После продолжительного отсутствия на заседаниях комиссии Потемкин появился 19 августа 1768 г. и участвовал в обсуждении вопросов, требовавших применения классического церковного законодательства (Кормчей книги), а 26 августа, на 33-м заседании, присутствовал депутатский маршал и беседовал о «разных сумнительствах, о коих Духовно-гражданская комиссия, выписав, представить намерена Дирекционной комиссии для испрошения себе на оныя поставления». К сожалению, «Дневные записки» не фиксировали участие тех или иных членов в обсуждении и рассмотрении вопросов, но позволим себе предположить, что Потемкин мог высказываться со знанием дела, используя полученные сведения и опыт заседаний в Синоде.

Осенью 1768 г., уже после своего пожалования в действительные камергеры по случаю годовщины коронации Екатерины II (22 сентября) и после объявления Турцией войны (25 сентября), Потемкин принял участие еще в трех заседаниях Духовно-гражданской комиссии (30-й, 37-й и 49-й). На них продолжалось чтение Большого наказа, правил из Кормчей, в частности решений «Карфагенского собора», экстрактов старых законов и выписок «по материям» из наказов городских жителей, обсуждались вопросы о браках христиан с «иноверцами», о причинах, побуждавших «простолюдинов» к разным суевериям и расколам, и о средствах, удобных к удержанию их от этого. Располагавший высоким статусом государственного чиновника — второго человека в Синоде, Потемкин не мог не быть ключевой фигурой во всех этих дискуссиях. Суть обсуждаемых вопросов сводилась к взаимоотношениям церкви и государства, в развитии которых можно выделить три периода:

1. От начала христианства на Руси до утверждения московского единодержавия в XVI в. Это период наибольшей церковной самостоятельности.

2. От начала московского единодержавия до Петра I. В это время отношения между духовной и светской властью характеризуются решительным стремлением правительства подчинить церковь своему влиянию.

3. От Петра I и учреждения Синода. Именно в это время церковное управление принимает формы государственного управления и даже делается частью последнего. Постепенно государство занимает главенствующее положение по отношению к церкви. Часть предметов, относящихся к классическому церковному праву, перешла к ведению светского государства. Так, например, внутренняя организация церкви определялась «Духовным регламентом» (1721 г.) и контролировалась Синодом.

Вынося на обсуждение Частной Духовно-гражданской комиссии вопросы о браках христиан с «иноверцами», государство переводит их также из области церковного права в светское. Проводником государственной политики, вероятно, и являлся Потемкин. Он должен был стать связующим звеном между церковью и государством.

В поле деятельности Потемкина в Синоде и Уложенной комиссии, несомненно, находился и вопрос об имущественном положении церкви. В 1762 г. состоялся указ Петра III о секуляризации всех церковных и монастырских имуществ. Несмотря на то что Екатерина II отменила это распоряжение после восшествия на престол, в феврале 1764 г. правительство опубликовало Манифест о передаче духовных владений в ведомство Коллегии экономии. Монастыри, число которых значительно уменьшилось, поступали на содержание государства. В этой связи представляет большой интерес автограф записки Потемкина или, лучше сказать, нескольких заметок под заголовком «О монастырях». Его рассуждения относятся к 1786 г., но они неразрывно связаны с ранним этапом деятельности Потемкина.

Проблема монастырей была одной из центральных для русской церкви. Первые попытки ограничить церковное землевладение относятся еще к Ивану III. При Василии III эта проблема поднимается на теоретический уровень в споре иосифлян и нестяжателей, в частности, обсуждается вопрос о том, нужны ли монастыри вообще.

Потемкин как человек, выросший в русской культуре и хорошо разбиравшийся в этих проблемах, пытается вернуться на теоретические основания спора иосифлян и нестяжателей и дать то церковно-догматическое объяснение монастырей, которое существовало в русской церкви. В этом смысле рассуждения Потемкина опережают время.

Говоря о монашествующих, он замечает, что они «объявляют право свое из слов Спа[си]телевых в Евангелии, аще как изречение сие отнюдь не принадлежит к ним, но касалось тех, которые для отцов своих не присоединялись ученикам Христовым. Первые монахи завелись в Египте от сект жидовских… живущих обществами, кои, перейдя в христианство, подали образ общежительства и сие было началом».

Анализируя историю монастырей, Потемкин приходит к выводу, что монашество появилось в России «ни в честь закону, ни в пользу людям, ибо народ наш, присоединя к тогдашней грубости ханжество и лицемерие, был источником ложных чудес и вредных оснований, слава Богу, не допустил Россию к участи греков». По мнению Потемкина, монастыри в том виде, как они существуют, наносят вред. Он считал, что «презрение мира не зависит от обетов; кто убежден в совести о должности, тот сердцем монах, а не помянутые. Собрание монахов по образу нашему — есть собрание тунеятцов. Пример соблазна и общество путаницы». Столь категоричные заявления Потемкина являются революционными не только для того времени, но и сейчас. Высказываясь отрицательно по отношению к существующим монастырям, он, в свою очередь, предлагает «все в городах, а паче в Москве, уничтожить, как несообразные уединению, обрати их в училищи или гофшпитали для бедных и престарелых офицеров и рядовых, облегча устав церковной, но с наблюдением чистоты и благопристойности».

Вероятнее всего, Потемкин сам прекрасно понимал всю революционность своих высказываний и не делал официальных представлений по этому вопросу. Тем не менее в записке он говорит, что охотно бы взялся установить такой монастырь «для примеру». За образец он считает необходимым взять «новые еру-салимския ордены кавалерския» и всех существующих в России орденов кавалеры давали бы «малое подаяние» к содержанию инвалидов в предлагаемых Потемкиным монастырях. Жительствующие в них инвалиды «сверх часа молитвы должны были трудится размножением огородных и садовых, и ботанических растений…». Екатерина II все же ознакомилась с «Запиской» Потемкина. Ее статс-секретарь А.А. Безбородко писал Потемкину 22 октября 1786 г.: «Бумаги о епархиях и монастырях, от вашей светлости мне врученные, на другой день были представлены. Ея величество весьма была ими довольна, особливо удивилась записке о монахах, быв прежде в мнении, что вы исключительно к их пользе представляете».

В силу вышеизложенных причин проект Потемкина не был реализован, но среди его многочисленных предложений Екатерине мы с удивлением встречаем в 1789 г. прошение о строительстве монастыря на Витовке. «Я тут учрежу общество послушническое, — обращается Потемкин к императрице, — из инвалидов офицеров и салдат…» Несмотря на поддержку Екатерины, монастырь так и не был основан.

Неизвестные ранее заметки Потемкина о монастырях в корне изменяют историографическую картину. Они являются свидетельством глубоких размышлений Потемкина, причем очень любопытных, об усилении роли государства в отношениях с церковью и одновременно о решении некоторых социальных проблем.

Возвращаясь к заседаниям частной Духовно-гражданской комиссии, следует указать на присутствие среди рассматриваемых проблем вопросов, касающихся раскола. Скорее всего Григорий Потемкин был знаком с запиской директора Московского университета в годы его учебы И. Мелиссино 1763 г. «Мысли о раскольниках и о средствах к обращению их», и ее содержание могло оказать на него определенное влияние. Мелиссино замечает, что изменения в обрядах не коснулись догматов и основ религии. Далее он говорит, что существует возможность объединения старообрядчества с синодальной церковью и многие раскольники стремятся к этому. Автор допускает разрешить им строить церкви и иметь священников. Высказанные Мелиссино положения нашли свое развитие и реально осуществились при самом непосредственном участии Потемкина.