С первых дней своего существования особые отделы работали по директивам и под контролем большевистской партии, ЦК которой строго следил за выполнением ими важнейших партийных постановлений и решений СНК и СТО по борьбе с контрреволюцией, шпионажем, бандитизмом и сохранностью государственной и военной тайн.

В годы Гражданской войны под руководством Ф. Э. Дзержинского сотрудники особых отделов ликвидировали многочисленные контрреволюционные организации, помогли в подборе командного состава, вели борьбу с враждебными элементами и спецслужбами противника. Эта работа была продолжена и после Гражданской войны.

31 марта 1921 г. Дзержинским был подписан приказ № 89 о перестройке работы особых отделов при переходе войсковых частей Красной Армии на казарменное положение или долгосрочную стоянку. Каждое особое отделение оставляет на месте расположения штаба дивизии минимально количество сотрудников, достаточное для его обслуживания, всех остальных — распределяет для работы в войсковых частях, создав при штабах бригад особые пункты, начальники которых обязаны руководить осведомительной и агентурной работой в учреждениях и войсках бригады. При расположении частей в разных, отдаленных друг от друга пунктах, бригадный особый пункт назначает туда секретных уполномоченных по информации. Местные ЧК и бригадные особые пункты работают в тесном контакте и взаимно информируют друг друга. Для агентурных разработок, если силы пункта недостаточны, его начальник обращается за содействием в ЧК или политбюро. Информационные и агентурные сведения в порядке текущей работы в виде сводок представляются из полков в бригадные особые пункты и из бригад в дивизионные особые отделения, которое после разработке данных сводок в виде меморандумов направляет в армейский особый отдел или в губЧК[1799].

При руководстве работой особых отделов Ф. Э. Дзержинский опирался на богатейший опыт, накопленный им на должностях председателя ВЧК, наркома внутренних дел и начальника тыла Юго-Западного фронта. Находясь на этих постах, он координировал действия всех органов советской власти, отвечавших за борьбу с контрреволюцией и за поддержание общественного порядка. Успешному решению этих задач способствовало и хорошее знание политического положения в стране, особенно в таких районах, как Центральная Россия, Украина, Сибирь. И не случайно пленум ЦК РКП (б) 7 марта 1921 г. признал необходимым «участие тов. Дзержинского во всех совещаниях, касающихся Украины».

Как председателю ВЧК-ОГПУ, Дзержинскому давались поручения, связанные с контрразведывательным обеспечением армии и флота. Так, 11 июля 1919 г. СТО заслушал сообщение В.И. Ленина по «Проекту постановления о мерах борьбы с контрреволюционными элементами в армии» и постановил: «Поручить т. Склянскому, Смилге и Дзержинскому ознакомиться с проектом постановления о мерах борьбы с контрреволюционными элементами в армии и дать свое заключение не позже среды, 16/VII с. г. В случае единогласного одобрения его поручить т. Ленину подписать от имени Совета Обороны[1800].

После Кронштадтских событий велась активная переписка руководства страны по поводу моряков, участвовавших в мятеже. Дзержинский рекомендовал более внимательно рассматривать вопросы расселения рядовых участников и предложил для всестороннего рассмотрения этой проблемы созвать военно-морское совещание, высказав 9 марта 1921 г. В.Р. Менжинскому сомнение в целесообразности направления моряков из Петрограда в Одессу и Мариуполь, так как эти районы находились в зоне действия банд Махно[1801].15 марта 1921 г. он просил Склянского прислать «справку сколько и куда и когда послано из Питера матросов и какие директивы были даны командованию на Украине…»[1802].

Через три дня в записке по прямому проводу из Харькова В.А. Балицкий просит Дзержинского сделать через РВСР распоряжение командующему войск Украины о том, чтобы эшелоны с матросами направлялись в Мариуполь, а не в Крым, «так как в Крыму сосредоточивать такое количество матросов во всех отношениях нежелательно»[1803].

19 апреля 1921 г. В.И. Ленин тоже высказал большое опасение по поводу расположения кронштадтских матросов в Крыму и на Кавказе, полагая, что надо бы их сосредоточить где-нибудь на севере[1804].

Например, готовясь к совещанию, на котором должен был обсуждаться вопрос о состоянии боеготовности армии и флота, Дзержинский 11 июля 1921 г. ставит перед А.Х. Артузовым задачу в самом срочном порядке «Дать исчерпывающую оценку: 1) боеспособность нашего флота — количество и качество боевых единиц, их вооружение и оборудование, их боевая польза, личный состав…2) средства и сила, поглощаемые этим флотом — топливо, продовольствие, обмундирование, помещения, 3) возможно ли возрождение флота при наших условиях, 4) взаимоотношения с НКПС…»[1805].

15 октября 1922 г. в письме к Дзержинскому и членам Политбюро ЦК РКП (б) Л.Д. Троцкий отметил явную ненормальность и неправильность в работе ГПУ и комиссии В.А. Антонова-Овсеенко в деле кронштадтских моряков. Они состояли в том, что предварительное расследование, сбор сведений, «наблюдение, донесение вверх и проч. происходит совершенно без участия наиболее авторитетных партийных работников» Морского ведомства: от члена РВС Балтийского флота Наумова и от Зофа. «Как раз в вопросе о Балтфлоте, — отметил Троцкий, — были уже со стороны ГПУ в прошлом крупнейшие ошибки, по поводу которых Политбюро выносило определенные постановления. Но и сейчас получается такое впечатление, как если бы работники ГПУ считали делом чести для себя преподнести «сюрприз», а не разработать вопрос совместно с теми работниками, которые ближе всего стоят к делу»[1806].

Конфликт был исчерпан обменом записками Троцкого и Дзержинского.

6 ноября 1922 г. Ленин потребовал от Дзержинского принятия самых решительных мер по пресечению нелегальной эмиграции в Советскую Россию. В соответствии с этим, 16 ноября 1922 г. было совещание представителей СТО, НКВД и ГПУ, которое наметило практические меры по усилению борьбы с тайным переходом границы.

В связи с данными о наличии в армии Западного фронта контрреволюционных сил, 1 января 1924 г. Ф.Э.Дзержинский предложил В.Р. Менжинскому обратить на этот фронт «сугубое внимание», предложив: «I) составить срочно сводку всех имеющихся у нас данных о положении на Зап. фронте, использовав и весь материал, имеющийся в ЦКК-РКИ (Гусев — Шверник), 2) наметить план наблюдения и выявления, а также мер по усилению нашего наблюдения и по предупреждению всяких возможностей». При этом меры должны быть приняты особыми отделами, КРО, погранохраной, губотделами и по партийной линии — ЦК и губкомами[1807].