В первых числах августа их посетил приехавший из Москвы Хори Сан. Сразу же после его отъезда негласным путем была получена информация, что Токаки 7 или 8 августа намеревается выехать за границу в Берлин. За японцами было установлено плотное наружное наблюдение, которое не позволило им скрыться. Днем в 2 часа японцы направились в американское консульство, где Токаки получил 400 руб. для поездки за границу.

В 10 часов вечера они вернулись домой, где их уже ждали сотрудники охранного отделения Департамента полиции штабс-ротмистр М. С. Комисаров, чиновник особых поручений И. Ф. Манасевич-Мануйлов, и. о. пристава 1-го участка Спасской части г. Санкт-Петербурга капитан Чеважевский, а также околоточные надзиратели Водопьянов и Грабовский. При обыске у японцев были обнаружены компрометирующие их бумаги, и они были арестованы. В ходе следствия было установлено, что Сиратори прекрасно владел русским языком и письмом и даже опубликовал в газете «Русь» серию статей под названием «Японские вечера». Токаки великолепно рисовал морские суда и замечательно знал технику сооружения и боевого оборудования кораблей. Арестовали также и Елену Сиратори, а на квартире была оставлена засада.

При обыске было обнаружено большое количество писем на японском языке, рисунки мин, минных заграждений и различного типа судов, а также заметки о состоянии воинских частей и составленная от руки морская карта с путем следования судов, обозначенным на ней пунктиром. Когда часть писем была переведена на русский язык, выяснилось, что в них содержались настойчивые требования усиленной осторожности. Все это давало основания для проведения дознания по обвинению их в шпионской деятельности.

Необходимость противодействия акциям японской разведки в начале XX в. заметно активизировала и другие спецслужбы Российской империи. В это же время наряду с Разведочным отделением Главного штаба русской армии автономно начала действовать агентура охранного отделения Департамента полиции Министерства внутренних дел Российской империи. В конце 1904 г. его руководство приняло решение об учреждении в структуре Особого отдела собственного специального подразделения — совершенно секретного отделения дипломатической агентуры. Его задачи определялись как «розыск международного шпионства» и наблюдение «за пребывающими в столице представителями некоторых держав, сочувствующих Японии». Однако Военное министерство и Главный штаб не были поставлены об этом в известность. Ведомственная разобщенность оставалась непреодолимым барьером на пути становления российской контрразведки.

Русско-японская война была первой войной за передел мира и сферы влияний. Именно поэтому и началась настоящая охота за секретами царских дворцов и тайнами придворной политики, которые во многом определяли механизм любой государственности. Военное противоборство России и Японии было, безусловно, выгодно Британии и США. За военными действиями Японии стояла сила Британской империи, стремившейся остановить продвижение русских в Тибет, Индию, Афганистан и Среднюю Азию. США стремились укрепить свое влияние на Дальнем Востоке и во всем Азиатско-Тихоокеанском регионе путем взаимного ослабления России и Японии.

Существует версия, что в 1903 г. английскому разведчику Сиднею Рейли удалось раздобыть коды военно-морского флота России и планы военно-морской крепости Порт-Артур. Некоторые зарубежные исследователи даже считают, что он действовал по заданию Акаси, поскольку коды и планы Порт-Артура были действительно проданы Японии и использовались в военных действиях против России. Рейли в самом деле в это время находился в Порт-Артуре, где официально занимался коммерческой деятельностью.

Российская контрразведка установила имя человека, который непосредственно похитил секретные чертежи крепости. Им оказался китаец Хо-линь-шунь, работавший под началом главного корабельного инженера Свирского. Хо-линь-шунь отлично знал весь порт, укрепления, детальное расположения минных полей и имел доступ к планам дока. Материалы российской контрразведки свидетельствуют, что он знал о начале японской бомбардировки еще 26 января 1904 г. 23 февраля и 8 марта на его банковский счет были переведены крупные суммы денег. 10 апреля он был задержан жандармом при попытке без разрешения выехать из Порт-Артура. Однако ему все-таки удалось бежать, и его дальнейшая судьба неизвестна.

В ходе следствия российской контрразведке не удалось установить имя заказчика этой акции. Однако через двадцать семь лет жена Рейли, Маргарет, вспоминая о жизни своего мужа, вскользь упомянула инженера, которого она знала по Порт-Артуру. Этого человека звали Хо-линь-шунь. Интересен и другой факт: оба, Рейли и Хо, исчезли из Порт-Артура в одно и то же время. В опубликованных документах Акаси имя Рейли не значится. Хотя вполне можно допустить, что тот работал под псевдонимом.

Английская военно-морская разведка контролировала продвижение 2-й Тихоокеанской эскадры российского флота и, очевидно, охотно делилась этими сведениями с японским Генеральным штабом. При этом следует учитывать тот факт, что абсолютное большинство международных телеграфных линий находились в собственности англичан.

С конца февраля 1904 г. Разведочное отделение вплотную занялось британским военным агентом полковником Нэпиром. Однако первые установки свидетельствовали, что английский офицер поддерживал лишь официальные контакты с представителями российского Главного штаба. С началом Русско-японской войны Нэпир резко ограничил все «неформальные» связи в военной среде. Однако опыт расследования «дела Ивкова» подсказывал необходимость проверки всех подозрительных связей контактирующих с ним иностранных подданных. Поэтому внутренняя агентура обратила внимание на преподавателя Санкт-Петербургского политехнического института Джона Маршалла, который мог быть потенциальным посредником британского военного агента. В мае 1904 г. он был взят под плотное наблюдение. Почти сразу же выяснилось, что сорокапятилетний преподаватель оказался хорошим знакомым военно-морского атташе Великобритании, капитана королевского флота Кальторна. С ним он встречался почти ежедневно.

Маршалла особенно интересовало все, что было связано «с судами, приготовлявшимися к отправке на театр войны». Это касалось его контактов со служащими Главного управления кораблестроения и ряда заводов, выполнявших военные заказы. Одним из его источников был сын его экономки Казимир Паликс, работавший в Кронштадте на ремонте броненосца «Орел». По заданию Кальторна Маршалл добыл ряд весьма ценных материалов по русскому флоту. В частности, это были подробности аварии подводной лодки «Дельфин» и состояние кораблей Балтийского флота, предназначенных в состав 2-й Тихоокеанской эскадры.

В ходе этой агентурной разработки Лавров и его сотрудники вышли на след особо ценного агента британской разведки. Им оказался скромный переплетчик морского ведомства Генрих Поваже. В течение многих лет он активно сотрудничал с британской разведкой и безнаказанно продавал военные секреты России. Однако в ходе успешно развивающейся агентурно-оперативной разработки у Лаврова неожиданно возникли непредвиденные осложнения. 6 мая агентура Лаврова, которая занималась разработкой графини Комаровской, подозреваемой в шпионаже, неожиданно зафиксировала организацию параллельного наружного наблюдения. Как выяснилось позднее, за Комаровской высокопрофессионально наблюдали агенты тайной полиции.