«Мой проект, — писал впоследствии сам Мануйлов, — был одобрен министром внутренних дел, и мне было поручено организовать особое отделение при департаменте». Таким образом, летом-осенью 1904 г. было создано специальное подразделение тайной полиции, которое начало выполнять контрразведывательные функции. В отличие от Разведочного отделения Военного министерства оно располагало значительными денежными средствами. На агентурно-розыскные мероприятия руководство тайной полиции ассигновало 23 тыс. руб., что в несколько раз превосходило расходы всего Разведочного отделения Главного штаба.

Манасевичу-Мануйлову пришлось также столкнуться с деятельностью эмиссара клана «Черного Дракона» Мотодзиро Акаси.

По сведениям Департамента полиции, к осени 1904 г. кроме Вены резидентуры японской военной разведки были созданы в Антверпене и Стокгольме. Они организовали разведывательное сопровождение 2-й Тихоокеанской эскадры в ее движении на Дальний Восток. Активная разведывательная деятельность, организация диверсий, поддержка террористической деятельности левоэкстремистских революционных организаций внутри России, организация и подготовка вооруженного восстания в национальных окраинах Российской империи — вот далеко не полный перечень деятельности клана «Черного Дракона». Везде чувствовалась уверенная рука опытного противника.

Согласно законам диалектики общественно-политического развития противники и оппозиция строю, режиму, вождю всегда есть в любой стране. Вопрос в том, насколько они дееспособны, влиятельны, организованны и готовы к решительным действиям. Задачей спецслужб в отношении их является выявление их признанных лидеров и отношения к ним в обществе, армии и органах государственной безопасности. Важным является выяснение таких вопросов: пользуются ли они поддержкой извне и как изменится политический и экономический климат в регионе в случае их прихода к власти? Особое значение эти вопросы приобретали, когда речь шла о стране, которая по своему геополитическому положению представляла значительный интерес.

В свое время при разработке планов на предстоящую военную кампанию японское командование принимало в расчет даже возможный рост революционного и национально-освободительного движения в России. Уже в середине 1903 г. в меморандуме императорского японского Генерального штаба было особо отмечено и указано на российское социалистическое движение как на возможного союзника при проведении подрывных операций в тылу противника. Японским дипломатам и разведчикам было рекомендовано обратить внимание на разработку как представителей либеральной оппозиции, так и радикальных революционных групп.

В марте 1904 г. начальник Выборгского охранного отделения доносил в Департамент полиции следующее: «Серьезного внимания в настоящее время заслуживает то обстоятельство, что японская миссия в Петербурге после разрыва дипломатических отношений с Россией избрала свое местожительство именно в Стокгольме. Есть основания полагать, что это сделано с той целью, чтобы удобнее следить за всем тем, что происходит теперь в России. …Ближайшими помощниками японцев для получения необходимых сведений из России могут быть высланные за границу финляндцы, проживающие ныне в Стокгольме; для последних же добывание этих сведений не может составить большого затруднения».

Поэтому руководство российской тайной полиции приняло решение организовать плотное агентурное наблюдение за деятельностью японских военных агентов и оппозицией за границей. С этим заданием И. Ф. Мануйлов в октябре 1904 г. срочно выехал в Западную Европу. Для решения поставленных задач ему была выделена солидная сумма в размере 45 тыс. руб. Она почти в два раза превосходила годовой бюджет всего Разведочного отделения Главного штаба. Довольно скоро Мануйлов установил, что ключевой фигурой японского шпионажа в Европе является военный атташе в Стокгольме полковник Мотодзиро Акаси.

Именно он сумел наладить контакты с лидерами финляндской оппозиции, которые к этому времени располагали весьма обширными связями в русских, польских и прибалтийских революционных и либеральных кругах. Самую широкую поддержку и взаимопонимание Акаси нашел у видного политического деятеля Финляндии, известного журналиста и литератора, создателя и руководителя Партии активного сопротивления Финляндии Конрада (Конни) Виктора Зиллиакуса. Последний родился в 1855 г. в семье сенатора X. Ю. В. Зиллиакуса, получил юридическое образование и с 1978 г. служил в Верховном суде, а с 1879 г. — в канцелярии генерал-губернатора Финляндии.

В 1881 г. Зиллиакус ушел с государственной службы и вел хозяйство в собственном поместье, однако скоро разорился и уехал в США, где проживал с 1889 по 1893 г. Затем он перебрался в Японию (1893-1897), а оттуда во Францию (1897-1898). Именно в это время он получил европейскую известность как журналист и писатель, автор книг об индейцах, путевых заметок, переводов японских сказок на шведский язык. Свои публикации в газетах и журналах Европы и Америки он частенько подписывал псевдонимом Самурай.

В 1898 г. Зиллиакус вернулся в Финляндию, где в 1899-1900 гг. являлся соредактором и одним из авторов либеральной газеты «Нюа прессен». После ее закрытия переехал в Швецию, где с 1901 г. стал редактором нелегальных финляндских газет «Фриа урд» (на шведском языке) и «Вапайта санойа» (на финском языке), издаваемых в Стокгольме. Он был одним из инициаторов и организаторов подачи адреса императору Николаю II от имени деятелей европейской науки и культуры с протестом против политики русификации Финляндии. В это же время он активно занимался революционной деятельностью, связанной с нелегальной транспортировкой в Россию революционной литературы и оружия. С этой целью он приобрел яхту и установил тесные контакты с российскими либеральными и революционными деятелями, особенно социал-демократами и социалистами-революционерами. В 1902 г. в Стокгольме вышла его книга «Революционная Россия» сначала на шведском, а в 1904 г. на финском языке, в которой рассматривалась история революционного движения в России за последние десятилетия XIX в. С 1903 г. активно сотрудничал в шведском журнале «Нордиск ревыо», в котором публиковались его статьи о положении в Финляндии.

Зиллиакус еще до начала Русско-японской войны установил прочные связи с кланом «Черного Дракона». Очевидно, его знакомство с Акаси относится к периоду Японо-китайской войны. Акаси в это время был прикомандирован к штабу японской армии в Китае, а Зиллиакус подвизался там же в качестве военного корреспондента. В 1904 г. это знакомство переросло в тесное сотрудничество. Как опытный разведчик, Акаси рассчитывал использовать в интересах Японии движение сепаратистов, русских революционеров и оппозиционеров. Вместе с Зиллиакусом они вынашивали идею оказания финансовой помощи сепаратистским кругам, прежде всего в Прибалтике, Закавказье и Финляндии, для ускорения их вооруженного выступления против царского режима. Эта инициатива получила поддержку японского посла в Лондоне Т. Хияси и японского Генерального штаба в лице одного из руководителей разведки генерала Я. Фукушимы.

Опираясь на материальную поддержку Акаси, Зиллиакус предпринял практические усилия организационного характера для консолидации радикально настроенных революционных и оппозиционных сил эмиграции. В ноябре 1904 г. он стал одним из создателей Партии активного сопротивления Финляндии. Эта партия во многом копировала эсеровскую тактику и осуществила ряд террористических актов. Так, 16 июня 1904 г. Э. Шауманом был убит генерал-губернатор Финляндии Г. И. Бобриков. 6 февраля 1905 г. студент Л. Хохенталь совершил покушение на прокурора Сената Сойсалона-Сойнинена. Партия активного сопротивления оказывала всемерную помощь революционному движению в России. В частности, организовывала закупки оружия в Бельгии и Англии и последующую транспортировку его в Финляндию и Россию. В это время Зиллиакус установил тесные связи с представителями Боевой организации партии социалистов-революционеров Е. Азефом, Н. В. Чайковским и др., а также с представителями Российской социал-демократической партии в лице Н. Е. Буренина и Л. Б. Красина. Зиллиакус выступил инициатором проведения межпартийных конференций и принимал участие в совместных конференциях российской оппозиции и революционных партий в Париже и Женеве.