Для Османской империи война закончилась после того, как в сентябре 1918 года потерпела крах ее союзница, Болгария, и Стамбул остался совершенно незащищенным от наступления союзников. Кабинету министров было необходимо заключить перемирие. Мирные переговоры завершились 30 октября 1918 года на борту британского корабля, вставшего на якорь неподалеку от города Мудрое, расположенного на острове Лемнос, в северной части Эгейского моря. Из всех положений договора, умышленно сформулированных весьма расплывчато, наибольшую тревогу вызывала статья 7, которая давала победителям право оккупировать «любые стратегически важные пункты в случае возникновения ситуаций, угрожающих безопасности союзников», тогда как статья 24 позволяла союзникам «в случае беспорядков» оккупировать шесть армянских провинций восточной Малой Азии — Сивас, Элязыг (Мамуретюлазиз), Диярбакыр, Битлис, Эрзурум и Ван. Через два дня лидеры КЕП, среди которых были Талаат, Кемаль и Энвер, бежали из Стамбула в Крым, а оттуда в Берлин. 13 ноября прибыли войска союзников, которые должны были оккупировать Стамбул, что явно противоречило смыслу обязательства, взятого на себя командующим королевским флотом в Средиземном море, адмиралом Калторпом и одним из двух британских участников составления договора, которые сообщили британскому правительству о том, что этого не случится до тех пор, пока османское правительство не сможет гарантировать безопасность жизни союзников и сохранность их имущества.

Поставив себе целью занять Стамбул, союзники без промедлений продвигались в направлении столицы империи. Первыми в город вошли британцы, вскоре за ними последовали французы и итальянцы. В должное время каждой державе определили районы города, в которых ее войска должны были поддерживать порядок: британцы заняли районы Пера, Галата и Шишли; французы оккупировали сам Стамбул и его западные пригороды, а итальянцы контролировали азиатский берег Босфора. Но между союзниками постоянно возникали противоречия. Иллюстрацией их неспособности по-товарищески решать даже административные вопросы, был любопытный эпизод с появившимся почти сразу же после оккупации общественным движением, призывавшим снова сделать христианской церковью Айя Софию, которая задолго до оккупации союзников была захвачена турецкими войсками и на протяжении более четырех с половиной столетий использовалась в качестве мечети. Воинствующие христиане считали, что оккупация даст возможность восстановить бывший византийский храм, а возврат этого здания Вселенскому патриарху на волне проэллинских настроений в Британии рассматривался ими как средство укрепления стратегического альянса с Грецией. Первый намек на то, что раскол между православными христианами и христианами-латинянами остается в полной силе и страсти вполне могут разгореться, появился вместе с неожиданным предложением, что эта церковь должна быть не греческой православной, а греческой юниатской, то есть той, которая находится в унии с Римом. Доводы в пользу этого предложения основывались на том утверждении, что во время завоевания Константинополя султаном Мехмедом II в 1453 году город находился в церковном общении с Римом. Более того, поскольку разрыв с Римом произошел только в одиннадцатом столетии, то эта церковь была католической дольше, чем православной. Самые непримиримые сторонники греческого православия усмотрели в этом папский заговор, тогда как те, кто обладал бульшим политическим чутьем сочли это попыткой своих итальянских или французских союзников добиться превосходства. В результате в Британии началась настоящая пропагандистская война, весьма напоминавшая антимусульманскую риторику эпохи крестовых походов. И если министерство иностранных дел проявляло осторожность, то «благодетели человечества» высказывались весьма резко. Самой осмотрительной и встревоженной стороной оказалось Министерство по делам Индии, чиновники которого полностью осознавали, какое воздействие на индийских мусульман могут оказать британцы, лишив султана-халифа прав владения. Вскоре раскрыла свои карты и другая заинтересованная сторона: британская протурецкая влиятельная группировка «Англо-Османское общество», разделявшее позицию Министерства по делам Индии. Это общество считало, что Британия должна быть защитницей мусульман.

24 мая 1915 года именно в тот момент, когда османское правительство решило, что только с помощью переселения армян восточной Анатолии оно сможет подавить внутренние волнения, которые чрезвычайно затрудняли борьбу на внешних фронтах, союзники объявили о своем намерении преследовать «всех членов османского правительства и тех их доверенных лиц, которые причастны к массовым убийствам [армян]». 3 июля 1918 года умер султан Мехмед V Решад и до конца года новый султан Мехмед VI Вахдеддин санкционировал создание военных трибуналов для судебного преследования тех, кто нес ответственность за экономические преступления, а также за «депортацию и массовые убийства» армян. Опасения потерпевшего крах османского правительства состояли в том, что на нежелание наказывать военных преступников оккупационные силы союзников ответят жестким соблюдением условий перемирия. В январе 1919 года начались предварительные расследования, которые привели к первым в истории судебным процессам над военными преступниками, а отчеты о судебных разбирательствах время от времени появлялись в официальном печатном органе правительства, газете «Takvim-i vakäyi». 28 апреля 1919 года открылся судебный процесс над приблизительно 120 министрами кабинета военного времени и высшими функционерами КЕП. В основе официального обвинения лежали показания османских мусульман и документальные свидетельства. В обвинительном акте утверждалось, что это массовые убийства при пособничестве должностных лиц. Вдохновителем этих преступлений был назван Талат-паша. Было указано, что депортации и убийства осуществлялись функционерами КЕП в провинциях, в особенности членами тайной и противозаконной «Специальной организации». Именно так об этом сообщал тогда Ахмед Рефик. В обвинительном акте было отмечено, что всех чиновников, которые препятствовали выполнению этих распоряжений, увольняли, а простым мусульманам, которые укрывали армян, угрожали смертью. Через неделю суд проинформировали о том, что стало известно и о других преступлениях против армянского населения. Эти преступления, среди которых были изнасилования, пытки и массовые убийства, совершались как в Стамбуле, так и в провинциях. Суд пришел к заключению, что депортации были спланированы центральным комитетом КЕП, и в конце мая 1919 года 67 человек из тех, кто находился под стражей, перевезли на остров Мальта, который тогда был британской колонией. Это было сделано по причине опасений, что стамбульскую тюрьму, где их держали, могли взять штурмом и выпустить обвиняемых. В то время был освобожден еще 41 подозреваемый. В начале июля, в ходе заочного судебного разбирательства, Талат, Кемаль и Энвер были признаны виновными и приговорены к смертной казни. Последовало еще несколько судебных процессов по массовым убийствам в конкретных провинциях, таких как Трабзон, Харпут и Мосул. Однако к октябрю 1919 года активность военно-полевых судов пошла на убыль, а через год судебные разбирательства были полностью прекращены.

Постоянное присутствие союзных войск в Стамбуле и в непосредственной близости от него объяснялось как временная мера, введенная только на тот период, пока в Париже идет согласование условий мирного договора. Но судя по всему, уже тогда шел дележ того, что еще осталось от империи, и большинство турецкого населения могло лишиться тех территорий, которые им принадлежали. К маю 1919 года французы оккупировали провинцию Адана, британцы заняли провинции Килис, Урфа, Мараш и Газиантеп (все они в конце 1919 года перешли от британцев к французам), а итальянцы оккупировали Анталью. 15 мая войска находившиеся в материковой Греции высадились в Измире, главном городе Эгейской Анатолии, значительную часть населения которой составляли греки. Это было сделано при попустительстве британцев, целью которых было предотвратить дальнейшее продвижение итальянцев. Высадка греков лишила турок всякой надежды, так как помимо заверений в том, что никакой военной оккупации Стамбула не будет, адмирал Калторп сообщил османским переговорщикам в Мудросе, что их просьба не допускать высадки греческих войск в Стамбуле и Измире уже передана в Лондон. Высадка греческих войск встревожила всех участников споров о дальнейшей судьбе Айя Софии, поскольку она вызвала опасения, что подразделения турецкой армии, занимавшие этот храм-мечеть, скорее уничтожат его, чем отдадут грекам, если те войдут в Стамбул. Это поставило крест на предложении снова сделать эту мечеть церковью.