Помимо всего прочего, каспийцы находилась еще и в бедственном финансовом положении, так как деньги, выделенные флотилии еще Временным правительством, до адресата так и не дошли. Просьбы в Совнарком о финансовой помощи так же остались без ответа – у большевиков просто не было денег. Для того чтобы как-то жить, Центральный комитет Каспийской флотилии вынужден был продать с аукциона пароход «Генерал Куропаткин», однако вырученных денег хватило ненадолго, и Центрокаспий вынужден был прибегать к займам у частных лиц.

В конце марта произошел так называемый «мусаватистский мятеж», сопровождавшийся кровопролитной взаимной резней армян и азербайджанцев. В советское время историки неопределенно писали, что во время погромов в Баку в марте 1918 года матросы флотилии силой оружия сами остановили резню. В реальности все было совсем иначе…

Как ни прискорбно говорить, но мятеж и резня были спровоцированы именно матросами, которые, не считаясь с накаленной обстановкой в городе, силой разоружили в порту несколько офицеров мусульманской Дикой дивизии. Это вызвало волнения в дивизии и мусульманских кварталах. Представители дивизии явились в район базирования и проживания моряков Баилов, требуя вернуть оружие. Матросы отказались. Офицеры настаивали. Все еще можно было бы решить миром, но матросы открыли огонь из корабельных орудий по мусульманским кварталам. Одновременно помочь матросам «навести порядок» в городе решили и армянские боевики-дашнаковцы. Это и спровоцировало трехдневные погромы и уличные бои. На протяжении всех трех дней матросы вели артиллерийский огонь как по штабу Дикой дивизии, так и по мусульманским кварталам и мечетям, в том числе и по знаменитой Девичьей башне. Согласно докладу Шаумяна в Москву, который отвез секретарь Центрокаспия матрос В. И. Бойцов, в мартовских боях с обеих сторон участвовало более 20 тысяч человек, из которых более 3 тысяч погибло. Но и это не все – погромы перекинулись на провинцию. Всего было вырезано около 10 тысяч мусульман. Немало погибло и армян, так как ожесточение было взаимным. Справедливости ради следует отметить, что в расположении флотилии нашли свое спасение много азербайджанских женщин и детей.

Что касается Шаумяна, то он цинично оценивал результаты резни как… «блестящие для нас». В принципе, после «победы» армян, власть большевиков и левых эсеров в Баку действительно окрепла. Однако негативные последствия заключались в том, что мусульмане Баку полностью отвернулись от советской власти. Теперь все симпатии азербайджанцев были на стороне продвигавшихся к Баку турок. Кроме этого, мусульмане Дагестана в отместку перекрыли пути снабжения хлебом Баку из Кубани и Ставрополья, что сразу создало острую продовольственную проблему в городе.

25 апреля 1918 года власть в Баку окончательно перешла в руки большевиков. Был сформирован Совет народных комиссаров Бакинской коммуны во главе с С. Г. Шаумяном. Нарком по военно-морским делам Бакинского Совнаркома был назначен Г. Н. Корганов (Корганян). Каспийский наркомвоенмор родился в Тифлисе, окончил Московский университет, воевал прапорщиком на Кавказском фронте, состоял в партии большевиков. С декабря 1917 года председатель ВРК Кавказской армии, с марта 1918 года член Комитета революционной обороны Баку и с апреля 1918 года нарком по военно-морским делам. Не будучи сам моряком, в военно-морских делах он разбирался слабо и авторитетом среди офицеров и матросов флотилии, разумеется, не пользовался.

В апреле 1918 года, после очередных перевыборов, в новом составе Центрокаспия из 12 членов пятеро являлись большевиками, во главе с председателем Центрокаспия матросом-большевиком А. Р. Кузьминским. Остальные семь матросов являлись левыми эсерами и анархистами.

В целом, несмотря на недовольство матросов ленинским Брестским миром с немцами, в апреле-мае 1918 года флотилия поддерживала партию большевиков. Разумеется, такая ситуация устраивала далеко не всех. И 30 мая эсерами и меньшевиками была предпринята достаточно неуклюжая попытка рассорить матросов с большевиками. Для этого по городу было распространено сообщение о том, что матросы флотилии собирают митинг всех воинских частей и рабочих бакинских заводов для обсуждения текущего момента и смены власти в городе. Извещение было подписано вымышленными именами председателя судового комитета канонерской лодки «Ардаган» Аникина и секретаря комитета Игнатова, которых в составе экипажа лодки «Ардаган» не было.

Первыми возмутились этой провокацией матросы с канонерской лодки «Ардаган». В своем воззвании они поспешили заверить городскую общественность и членов Бакинской коммуны, что твердо стоят на позициях советской власти и большевиков: «Комитет утверждает, что данные повестки являются провокационными. Ни комитет, ни команда канонерской лодки «Ардаган» до последнего момента ничего не знали о митинге. Председателя Аникина и секретаря Игнатова на «Ардагане» не существует. Ясно, что контрреволюционные силы вновь стараются применить прежний способ, применявшийся ими перед гражданской войной. Товарищи рабочие и красноармейцы! Не поддавайтесь хитрым уловкам контрреволюционеров. Мы, ардаганцы, стоим на страже интересов завоеваний Октябрьской революции. Пусть это подпольное шипение змеи послужит цементом для большего объединения. Товарищи рабочие и красноармейцы, тесными рядами, рука об руку по пути Интернационала, мы, моряки, идем всегда с вами. Да здравствует социальная революция, да здравствует Бакинский Совет Народных Комиссаров, да здравствует Рабоче-крестьянское правительство! Комитет канонерской лодки «Ардаган». Резолюцию «Ардагана» полностью поддержали остальные корабли и суда флотилии.

Ужас азербайджанской резни вызвал у большинства матросов вполне понятное желание уйти в Астрахань, там бросить суда и разойтись по домам. Однако офицеры, считавшие, что флотилия своим уходом будет способствовать утверждению в Баку советской власти и дальнейшему продвижению германо-турецких войск на Кавказе, все же уговорили матросов повременить с уходом.

В свою очередь, в Совнаркоме также понимали, что только от позиции матросов будет зависеть, удержится ли советская власть в Баку или нет. Для этого следовало попробовать переагитировать каспийцев на свою сторону, а если это не удастся, то просто расформировать флотилию и разогнать местную братву, от которой теперь центральной власти было больше вреда, чем пользы. При этом предполагалось, под видом объединения Астраханской и Каспийской флотилий все боевые корабли перевести из Баку в Астрахань. С этой целью в Баку в срочном порядке был отправлен матрос Пендюрин, назначенный «особым комиссаром по ликвидации Каспийской военной флотилии». Однако Пендюрин оказался не готов к решению серьезных вопросов. Поэтому вскоре вслед за ним в Баку с эшелоном балтийских матросов были направлены матросы-большевики В. Ф. Полухин и Э. А. Берг, являвшиеся весьма опытными организаторами и авторитетными матросскими лидерами. В. Ф. Полухин при этом был назначен главным комиссаром Каспийской флотилии, а Э. А. Берг – его помощником.

Что касается особого комиссара В. Ф. Полухина, то он был из старых матросов. На Балтийский флот его призвали еще в 1907 году. После окончания класса гальванеров учебно-артиллерийского отряда служил на крейсере «Адмирал Макаров». В 1913 году был уволен в запас. С началом Первой мировой войны В. Ф. Полухина снова призвали на флот. Служил на линкоре «Гангут». В октябре 1915 года был арестован как «неблагонадежный», разжалован из унтер-офицеров в рядовые и переведен с Балтийского флота в команду службы связи Белого моря. В феврале 1917 года был избран моряками в Мурманский городской совет. В конце мая 1917 года В. Ф. Полухин избирается членом Центрального комитета флотилии Северного Ледовитого океана и членом Архангельского исполкома. В августе 1917 года В. Ф. Полухин был направлен в Центральный комитет Всероссийского военного флота. Входил в большевистскую секцию Центрофлота. В сентябре объезжал корабли в Ревеле и Гельсингфорсе, проверяя готовность команд к вооруженному восстанию в Петрограде. Являлся делегатом 2-го съезда Балтийского флота. В конце 1917 года командовал матросским отрядом. На 1-м Всероссийском съезде моряков военного флота был избран в законодательный совет Морского ведомства при ВЦИК. Как председатель этого совета, участвовал в совещаниях Совнаркома. В апреле 1918 года В. Ф. Полухин был назначен комиссаром особых поручений при коллегии Народного комиссариата по морским делам.