В 1276 г. Гуго III вернулся на Кипр, недовольный поведением сеньоров в Акре и тамплиерами. В начале следующего года в январе Мария Антиохийская, претендент на трон, передала свои права на Иерусалимское королевство Карлу Анжуйскому, который немедленно принял титул короля. Весной 1277 г. наместник Карла Рожер де Сан-Северино прибыл в столицу Иерусалимского королевства, Акру. Рожер получил поддержку венецианцев и тамплиеров, и вассалы королевства принесли присягу на верность Карлу Анжуйскому. К 1284 г. Латино-Иерусалимское королевство было поделено на две провинции: Акрой правили представители Анжуйского дома, Тир и Бейрут признали своим главой Гуго III и его юного сына Иоанна I Кипрского, умершего в 1285 г.

Карл Анжуйский умер в январе того же 1285 г. В 1286 г. молодой король Кипра Генрих II де Лузиньян высадился у Акры, и цитадель открыла перед ним ворота. 15 августа состоялась его коронация, и в последний раз на постоялом дворе Госпиталя в Акре прошли столь красочные торжества. Финал был близок. Графство Триполи пало в 1289 г., и, хотя перемирие между мусульманами и христианами было возобновлено, отряд итальянских крестоносцев, прибывших в Акру в августе 1290 г., поднял мятеж, во время которого мусульмане были вырезаны. Мамлюкский султан

Калаун счел перемирие нарушенным и вознамерился захватить Акру. Он умер до того, как были закончены приготовления к штурму, но его сын и наследник аль-Ашраф осуществил планы отца. Вечером 18 мая Акра оказалась у него в руках. Тир, Сидон, Бейрут, Кайфас, Шато-Пелерин и Тортоса тоже вскоре пали. Гибелет (Джубайль) оставался вассальным государством мамлюков еще несколько лет, и вплоть до 1302 г. тамплиеры удерживали остров Руад, расположенный всего в 3 км от Тортосы; но территория Сирии на континенте была потеряна навсегда.

Поздняя история княжества Антиохия едва ли была менее бурной, чем история Иерусалимского королевства. В первое двадцатилетие XIII в. шла война за наследство между Раймундом-Рубеном, которого поддерживали армяне и госпитальеры, и Боэмундом IV, в союзниках у которого были тамплиеры. К середине 1220-х гг. Боэмунд одержал победу, но в 1233 г. умер. Энергичный, но беспринципный, он был опытным политиком и имел репутацию знающего законоведа. Его наследники продолжали называть себя князьями Антиохийскими, но редко посещали город, который сохранял полуавтономию и был в течение длительного времени отрезан мусульманами Лаодикеи от своих властителей и территорий в графстве Триполи. В 1268 г. Бейбарс появился у города Триполи, но не смог взять его, и, поведя свои войска на север, обрушился всеми своими силами на Антиохию. Взятие города сопровождалось страшной резней.

Боэмунд V имел поддержку вассалов Триполи и, в отличие от своего предшественника, находился в хороших отношениях с Римом, несмотря на то что предоставил убежище Томмазо д’Аччера, представителю императора Фридриха II. После смерти Боэмунда V в 1252 г. его вторая жена Люсьен управляла княжеством, но ее регентство не имело поддержки в народе. Вмешался Людовик IX Святой, отстранил ее от власти и устроил брак Боэмунда VI с дочерью царя Киликийской Армении Хетума I, который привел к тесному союзу между обоими государствами. В 1258 г. Боэмунд попытался добиться права наследования Иерусалимского трона для своего племянника короля Кипра Гуго. Однако его внимание было отвлечено событиями в Триполи, где генуэзское семейство Эмбриако, сеньоров Гибелета, пыталось создать независимое государство. Их восстание поддержали сеньоры, недовольные правлением Боэмунда. Графство было спасено только благодаря вмешательству отряда тамплиеров, а Бертран Эмбриако убит.

Тем временем Боэмунд последовал примеру Армянского царства и начал искать союза с монголами. Благодаря договору с ними, хотя его не поддерживали сеньоры в Акре, Боэмунд смог вернуть Лаодикею. Но повторное возвращение греческого православного патриарха в Антиохию, состоявшееся с согласия Боэмунда, привело к его отлучению. После падения Крак-де-Шевалье в 1271 г. он заключил с Бейбарсом перемирие на десять лет, а спустя четыре года умер, оставив 14-летнего сына Боэмунда VII и дочь Люсию. Регентом стала его вдова Сибилла. Боэмунд VII начал править в 1277 г. и в 1281 г. продлил перемирие с мамлюками. Но его вассалы недолюбливали его; и тамплиеры, епископ Триполи и семейство Эмбриако подняли восстание. Госпитальерам удалось примирить враждовавшие стороны, но в 1282 г. итальянцы и тамплиеры восстали вновь. Планируемый ими переворот в графстве Триполи провалился, и они бежали к госпитальерам, которые выдали сдавшихся заговорщиков князю, поставив ему единственное условие, что их жизни будут сохранены. Боэмунд VII не выполнил договоренности.

Лаодикея была захвачена мамлюками в 1287 г. Боэмунд VII умер бездетным в том же году, и ему наследовала его сестра Люсия, которая хотела дать место в администрации непопулярному епископу Тортосы. Тогда дворяне, объединившись с купцами, провозгласили династию низложенной и учредили коммуну, первый мэр которой был один из семьи Эмбриако. Однако в начале 1288 г. Люсия явилась, чтобы занять свою резиденцию, и была признана графиней. Произошло это отчасти потому, что ее поддержали духовно-рыцарские ордена, а отчасти из-за того, что члены коммуны опасались амбиций семейства Эмбриако и генуэзцев.

Триполи не был готов к обороне. В конце марта 1289 г. султан Калаун осадил город, который защищали отряды тамплиеров, госпитальеров, итальянцев и киприотов. Осадные машины мусульман оказались эффективными, и стены начали обваливаться. Итальянцы дезертировали, и это подорвало дух оборонявшихся. И когда 26 апреля войска султана пошли на приступ, они не встретили особого сопротивления. Ботрон и Нефин были заняты несколькими днями позже. Только Гибелет все еще оставался в руках франков, и крестоносцы удерживали его еще восемь-девять лет под пристальными взорами мусульман.

Только в конце XII в. Киликийская Армения начала рассматриваться как одно из государств крестоносцев. Однако ее основание относится к X столетию, когда армяне уже осели в Киликии. Их численность возросла в XI в. в связи с прибытием соотечественников, бежавших от турок-сельджуков, и мигрантов из поселений в Каппадокии. С целью обеспечить безопасность областей вокруг Киликии византийцы назначали армянских губернаторов и военачальников. Некоторые из них постепенно разрывали связи с империей и становились независимыми вождями. В конце XI в. появились известные, соперничавшие друг с другом семейства. Одно представляло княжескую династию Хетумидов, родовым замком которых был Ламброн, второе – династию Рубенидов, захвативших в 1091 г. замок Вахка. Хетумиды, которые контролировали южный выход из горного прохода Киликийские Ворота и дорогу на Тарс, оставались верными вассалами Византии. Рубениды обладали завидным честолюбием и в правление царей Тороса I, Левона I, Тороса II, Рубена II, Млеха и Рубена III обжили часть Киликийской равнины. Они укрепляли свою власть, пользуясь соперничеством между сельджуками, византийцами и крестоносцами. Ко времени восшествия на престол Левона II в 1187 г. династия уже успела утвердиться, положение ее еще более упрочилось после поражения крестоносцев при Хаттине. Теперь она могла предоставить помощь ослабевшим франкам. Левон II принял участие в Третьем крестовом походе. Он потребовал для себя короны царя, обратившись к папе и германскому императору. Папа требовал в ответ подчинения Армянской церкви Риму. Это требование было выполнено, хотя оно и встретило большое противодействие со стороны его противников, и 6 января 1198 г. Левон II короновался.