Между тем прибывшие из Варшавского герцогства поляки пытались изобразить оккупантов как освободителей Литвы. Коленкур писал: «Герцог Бассано и князь Сапега старались организовать страну и вдохнуть в нее польский дух. Но жители были, по-видимому, не очень склонны откликнуться на призыв к их патриотизму. Грабежи и беспорядки всякого рода, производимые армией, разогнали все деревенское население. В городе видные лица сидели по домам. Приходилось вызывать их от имени императора, так как никто не представлялся, не стремился выдвинуться вперед, как ни старались об этом поляки, прибывшие вместе с армией. Беспорядки, производимые армией, немало увеличивали всеобщее недовольство. В Вильно ощущался недостаток во всем, и через четыре дня необходимое продовольствие надо было искать уже очень далеко».

И все же французы пытались найти опору среди народа. В Вильнюсе и других городах Литвы французы стали создавать полицейские силы из местного населения, именовавшиеся «национальной гвардией». В ноябре в гвардию сумели набрать лишь 1450 человек. 5 июля 1812 года Наполеон приказал Временной правительственной комиссии создать 5 пехотных и 4 кавалерийских полка. Однако набор в полки проходил плохо, и к осени они все еще не были укомплектованы, а к концу 1812 года рекруты разбежались по домам.

Наполеон второй раз оказался в Вильнюсе во время своего бегства из России. Коленкур вспоминал, что прибыл в город до императора, чтобы «передать приказы виленскому правительству и сделать последние необходимые распоряжения по поводу нашего путешествия. Хорошо, что я лично отправился в Вильно, так как ван Хогендроп только что туда прибыл, и ему пришлось будить людей, проведших ночь на балу у герцога Бассано; понятно, что он еще не успел ничего приготовить. Итак, в то время как одни мерзли и умирали, другие танцевали на балах! Жители Вильно далеко не представляли себе ни нашего положения, ни того, что произошло, ни того, что должно было случиться». Очевидно, имелись в виду те «жители Вильно», которые принадлежали к верхам литовской шляхты и сотрудничали с французами.

По словам Коленкура, Наполеон не сомневался, что армия останется в Вильно, и никоим образом не хотел признавать, что она понесла огромные потери. «В Вильно, — говорил он, — имеются хорошие продовольственные запасы, и там все снова придет в порядок. В Вильно больше средств, чем нужно, чтобы дать отпор неприятелю; так как русские изнурены не меньше нас и страдают от холода, как и мы, то они перейдут на зимние квартиры».

Такие же надежды разделяли и измученные солдаты Великой армии. Русский историк В.П. Алексеев писал в главе «Бегство Наполеона» в 4-м томе многотомного сочинения «Отечественная война и русское общество»: «Конец похода, прекращение преследования и отдых составляли их самое главное желание… Когда показалась Вильна, у всех в груди вырвался вздох облегчения. Французы думали, что здесь русские остановят свое преследование и мучения их прекратятся. В Вильне много запасов — они отдохнут и подкрепятся перед тем, как вернутся домой… Но проникновение в город не принесло ничего утешительного. Прием, оказанный жителями Вильны воинам «великой армии», далеко не соответствовал их ожиданиям. Здесь не знали об участи наполеоновской армии, и когда увидели оборванцев с отмороженными руками и ногами и исступленным взором, запрудивших улицы, то с ужасом отвернулись от них. Из опасения грабежа и насилия виленцы спешно запирали магазины и укрывались в домах». Очевидец вспоминал: «Было грустно видеть тогда, как эти несчастные солдаты бродили по улицам, одни полные ярости, другие отчаяния, угрожая, умоляя, стараясь войти в двери домов или магазинов или медленно направляясь в больницы, и отовсюду их гнали!»

Алексеев писал: «При своих огромных запасах, Вильна могла бы всех одеть и накормить. Но вместо этого пришедшие сюда нашли себе здесь смерть от холода и голода. А те, которых еще пощадила смерть, должны были, собрав последние силы, продолжать бегство».

Русские войска не дали врагу возможности задержаться в Вильнюсе. Мюрат и Ней поспешно отступили из города. 10 декабря русские войска заняли Вильнюс, захватив 140 орудий и множество пленных. 12 декабря в город прибыл Кутузов. Шильдер писал: «Население, забыв Наполеона и исчезнувшие мечты о восстановлении Польского королевства, приветствовало торжествующего полководца; посыпались оды, речи, на театральной сцене засияло изображение Кутузова с надписью «Спасителю отечества».

После своего прибытия в Вильнюс Кутузов приказал произвести учет провианта и обмундирования, имевшихся в городе. Оказалось, что в Вильнюсе были огромные запасы муки, сухарей, ржи, мундиров, седел и прочего. Это все было утаено жителями города от захватчиков. В то же время в ходе своего поспешного отступления маршалы Мюрат и Ней бросили в Вильнюсе до 20 тысяч больных и раненых. Среди них было 7 генералов.

Вильнюс, в который прибыл Александр I, по словам историка Н.К. Шильдера, представлял собой «нерадостное зрелище. Город был переполнен ранеными и больными.

На всех главных улицах были разведены большие костры для уничтожения миазмов и очищения воздуха. Госпиталь в Базилианском монастыре представлял собой ужасающую картину: 7500 трупов были навалены друг на друга по коридорам подобно грудам свинца; разбросанные трупы валялись всюду и в других помещениях; все отверстия разбитых окон или стен были заткнуты руками, ногами и головами мертвых, чтобы предохранить живых от доступа холодного воздуха. И в этих помещениях, заполненных зловредными испарениями, лежали несчастные больные и раненые, обреченные на гибель. Приезд в Вильну Александра был истинным благодеянием Провидения для оставшихся в живых неприятелей, которым немедленно была оказана всевозможная помощь не только по его повелению, но даже под его личным надзором».

6 января 1813 года в Вильнюсе был оглашен царский манифест о победном окончании войны. Как писал Н.К. Шильдер, «день этот был ознаменован еще манифестом, провозглашавшим для поляков в западных губерниях, принявших сторону неприятеля, забвение прошлого, всеобщее прощение». (Этот манифест, замечал Н.К. Шильдер, вызвал недовольство в рядах русской армии.) В «Истории Литовской ССР» сказано: «Была дана амнистия всем дворянам Литвы, которые сотрудничали с Наполеоном, если они в течение двух месяцев вернутся на родину. Царь дорожил политической поддержкой местного дворянства». Правда, как замечал Н.К. Шильдер, царь отклонил «предложение, сделанное виленскими жителями, дать бал». Император объяснил, что «в настоящих обстоятельствах ни танцы, ни звуки музыки не могли быть приятны». (О том, что отказ Александра посетить бал, устроенный местным дворянством, отнюдь не был вызван его нежеланием внимать звукам музыки и танцевать, свидетельствовало то, что он в эти же дни посетил бал, устроенный Кутузовым. Скорее всего, император знал, что среди приглашавших его были и те, кто несколько дней назад устраивал балы в честь французов. Впрочем, члены временной правительственной комиссии Великого княжества, которые танцевали на балах во время войны, на всякий случай бежали вместе с остатками Великой армии, а в конце июля 1813 года комиссия самораспустилась.)

Нашествие наполеоновской армии нанесло огромный ущерб Литве. В «Истории Литовской ССР» сказано: «Население сократилось на десятки тысяч человек. В одном из наиболее пострадавших уездов — Тракайском — погибло и умерло от эпидемий около 1/3 населения. Значительно сократилось поголовье скота. Было сожжено много домов, много уничтожено инвентаря. Материальный ущерб, причиненный оккупацией только Литовско-Виленской губернии, достигал 19,3 миллиона рублей серебром. Восстановление края легло на плечи народных масс. Помощь правительства получили только некоторые помещики».