К сожалению, спохватились поздно. Неорганизованная эвакуация грузов из Херсона и Николаева не обошлась без потерь. Грузопассажирский пароход «Новороссийск» (1351 брт, капитан – А.Ф. Ботто.), 9.08.41 г. следовавший самостоятельно, без сопровождения, был потоплен румынской авиацией на пути из Херсона в Одессу. Корабль получил тяжелые повреждения от прямого попадания авиабомб и выбросился на отмель в районе Григорьевки. Проводку корабля никто не организовал, и капитан предпринял выход на свой страх и риск.

Буксир СП-11 10.08.1941 г. потоплен немецкой фугасной бомобой у Очакова при буксировке из Николаева в Севастополь недостроенного крейсера «Фрунзе» (типа «Чапаев», проект 68), на борту которого находилось оборудование завода и семьи рабочих. Корабль буксировался без боевого охранения и был беззащитен перед немецкой авиацией. Ситуацию спас буксир СП-9, продолживший буксировку.

Более или менее организованная эвакуация началась только 11 числа, когда ситуация была уже критической. Одновременно с этим в Николаев и на Тендровскую косу были переброшены батальон морской пехоты Дунайской флотилии, 17-я пульрота и несколько подвижных батарей. Был сформирован сводный полк морской пехоты Николаевской военно-морской базы. Большая заслуга Г.И. Левченко заключается в том, что он смог навести порядок и начать эвакуацию недостроенных кораблей и грузов, привлекая для этого весь возможный тоннаж.

13 августа морской буксир «Симеиз» (капитан В.А. Вечный) под обстрелом немецкой артиллерии вывел из Николаева эскадренный миноносец «Огневой». Вместе с ним шел ледокол «С. Макаров» (капитан Д.Т. Чертков), буксировавший недостроенный крейсер «Куйбышев» с оборудованием заводов и эвакуируемыми семьями рабочих. В Очакове на помощь подоспел морской буксир «Тайфун» (капитан И.К. Омельянов). Двойной тягой они привели эсминец «Огневой» в Севастополь. Здесь «Симеиз» принял на буксир лидер «Минск» и отбуксировал его в Керчь.

На следующий день, 14 августа, из Очакова в Севастополь был выведен недостроенный эскадренный миноносец «Опасный». Некоторые недостроенные корабли и подводные лодки эвакуировались из Николаева своим ходом.

Подводная лодка Л-24 командованием капитан-лейтенанта Андрея Антоновича Косенко вышла в Севастополь 13 августа 1941 г., не имея аккумуляторных батарей. На лодке отсутствовали многие механизмы, она не могла погружаться. Вместе с экипажем на подводной лодке шла сдаточная команда во главе со строителем М.И. Бычковым и механиком А.А. Змейцыным. На выходе из города лодку обстреляла артиллерия противника, а в районе Тарханкут Л-24 попала в сильный шторм.

Однотипная с ней Л-25, находившаяся в меньшей степени готовности, была выведена на буксире. Одновременно с ней из Николаева были отбуксированы недостроенные подводные лодки С-34 и С-35. К сожалению, не обошлось и без потерь. Выводившиеся из Николаева корабли и суда почему-то боевыми кораблями не прикрывались.

13 августа транспорт «Полина Осипенко» (капитан А.А. Орлов) покинул Николаев, направляясь в Одессу. На его борту находилось 1500 пассажиров и 4 тыс. т зерна, а на буксире – два недостроенных военных корабля (лидер «Киев» и подводная лодка С-35). В Днепробугском лимане и на Очаковском канале караван был трижды атакован самолетами противника. От прямого попадания бомбы теплоход загорелся и стал тонуть. Капитан, передав буксируемые корабли другим судам, сумел дотянуть до береговой отмели. Здесь с помощью подоспевших рыболовных судов и военных катеров он организовал спасение пассажиров. А.А. Орлов покинул теплоход последним.

Далеко не все имущество Николаевской военно-морской базы удалось эвакуировать. Так, к примеру, противник захватил две новейших спаренных башенных 76-мм установки, предназначавшихся для эсминцев типа «Огневой». Эти орудия впоследствии использовались в немецкой береговой артиллерии.

Не удалось эвакуировать и часть недостроенных кораблей и судов. Так, к примеру, теплоход «Степан Разин» (2150 брт), захваченный на заводе им. 61 коммунара, был достроен немцами и переименован в «Alarich». Судно использовалось в течение всей войны, затем при отступлении затоплено в Браиле. Поднят в мае 1945 г. и возвращен СССР, находился в эксплуатации до 1971 г.

В составе немецких транспортов в 1942–1943 гг. числился большой теплоход «Boy Peddersen». На самом деле это бывший советский теплоход «Харьков», 6689 брт, захваченный и восстановленный немцами.

Интересно, но эвакуацию из Николаева обеспечивали только корабли Одесской военной базы и «отряда». Боевые корабли к этому не привлекались.

Обеспечивая буксировку и выход транспортов из Днепро-Бугского лимана, погиб тральщик Т-503 «Байкал» (5-й дивизион тральщиков ОВМБ), потопленный немецкой авиацией. Через несколько часов погиб Т-487 «Очаковский канал» (4-й дивизион тральщиков ОВМБ), получив попадание нескольких авиабомб. Корабль, имевший на буксире баржу, был лишен возможности маневрировать и не смог уклониться от бомб.

Пока с противником сражались мобилизованные суда, основной состав флота был надежно спрятан в Севастопольской и Новороссийской бухтах. Флот прикрыли от налетов противника большим количеством зенитной артиллерии (только в Севастополе на тот момент находились два зенитно-артиллерийских полка и два отдельных зенитных дивизиона).

Ситуация резко изменилась 19 августа 1941 г. Именно в этот день поступила директива Ставки Верховного главнокомандования о создании Одесского оборонительного района (OOP), непосредственно подчиненного Военному совету Черноморского флота. Используя директиву, Г.И. Левченко заставил основной состав флота «работать» на Одессу. Против этого резко возражал командующий ЧФ Ф.С. Октябрьский, но зам. наркома ВМФ Г.И. Левченко имел более высокую должность (да и авторитет его был намного выше).

С началом войны объектами атак подводников были румынские, немецкие и болгарские суда, а с октября 1941 г. – все проходящие через позиции лодок суда и корабли. Командирам подлодок предоставлялось право самим решать, кого атаковать в составе конвоя: транспорт, танкер или эсминец. Открыла боевой счёт на ЧФ Щ-211 под командованием капитан-лейтенанта А. Девятко с командиром дивизиона Б. Успенским на борту. 15 августа южнее Варны она атаковала и потопила румынский транспорт «Пелес» водоизмещением 5708 брт.

19 августа 1941 г. по береговым целям отстрелялись: эсминцы «Безупречный» и «Беспощадный», доставившие накануне в Одессу 20 вагонов боезапаса, и учебный крейсер «Коминтерн» (из состава «отряда»). Доставка боеприпасов на эсминцах была связана не с тем, что на море активно действовала немецкая авиация. Причина была гораздо прозаичнее. По воспоминаниям, командующий ЧФ, получив выговор от Ставки ВГК за пассивность, решил таким образом ускорить доставку боезапаса в Одессу, проявив служебное рвение, имитируя бурную деятельность флота.

Прибывшие эсминцы по приказу Г.И. Левченко были привлечены к стрельбам. Дело сдвинулось с мертвой точки. Но, отстрелявшись, эсминцы немедленно убыли в Севастополь, на их борту убыл вице-адмирал Левченко. Его целью стала мобилизация резервов главной базы ЧФ для обороны Одессы.

После 19 августа 1941 г. в бой были введены сформированные из состава Одесской военно-морской базы 1-й и 2-й полки морской пехоты. С этой же даты в Одессу начали прибывать отряды морской пехоты, сформированные из добровольцев (6 отрядов общей численностью 2456 человек). Выговор от Ставки сделал свое дело. 19 августа в Одессу прибыл бывший командующий Николаевской базы контр-адмирал Кулешов. Он сменил на своем посту назначенного комендантом Одессы Г.В. Жукова. Вскоре после вступления в должность контр-адмирал Кулешов получил задание обеспечить прием боевых кораблей в Одессе.