Пафнутий Боровский умер в 1477 г., назначив своим преемником Санина. Однако Иосиф не спешил принять бразды правления в свои руки. В компании старца Герасима Черного он два года странствовал по Руси, переходя из монастыря в монастырь. Иосиф скрывал свое игуменство и называл себя учеником Герасима, трудился «на черных службах». Лишь однажды, будучи в пределах Тверского великого княжества, он невольно выдал себя. На всенощной некому было читать, и Иосифу пришлось взять книги. Вскоре он увлекся чтением, и были у него «в языце чистота, и в очах быстрость, и в гласе сладость, и в чтении умиление: никто бо в те времена нигде таков явися». Изумленный игумен советовал тверскому князю не выпускать дивного чтеца из своей вотчины, и паломникам пришлось спешно бежать из Твери.

Среди русских монастырей особой славой пользовался Кирилло-Белозерский. Иосиф посетил его, когда Нил, по всей видимости, покинул Белоозеро. Объясняя свой уход, Сорский кратко упомянул о том, что сделал это «пользы ради душевныя, а не ино что». Иосиф описал свои впечатления от посещения Кирилло-Белозерского монастыря в резких и откровенных выражениях: «Старейшие и большие старцы вси отбегоша от монастыря, нетерпяще зрети святого Кирилла предание попираема и отметаема».

После странствий по монастырям Иосиф Санин вернулся в Пафнутьев Боровский монастырь. Братия встретила его сдержанно.

Игумен покинул обитель на два года, не подавал о себе никаких вестей. Монахи обращались к Ивану III, прося другого игумена. Государь отказал им. Пафнутьев монастырь был семейной обителью великого князя, что открывало перед игуменом большие перспективы, но Иосиф покинул Пафнутьев монастырь. Решение было связано с его религиозными установками, а также четко обозначившимися политическими симпатиями.

Познакомившись с монастырской практикой в разных княжествах и землях России, Санин пришел к выводу, что лишь строгие меры могут спасти пошатнувшееся древнее благочестие. Не надеясь исправить нравы в старинных монастырях с давно сложившимся укладом жизни, Санин пришел к мысли о необходимости основать новый монастырь, который стал бы образцом очищения монашеской жизни от разъедавших ее пороков. С этой целью Иосиф решил удалиться в родные края — Волоцкий удел, где княжил Борис Васильевич, брат Ивана III.

1 июня 1479 г. Санин пришел в удельную «отчину», а через несколько дней основал пустыньку посреди соснового бора, у слияния речек Сестры и Струги. Санину и семи его инокам, если верить легенде, не пришлось тратить силы на расчистку леса. Едва путники добрались до Сестры, произошло чудо: ураган, не причинив вреда людям, повалил могучие деревья и открыл перед их взором долину с серебряной гладью озера на востоке. Если Сергий Радонежский сам строил первую церковь и первые кельи в удельных владениях, то Иосиф с первых дней получил помощь от удельного князя. Борис Васильевич, повествует летописец, «прислал мастеров довольно на создание церкви и келий». Первая деревянная церковь была заложена 6 июня, а освящена 15 августа. Прошло пять-шесть лет, и благодаря щедрым субсидиям волоцкого князя на месте деревянной церкви был воздвигнут величественный каменный храм, расписать который Иосиф поручил «хитрому живописцу» Дионисию, самому знаменитому из художников Руси.

В церковном великолепии, музыке и живописи заключалась сила, оказывавшая глубочайшее воздействие на душу народа. Санин был натурой художественно одаренной и сделал достоянием обители лучшие образцы искусства своего времени. Среди немногих вещей, привезенных Саниным из Боровского монастыря, находились Евангелия, Деяния и Послания апостольские, псалтыри, Книги Василия Великого и Петра Дамаскина, «Патерик азбучной» и, наконец, «четыре иконы, три — Рублева письма Андреева».

Иосиф радел о красоте и благочинии церковной службы. В церкви, учил он, «все благообразно и по чину да бывает». Внешнее благочиние, полагал игумен, открывает путь к внутренней красоте: «Прежде о телесном благообразии и благочинии попечемся, потом же и о внутреннем хранении». В уставных наставлениях о молитве не забыта даже поза молящегося: «Стисни свои руце, и соедини свои нозе, и очи смежи, и ум собери». Еще более подробные наставления такого рода Иосиф адресует мирянам в своем главном сочинении под названием «Просветителе»: «Ступание имей кротко, глас умерен, слово благочинно, пищу и питание немятежно, потребне зри, потребне глаголи, будь в ответах сладок, не излишествуй беседою, да будет беседование твое в светле лице, да даст веселие беседующим тебе».

Ни одна обитель не имела более строгого устава, чем Иосифов монастырь. Подробный свод всевозможных запрещений служил как бы подпоркой твердого монашеского жития. Санин верил в грозного судию Христа Вседержителя, карающего мировое зло. В его монастыре царил авторитет игумена, от братии требовались строгая дисциплина и безоговорочное повиновение. Всем вместе и каждому в отдельности Санин внушал, что никто не минует наказания даже за малое нарушение Священного Писания: «Души наши, — писал он, — положим о единой черте заповедей Божьих».

Подвиги иноков, поощрявшиеся властями, носили традиционный характер. Особое место среди них занимали не требовавшие большой душевной работы, но крайне утомительные поклоны. Современники так описывали подвижничество братии в Волоцком монастыре: «Ов пансырь (предмет очень дорогой на Руси и доступный одним боярам) ношаше на нагом теле под свиткою, а ин железа тяжки и поклоны кладущи, ов 1000, ин 2000, ин 3000, а ин седя сна вкушая». Наказания, установленные игуменом за всевозможные проступки, не шли ни в какое сравнение с добровольно взятыми на себя подвигами. Виновный должен был отбить 50–100 поклонов. В исключительных случаях инока приговаривали к «сухоядению», некоторых сажали «в железо».

Новшества Иосифа снискали его обители славу по всей Руси. Но время, которое переживало тогда русское общество, было тревожным. Историческая драма обернулась трагедией. Завоевание Новгорода разрушило веко вой порядок. Сторонник богатой церкви, Иосиф Санин не мог относиться к секуляризации в Новгороде иначе как к святотатству. Не одобрял он и грубого вмешательства светской власти в церковные дела. Иосифов монастырь возник на земле, находившейся в подчинении Новгородского архиепископства. Его патроном стал новгородский владыка Феофил. Осенью 1479 г. Иван III велел арестовать Феофила. В январе следующего года опального иерарха увезли в Москву и заточили в Чудов монастырь.

Иосиф Санин вернулся в родные места в момент, когда его покровитель князь Борис и служившие ему волоцкие дворяне (среди них Санины, Кутузовы и пр.) замыслили мятеж против Ивана III. В 1480 г. князья Борис и Андрей Васильевичи разорвали мир с Москвой и двинулись на литовскую границу.

Готовясь к длительной войне с Иваном III, братья переправили свои семьи к польскому королю, а сами ушли в Великие Луки.

Борис Волоцкий не жалел денег на устроение Иосифо-Волоколамского монастыря. В распре с братом Иваном III он рассчитывал на посредничество Санина.

Будучи игуменом семейной обители великого князя, Иосиф пользовался авторитетом у вдовы Василия II и ее сыновей. Он помогал гасить ссоры в родственном кругу и мирил враждующих братьев. В конфликте между Иваном III и Борисом Санин открыто встал на сторону удельного князя.