничной полосы в Барнаул как «неблагонадежный элемент». Арестовали Н.А. Шереметьева еще в конце декабря 1936 г., т. е. за полгода до начала массовых репрессий, по ст. 58, пункт 10 УК РСФСР (пропаганда или агитация). Поводов для его задержания, с точки зрения сотрудников НКВД, было несколько: сын «бывшего», проживал в Китае, выслан из ДВК, знает японский язык, а также работал переводчиком на японских рыбных концессиях на Дальнем Востоке. В начале января 1937 г. согласно постановлению Н.А. Шереметьева обвинили в шпионаже (ст. 58, пункт 6), а в марте 1937 г. арестованному инкриминировали ст. 58, пункты 2 (вооруженное восстание), 4 (помощь «международной буржуазии»), 6 (шпионаж), 8 (террористические акты), 9 (причинение ущерба), 11 (другая контрреволюционная деятельность). Из семи присутствующих в деле допросов только в последнем, от 7 октября 1937 г., т. е. когда «харбинская» операция уже стартовала, раскрываются факты создания и функционирования «Сибирского союза Дальневосточников».

Судьба семьи Шереметьевых сложилась трагично. Сестра К.А. Шереметьева была также арестована по обвинению в членстве в союзе, а отец А.И. Шереметьева в августе 1937 г. был расстрелян по обвинению в участии в «эсеровско-монархической» организации[131]. Не все фигуранты прошли по приказу № 00593. Один из обозначенных лидеров, В.П. Войнич-Сяноженский (дворянин, полковник белой армии, проживал в Японии, был выслан с Дальнего Востока как «неблагонадежный элемент») в октябре 1937 г. был осужден как участник «РОВС».