Относительно непродолжительный тюремный срок, тем не менее, серьезно изменил Кима. Выйдя на волю, будущий революционер сразу же подался в один из многочисленных партизанских отрядов. Ким пошел по пути многих молодых людей того времени, отчаянно желавших бороться против японских оккупантов. Он совершенно искренне собирался создать «добрый и справедливый мир без угнетения и эксплуатации». В итоге Ким Сон Чжу оказался в одном из созданных Компартией Китая партизанских отрядов.

Официальная северокорейская историография утверждает, что товарищ Ким сразу же возглавил им же созданную Корейскую Народно-Революционную Армию (КНРА), которая, хотя и контактировала с китайскими силами Сопротивления, все же была полностью самостоятельной. У российских историков иное мнение. Упомянутой КНРА тогда не существовало вовсе, а Ким Сон Чжу просто воевал в одном из партизанских отрядов китайских коммунистов. В целом же официальные биографы Ким Ир Сена не любят признавать тот факт, что будущий великий вождь воевал под руководством китайских коммунистов, вступил в Компартию Китая, а затем даже отправился в СССР. Эти «зарубежные связи» товарища Кима, как минимум, не освещаются.

Впрочем, даже если Ким Сон Чжу не сразу сформировал Корейскую Народно-Революционную Армию, он все равно быстро показал себя талантливым военным, был выдвинут на руководящие посты и в двадцать четыре года стал командиром одной из партизанских дивизий. Где-то в начале — середине 30-х годов Ким Сон Чжу принимает имя, под которым о нем впоследствии узнает весь мир, Ким Ир Сен.

В июне 1937 года отряд, возглавляемый Ким Ир Сеном, смог одержать важную победу, разгромив японский гарнизон небольшого городка Почхонбо. Партизанам удалось пересечь границу Кореи с Маньчжурией, которая тщательно охранялась японцами. Официальная историография КНДР считает «битву при Почхонбо» важнейшим событием японо-корейского конфликта, продемонстрировавшим силу КНРА и военный гений Ким Ир Сена. Это сражение в официальных учебниках истории описывают, наверное, так же, как в России разгром двадцати немецких дивизий под Сталинградом. В любом случае эта победа оказала значительное влияние на развитие конфликта, а имя Ким Ир Сена стало широко известно. Японцы занесли его в число «особо опасных бандитов-коммунистов». То есть можно признать, что Ким Ир Сен действительно воевал против японцев, в результате был выдвинут на руководящие посты и смог добиться успехов.

В конце 30-х годов он встретил свою первую жену, Ким Чжон Сук, которую теперь почитают в КНДР так же, как ее великого супруга. По воспоминаниям современников, девушка, происходившая из простой крестьянской семьи, была скромной, тихой и в то же время приветливой и жизнерадостной. Несмотря на последующий повторный брак, именно свою первую жены Ким Ир Сен любил больше всего и, похоже, так и не сумел ее забыть (Ким Чжон Сук умерла рано).

В это же время японцам надоели вылазки партизан, и они развернули военно-полицейскую кампанию, направленную на уничтожение противника. Силы были неравны, японцы постепенно выдавливали партизан с территории Маньчжурии. К концу 1940 года из шести главных партизанских командиров в живых оставался один — Ким Ир Сен. Японские войска в итоге загнали партизанские отряды в угол, вынуждая их уйти за границу. Партизаны несли колоссальные потери. Ким Ир Сен с группой бойцов из тринадцати человек перешел Амур и оказался на территории Советского Союза. Таких маньчжурских партизан, спасавшихся от японских карательных войск и вынужденных бежать в СССР, было в те годы очень много.

Военная разведка советской России Ким Ир Сена знала и была осведомлена о его деятельности. Ким продолжил военную карьеру, но уже в качестве слушателя курсов при Хабаровском пехотном училище, где учился до весны 1942 года, получив в итоге погоны офицера Красной Армии. В феврале 1941 года (по другим данным, февраль 1942 года) у Ким Ир Сена и Ким Чжон Сук родился первенец — Ким Юрий Ирсенович. Мир затем узнал его под именем Ким Чен Ир, но в те годы мальчика звали Юрой, хотя об этом официальная северокорейская историография никогда не упоминает.

Летом 1942 года капитан Красной Армии Ким Ир Сен был назначен командиром 1-го батальона 88-й отдельной стрелковой бригады, которая разместилась в поселке Вятск (Вятское) близ Хабаровска. Бригада эта была необычной. Ее основу (три из четырех батальонов) составили бывшие китайские партизаны, а один батальон был корейский. Именно его и возглавил Ким Ир Сен, которого тогда чаще называли на китайский манер — Цзинь Жичэн. Комбригом был китаец, подполковник Красной Армии Чжоу Баочжун, который ранее успел прославиться в боях с японцами.

Несмотря на войну, жизнь Кима была достаточно спокойной. 88-я бригада в боях не участвовала. Правда, северокорейская официальная историография утверждает, что «армия Ким Ир Сена» не только воевала, но и освободила «при некоторой поддержке Красной Армии» Корейский полуостров. Советские архивы, однако, свидетельствуют о противоположном: 88-я бригада не воевала вообще, а после окончания войны была расформирована.

В эти годы у Кима родились еще двое детей, сын Шура и дочь Таня (Кен Хи). Как вспоминают люди, знавшие Ким Ир Сена, будущий вождь намеревался связать свою судьбу с Советской Армией: продолжить карьеру советского офицера, осесть в СССР. Не случайно все дети его получали русские имена. Как отмечает известный кореевед Андрей Ланьков: «… как знать, повернись история иначе, очень может быть, что где-нибудь в Москве жил бы сейчас пожилой отставной полковник или даже генерал-майор Советской Армии Ким Ир Сен, а его сын Юрий (Ким Чен Ир) работал бы в каком-нибудь московском НИИ и в конце восьмидесятых, подобно большинству столичных интеллигентов, скорее всего, с энтузиазмом участвовал бы в многолюдных шествиях „Демократической России“… Можно еще добавить, что, возможно, тогда бы Ким Ир Сен ворчал про „предателей, которые Союз развалили“, а Ким Чен Ир спорил бы с ним по поводу этого, убеждая, что „система безнадежно прогнила и серьезные перемены в СССР неизбежны“».

Впрочем, история распорядилась иначе, судя по всему удивив и самого Ким Ир Сена. Офицеров расформированного 1-го батальона 88-й бригады назначили помощниками военных комендантов. Северная часть Корейского полуострова была уже освобождена Советской Армией, которой пришлось некоторое время повоевать, выбивая японские части из городов Кореи. Так как Ким Ир Сен был командиром батальона, то есть самым высокопоставленным офицером-корейцем, то его и назначили помощником военного коменданта в главный город — Пхеньян. Прибыл он в Корею в своем новом качестве в сентябре 1945 года на пароходе, добравшись из Владивостока до Вонсана. Таким образом, покинув родину два десятка лет назад, товарищ Ким вернулся уже совсем другим человеком, помощником военного коменданта столицы, капитаном Советской Армии, известным своими победами над японцами.

Советская администрация в Корее не смогла договориться с местными политическими деятелями и подпольщиками, а потому появление Ким Ир Сена, корейца по происхождению, боровшегося против японцев и служившего в армии СССР, пришлось очень кстати. Так что Ким Ир Сен совершенно случайно подвернулся под руку партийным бонзам СССР, которые, желая сделать из Кореи дружественную советскому режиму страну, сделали ставку на мало кому известного военного. Некоторые люди, знавшие в то время Кима, утверждают, что он при каждом удобно случае давал понять, что «в гробу видел всю эту политику и хочет вернуться к понятному делу — продолжить службу офицером». В очередной раз сошлемся на исследования Ланькова, который цитирует начальника 7-го отдела политотдела 25-й армии В. В. Кавыженко, тесно общавшегося с будущим великим вождем: «Я хорошо помню, как я зашел к Ким Ир Сену как раз после того, как ему предложили стать во главе народных комитетов. Он был очень расстроен и сказал: „Я хочу полк, потом — дивизию, а это-то зачем? Ничего я не понимаю и заниматься этим не хочу!“».