Наполеон оказался в полной политической изоляции и должен был выбирать между двумя стратегиями — выжидательной или наступательной. Он выбрал второй вариант, но при этом многократно предлагал сесть за стол переговоров и Оттоманской Порте, и се наместникам. Бонапарт двинул 13-тысячную армию в Сирию, имея в виду перспективу похода в Индию.

Он взял с собой ведущих ученых. Заседания Института в Каире были временно приостановлены.

Бонапарт написал письма ряду восточных властителей: Тиипу Сахибу, стороннику французов в Индии, королю Цейлона, правителю Танжера и другим царям. Но если письмо Тиипу Сахибу все же было отослано, то остальные послания оказалось невозможно доставить адресатам ввиду трудностей сообщения с ними.

Тиипу Сахиб пал в бою с англичанами. Влиятельные мусульманские правители не поддержали диалога с Бонапартом. Тогда Наполеон сделал ставку на христиан Сирии и евреев.

Отношения с евреями ограничились красивой прокламацией, выпущенной Бонапартом. Он тайно встретился в Газе с губернатором Иерусалима, который прибыл к нему вместе с делегацией христиан. Члены делегации посоветовали генералу не входить в Иерусалим до того, как он победит Джеззар-пашу, губернатора Сирии, который держал оборону в крепости Сен-Жан-д'Акр.

На помощь Джеззару пришли англичане, высадившие десант с кораблей «Тигр» и «Тезей». Им удалось отбить у французов артиллерию, направленную к Сен-Жан-д'Акру из Египта морским путем, и существенно затруднить задачу осадной армии.

Вечером 18 апреля 1799 года в лагерь у Ссн-Жан-д'Акра прибыл сирийский купец Бутрос Бокти. Этот человек родился в Египте и получил образование во Франции. Его сопровождал Винанд Морво, посланный Директорией в Египет.

Бутрос Бокти был направлен Жозефом и Люсьеном, братьями Наполеона. Он привез письмо Жозефа, в котором тот просил Наполеона вернуться во Францию.

Мысли Наполеона начали менять направление. Его планы создания великой империи на Востоке терпели крах: ему не удалось приобрести союзников, а армия численно уменьшалась и слабела из-за потерь в боях и болезней. Чума, дизентерия, простудные заболевания поражали солдат, инженеров, ученых.

При осаде Сен-Жан-д'Акра погибли командующий инженерными войсками генерал Каффарелли и дивизионный генерал Бон. Многие другие генералы и офицеры получили ранения, а некоторые впоследствии скончались от ран. Гаспар Монж заболел дизентерией.

Между тем египтяне бунтовали, и это могло иметь самые опасные последствия. Бонапарт был вынужден снять осаду крепости и вернулся в Каир. Вслед за этим турки, окрыленные успехом, переоценили свои силы и высадили десант в бухте Абукир.

Наполеон собрал армию в кулак, совершил марш-бросок до морского побережья и полностью разгромил янычар. Теперь он думал лишь о способах возвращения во Францию, и момент для этого был выбран самый благоприятный.

Последним известием о делах в Египте, которое услышат французы, будет сообщение о победе при Абукире. И на этой волне Наполеон решил вернуться на родину: «ему будет легко стать во главе республики; он был полон решимости по прибытии в Париж придать ей новую форму и удовлетворить общественное мнение нации, которое с 1798 года призывало его возглавить правительство».

Мотивы своего отъезда из Египта Наполеон позднее представил в ложном свете и при этом сделал оскорбительное заявление:

«Варвар [т.е. русские], залитый кровью несчастных поляков, нагло угрожал французскому народу. Нельзя было больше терять ни минуты; Наполеон решил отправиться на родину и спасти ее от ярости иностранцев и собственных сынов. От него не укрылось, что разгром французских армий был результатом плохих военных планов, принятых в Париже».

Суворов наступал, и Франция нуждалась в «спасителе». Правда, когда Бонапарт вернулся, опасность уже была ликвидирована.

Покидая Египет, он написал инструкции Клеберу и другим генералам и администраторам, как они должны добиться того, чего сам Бонапарт так и не сумел сделать:

«Мамелюки не существуют более как самостоятельная сила, они могут пригодиться в качестве подчиненного ополчения; это прирожденные враги арабов и шейхов; они могут оказать услуги во многих случаях. Мурад-бея и Ибрагим-бея можно будет привлечь на нашу сторону, возведя их в княжеское достоинство; других беев — произведя их в генеральский чин и вернув им их владения».

Наполеон считал себя продолжателем дела Александра Македонского и написал: «Не следует упускать из виду, что Александрия должна стать со временем столицей страны».

Бонапарт касался всего: и торговли, и войны, и политики, и обычаев страны:

«Нужно покровительствовать Суэцу в ущерб Косейру, превратив его в единственное складочное место для импортного кофе и пряностей и экспортных товаров из Европы и Нижнего Египта».

«Нужно приноровиться к обычаям людей Востока, отказаться от шляп и узких штанов и придать обмундированию наших солдат известное сходство с одеянием магрибинцев и арнаутов. Одетые таким образом, они приобретут в глазах жителей характер национальной армии...»

«Политика. Нужно назначить поверенных в делах в Сеннар, в Абиссинию, в Дарфур. Я предложил государям этих стран направить таковых в Египет. Все их сношения с Египтом являются торговыми; но помимо коммерческих целей я имел еще одну — приобрести средства к проникновению во внутренние области Африки и организации регулярной ежегодной закупки 10 000 рабов в возрасте от 14 до 18 лет... Это заменит подкрепления, если республика не сможет прислать таковых. Я приказал уже схватить две тысячи молодых мамелюков-рабов — все они принадлежат сирийским вельможам. Их можно без промедления распределить по частям».

Бонапарт не собирался отменять работорговлю. Он планировал существенно усилить французскую армию за счет местных рабов.

«Напишите великому визирю, что мы не хотим сохранить за собой Египет, что мы пришли туда только как в караван-сарай на пути в Индию».

Два фрегата венецианской постройки трусливо крадутся, часто останавливаясь. Моряки адмирала Эльфинстоуна (лорда Кейта) их видят но крайней мере дважды — но, кажется, принимают за рыбацкие шхуны.

Между тем на одном из них плывет будущий диктатор и император французов. С ним — небольшая армия. На «Мюиронс» плыли сам главнокомандующий, а также его друзья и соратники Бертье, Монж, Бертолле, пасынок Евгений Богарне и секретарь Бурьенн. На «Каррере», которым командовал капитан Дюмануар, нашлось место для генералов Ланна, Мюрата, Мармола, поэта Парссваль-Гранмезона и художника Денона. Бонапарт взял с собой несколько сот человек охраны, отряд мамелюков.

Покидая Египет, он основательно подумал о том, кого назначить своим преемником. «Генерал Дезэ был офицером, наиболее способным командовать Восточной армией, но он мог принести больше пользы во Франции, — писал Наполеон в мемуарах. — На втором месте стоял Клебер, на третьем — Ренье. Наполеону пришла было мысль увезти во Францию всех троих, поручив командование армией генералу Ланюссу; но, учитывая опасности, связанные с переходом, он понял, что будет правильнее предоставить командование Восточной армией способному полководцу; выбор его пал на генерала Клебера».