Лавров немедленно обратился за разъяснениями сложившейся ситуации в высшие инстанции. Директор Департамента полиции А. А. Лопухин объяснил ему, что по указанию министра внутренних дел в Департаменте полиции создана небольшая специальная организация для наблюдения за морским агентами в целях оказания помощи адмиралу 3. П. Рожественскому (в то время еще начальнику Главного морского штаба) и что в результате организованного наблюдения на Комаровскую «получены новые, весьма серьезные сведения».

21 мая Разведочное отделение было отстранено от наблюдения за «Коричневым» (под этой кличкой в Департаменте полиции проходил Джон Маршалл). Лавров и его сотрудники, весьма встревоженные складывающейся ситуацией, настояли на проведении межведомственного совещания. Представители Департамента полиции предлагали объединить усилия тайной полиции с контрразведкой. Однако при этом настаивали, чтобы Разведочное отделение вместе со всем делопроизводством и агентурными разработками было передано из Военного министерства в Департамент полиции. Лавров, ставший к этому времени подполковником, от этого категорически отказывался. На путях компромиссного решения было предложено разграничить сферу деятельности: Разведочное отделение должно было заниматься наблюдением за «сухопутными» военными агентами, а Департамент полиции — за морскими. Однако все эти разумные решения остались нереализованными. Более того, внутриведомственное соперничество обострилось.

Департамент полиции опирался на поддержку всесильной бюрократической машины Министерства внутренних дел в лице В. К. Плеве. Военное министерство попыталось тактическим маневром вывести Разведочное отделение из-под давления штаба корпуса жандармов, которому по административной линии формально подчинялся Лавров. 17 июля он был уволен в отставку приказом императора по армейской кавалерии. Одновременно были готовы документы о возвращении его на военную службу в распоряжение Главного штаба. Это было сделано высочайшим приказом 14 августа 1904 г.

12 августа 1904 г. Лаврова пригласили на Фонтанку, д. 16, в Департамент полиции, где его принял чиновник особых поручений И. Ф. Манасевич-Мануйлов. Впоследствии Лавров писал, что господин Мануйлов объяснил ему, что имеет поручение преобразовать организацию Департамента полиции по разведке шпионства на широких началах, используя опыт Парижского разведочного бюро. Мануйлов проинформировал Лаврова, что Департамент полиции уже имеет свою местную и заграничную агентуру и что уже назначен специальный жандармский обер-офицер — и поэтому объединение обеих организаций неизбежно. По словам Лаврова, Мануйлов предложил ему «частным образом соединить Разведочное отделение с их организацией». Лавров отказался от этого предложения и указал на его несоответствие «Высочайше утвержденному мнению по сему предмету военного министра», изложенному в докладной записке от 20 января 1903 г. Скоро началась массированная атака Департамента полиции на Разведочное отделение.

13 августа сотрудники Разведочного отделения установили, что новым спецподразделением Департамента полиции взят под наблюдение шведский военный агент барон Лейонхювуд. 19 августа сотрудники Департамента полиции предприняли попытку вербовки лакея барона, который уже давно был завербован Лавровым. 21 августа последовала новая попытка вербовочного подхода. На этот раз это был лакей полковника Нэпира. Он уже давно был на связи у одного из сотрудников Лаврова и доложил о случившемся в военную контрразведку. Подобная деятельность Департамента полиции подробно документировалась Разведочным отделением, а факты Лавров неоднократно докладывал начальнику военно-статистического отделения Главного управления Генерального штаба Виталию Платоновичу Целебровскому. Он неоднократно указывал, что «двойственная система, тяжелая во всяком деле, совершенно нетерпима розыском».

Официальный протест Лаврова действия не возымел, и ему пришлось свернуть работу наружной агентуры. Представители русской тайной полиции стали энергично приобретать внутреннюю агентуру в окружении иностранных военных дипломатов. В сентябре Лавров лишился своего внутреннего агента, разрабатывающего Джона Маршалла, который теперь выполнял задания контрразведки Департамента полиции. К 1 октября был перевербован и последний внутренний агент по делу Маршалла. В таких условиях работа Разведочного отделения становилась бесцельной и приходилось думать не о расширении дела, а в первую очередь «о возможном охранении уже ведущихся наблюдений и сбережений своих внутренних агентов», указывал в своем отчете Лавров. «Пробивные» способности и возможности руководства контрразведки Департамента полиции оказались гораздо сильнее и эффективнее, нежели руководства Разведочного отделения военного ведомства.

Однако определенный эффект докладные записки Лаврова все же возымели. В ходе одной из личных встреч с ним директор Департамента полиции А. А. Лопухин был вынужден признать, что его организация «немного зарвалась». Однако при этом он убеждал Лаврова, что «дело растет с каждым днем» и что особое внимание они хотят обратить на Австро-Венгерскую империю. В частности, Лопухин указывал, что планируется открыть резидентуру Департамента полиции в Вене и для этих целей ассигнуется 20 тыс. руб.

К этому времени из различных источников в Петербург поступали сведения, что центр японской разведывательной службы переместился в Вену. Об этом, в частности, сообщал генералу Целебровскому русский военный агент в Париже Лазарев. В письме от 24 марта 1904 г. он писал: «Японская миссия в Вене имеет секретных агентов в Кракове и Львове, которые получают надлежащие указания из Варшавы и Петербурга». Эта информация поступила к русскому военному агенту от Манасевича-Мануйлова.

Буквально через день 25 марта 1904 г. на имя начальника военно-статистического отдела Главного штаба генерала В. П. Целебровского поступило отношение от директора Департамента полиции Лопухина следующего содержания:

«Милостивый государь Виталий Платонович!

Из совершенно секретного источника мною получены сведения, что центром японской разведывательной службы является г. Вена. Так на днях к японскому посланнику в Париже явилось одно лицо… с предложением агентурных услуг. Посланник Мотоно заявил этому лицу, что ему надлежит обратиться в Венскую миссию, спросив проживающего ныне в Вене бывшего японского консула в Одессе. Японская миссия в Вене имеет секретных агентов в Кракове и Львове, агенты получают сведения о передвижении наших войск из Варшавы и Петербурга.

Из того же источника мною получены сведения, что подробный план Порт-Артура был приобретен японцами от какого-то русского военного инженера.

Об изложенном считаю долгом сообщить вашему превосходительству.

Прошу ваше превосходительство принять уверение в совершенном моем почтении и преданности.

Лопухин».

Лавров не знал всего этого, и фигура Мануйлова не вызывала у него уважения. Поэтому он отнесся к прожектам Лопухина с большим скепсисом и уклонился от обсуждения этого вопроса. Он продолжал считать, что главным препятствием на пути осуществления планов создания по-настоящему эффективной контрразведывательной службы является некомпетентность сотрудников Департамента полиции в военных вопросах. Еще тогда, когда Департамент полиции лишь только собирался решать поставленную перед ними задачу по разработке иностранных военно-морских атташе и обеспечения безопасности 2-й Тихоокеанской эскадры в пути на Дальний Восток, он указывал: «…организация Департамента полиции не имеет надлежащей связи с Морским министерством и некомпетентна в морском деле». Он считал, что выход из складывающейся ситуации заключался в том, чтобы создать в охранном отделении кадры специалистов в военной области как для контрразведывательной, так и для разведывательной деятельности. Время подтвердило прозорливость и правильность предложений и прогнозов Лаврова.