Григорий Потемкин не являлся избранным депутатом Уложенной комиссии. Его статус основывался на 13-м пункте «положения» о выборах, в котором говорилось: «дабы дела депутатов, подданных нам народов, с лучшим успехом производились, дозволяется им в сей Комиссии с позволения оныя выбрать по приезде их в столицу нашу, кого хотят опекуном, какого б тот человек чина и звания не был, лишь бы не имел уже полномочия другого места; сей опекун должен быть вместо их ходатаем за их делами в Комиссии». Содержание этого пункта не дает оснований думать, что заранее намечалось избрание опекунами лиц выдающегося общественного положения, которые могли бы быть не столько «ходатаями» по делам, сколько действительными «опекунами» или покровителями. На деле, видимо, мысль о покровительстве сыграла известную роль при реализации данного разрешения — в числе опекунов, кроме Потемкина, состоявшего в то время и в Синоде, мы видим тайного советника и сенатора А. Олсуфьева и прокурора Канцелярии строения домов и садов князя С. Вяземского.

О причинах обращения «иноверцов», как тогда называли всех нехристиан, проживающих на территории Российской империи, и их надеждах, возлагаемых на избранных вельмож, можно судить, анализируя письма депутатов к будущим опекунам. Так, в письме к князю С. Вяземскому от 23 апреля 1768 г. эта точка зрения высказана прямо. «Обстоятельства наши, — писали три татарских депутата, — по данным нам от собратий наказам требуют недремлющаго попечения, изъяснения недостатков и представительства по оным», почему они и просят принять их в «милостивою опеку и покровительство». В обращении же к Потемкину 21 депутата из разных губерний от татар и «иноверцов», написанному ранее, 28 ноября 1767 г., еще нет столь конкретных объяснений, а приведены лишь слова «положения» с просьбой:

«Милостивой государь, Григорий Александрович!

В положении, изданном при Манифесте Ея императорского величества 14 декабря 1766 года, между протчим дозволено депутатам подданных Ея императорскому величеству нородов, кои довольно российского языка не знают, по приезде в столицу выбрать с позволения комиссии кого хотят опекуном, какого б тот человек чина и звания не был, лишь бы не имел уже полномочия другова места. А как нам известно, что Ваше высокородие ниоткуда полномочия не имеете, то и просим покорнейше зделать милость, принять нас в свое опекунство и по делам нашим вместо нас быть ходатаем в Комиссии о сочинении проекта новаго Уложения на основании помянутого положения…»

Работа опекунов, и в данном случае Потемкина, была тесно связана с его деятельностью в Синоде. Там на заседаниях постоянно поднимались вопросы о взаимоотношениях церкви и «иноверцов» в составе одного государства. В течение XVIII в. положение мусульман (их в данном случае и именуют иноверцами) в России постепенно менялось. Государство от политики наступательной христианизации перешло к смягчению межконфессиональной атмосферы. В апреле 1764 г. Екатерина прекратила деятельность Новокрещенской конторы, и для Потемкина участие в рассмотрении наказов «иноверцов» послужило прекрасной базой для формирования своего взгляда на национальную политику, успешно реализовать который он смог в Крыму. 3 декабря 1767 г. состоялось 70-е заседание Комиссии, где было объявлено о выборе депутатами-«иноверцами» разных губерний своим опекуном двора Его императорского величества камер-юнкера Потемкина, и собрание дало свое согласие. Будучи опекуном депутатов от «иноверцов», Потемкин, в качестве так называемых помощников, участвовал в заседаниях Большой и Дирекционной комиссий и, по предложению маршала Уложенной комиссии, был включен в состав частной Духовно-гражданской комиссии, причем вакансия, которую он занимал, не предусматривала жалованья.

Частная Духовно-гражданская комиссия работала с 27 мая 1768 г. по 18 октября 1771 г., проведя за это время 299 заседаний. Согласно «Начертанию о приведении к окончанию Комиссии проекта нового Уложения» (СПб., 1768), задача комиссии состояла в том, чтобы систематизировать «все то, в чем гражданские законы в сохранении доброго порядка имеют сношение и сопряжение с духовными, или в чем сии последние от светских занимают помощь», а также разработать общее новое положение «духовенства вообще, установив, в том числе, и начало свободы вероисповедания для благоденствия общества». В «Большом наставлении» Дирекционной комиссией обращалось внимание на то, чтобы при установлении прав других вероисповеданий никоим образом не умалялась бы «непорочность и целость» православной веры, а также на необходимость пересмотреть правовые характеристики уголовных посягательств и проступков в отношении вероучения, церковных порядков и, частично, благочиния. По сути, ей предстояло разработать целостный свод законов о положении церкви, о правах духовенства во всем объеме мыслимых общественных связей, а также определить новые рамки отношения государства и церкви.

Сохранившиеся «Дневные записки» частной Духовно-гражданской комиссии дают нам прекрасную возможность проследить, причем по каждому заседанию, работу Потемкина непосредственно в этой комиссии. За время участия в ней Григория Алексеевича состоялось 64 заседания, из которых он присутствовал на 15. Обращая внимание на столь редкое его посещение заседаний, надо не забывать, что одновременно с работой в комиссии он исполнял полковую должность и все еще состоял в Синоде. Так, например, в дни, когда проходили 5-е, 10-е, 15-е, 18-е, 20-е, 21-е заседания (июнь — июль 1768 г.) отмечено, что Потемкин отсутствовал «за отправлением полковой должности»; 6, 7 и 9 октября (38—40-е заседания) он не был «за отправлением должности при дворе Ея императорского величества»; при этом 17 заседаний Потемкин пропустил «за болезнью».

Особенно активно Потемкин посещал Духовно-гражданскую комиссию в мае — июне 1768 г., присутствуя почти на каждом заседании. Пропустив 1-е собрание, будучи «на карауле», Потемкин прибыл 28 мая на 2-е заседание в 9 часов 15 минут. В этот день члены комиссии занялись разработкой регламента заседаний, согласившись собираться по вторникам и четвергам, «потом разсуждали, каким образом наилутче приступить Духовно-гражданской комиссии ко исправлению наложенной на нее должности и поставить наиудобнейшей порядок общим своим упражнением и особыми трудами каждого члена, чего ради согласно положено, чтоб прочесть прежде обряд, …наставление, а после того общее для всех комиссий начертание и, наконец, Большой наказ, замечая при том все те пункты и статьи, которые прямо принадлежат до сведения Духовно-гражданской комиссии, дабы выписав единожды все до ея упражнения касающияся правила, иметь всегда пред глазами своими, как для сбережения времени в приискании приличных статей, кое туне потерено быть может, а наипаче ради избежания могущих от забвения последовать погрешностей и ошибок». В ходе заседания был прочитан обряд до 9-го пункта и наставление до 5-го пункта.

Утвердив план работы, комиссия приступила к его осуществлению. Уже на 3-м заседании, 29 мая, члены комиссии при обсуждении наставления оказались в затруднительном положении: входит ли в их компетенцию вопрос о бракосочетании «иноверцов» с русскими? Являясь опекуном «иноверцов», Потемкин и вместе с ним депутат от Судиславского дворянства Василий Баскаков отправились в Дирекционную комиссию, чтобы испросить ее мнение. Вернувшись, они объявили, что решение о том, «каких вер представители могут вступать в союз с русскими», принадлежит к ведению Комиссии о разных установлениях, а все остальное касается до Духовно-гражданской комиссии. 3 июня состоялось 6-е заседание, на нем рассуждали о том, что ни в начертании, ни в наставлении нет точного упоминания о предполагаемых наказаниях за преступления для духовных лиц. Как и в предыдущем случае, Потемкин и Баскаков были отправлены в Дирекционную комиссию, чтобы затребовать от нее словесного наставления, принадлежит ли этот вопрос к их ведению, а также о том, «каким образом с Синодом сношения и советования держать». Надо полагать, что в данном случае должность Потемкина в Синоде позволила ему проявить свою компетентность в этих вопросах. Постепенно работа в комиссии усложнялась, и для рассмотрения некоторых вопросов 10 июня 1768 г. из Дирекционной комиссии были получены затребованные ранее книги: «Кормчая, Духовный регламент и выписка о расколах».