Яков Гиляриевич Этингер был арестован по так называемому первому «Делу врачей», «ставивших своей целью путем вредительского лечения сократить жизнь активным деятелям СССР», в том числе Первому секретарю Московского обкома и секретарю ЦК ВКП(б) тов. А. С. Щербакову, который, как известно, скончался от острого инфаркта в мае 1945 года.　

Но в начале марта 1951 года, так и не дав никаких признательных показаний, профессор Я. Г. Этингер также скончался от острого сердечного приступа, что безнадежно застопорило весь ход всего этого дело. Получив за это нагоняй от В. С. Абакумова, М. Д. Рюмин решил действовать на опережение и подал в ЦК ВКП(б) заявление на собственного шефа, позднее поведав о мотивах своего поступка уже во время следствия против него самого следующим образом: «Обдумывая создавшееся положение, я пришел к выводу, что дело Этингера может послужить для меня удобным и убедительным поводом для того, чтобы, с одной стороны, выступить в роли разоблачителя Абакумова и уйти таким образом от ответственности за совершенные мной преступления, а с другой — застраховать себя на будущее от каких-либо более серьезных неприятностей, чем объявление мне выговора за то, что я не зафиксировал показаний Этингера о его преступных высказываниях и связях».　

Как считают многие историки и публицисты (Р. Г. Пихоя, О. В. Хлевнюк, Й. Горлицкий, Н. В. Петров, Г. В. Костырченко, М. Пэрриш[145]), это заявление М. Д. Рюмина, датированное 2 июня 1951 года, совпало с горячим желанием самого И. В. Сталина устроить серьезную кадровую чистку в МГБ СССР, так как в нем содержался целый ряд серьезных обвинений против В. С. Абакумова, в частности то, что именно он «погасил» чрезвычайно «перспективное» дело арестованного Я. Г. Этингера, который мог дать ценные показания о «врачах-вредителях», не дал ход делу о «молодежной еврейской организации», которая готовила покушения на советских вождей, скрыл от ЦК важную информацию о серьезных недостатках в работе советской контрразведки на территории Германии и, наконец, «грубо нарушал установленные партией и правительством правила ведения следствия». Причем одни записные антисталинисты типа Р. Г. Пихои и Г. В. Костырченко говорят, что столь скорый арест В. С. Абакумова и его «подельников» зримо говорил о том, «что страна стояла накануне новой волны массового террора», а другие, не менее известные хулители вождя типа О. В. Хлевнюка ставят под сомнение этот тезис своих единомышленников и коллег. При этом оппоненты и тех, и других либерал-авторов, в частности Ю. Н. Жуков[146], утверждают, что версия о том, что за делом В. С. Абакумова стоял лично И. В. Сталин, не соответствует действительности, поскольку первым «охоту» на главу МГБ начал Г. М. Маленков, который уже 3 июля 1950 года имел на руках «Закрытое письмо» ЦК ВКП(б) «О неблагополучном положении в Министерстве государственной безопасности», где содержалось прямое указание руководителям рескомов, крайкомов, обкомов и горкомов партии «навести большевистский порядок» в органах МГБ и «повысить партийность в работе чекистов».　

Думается, что последняя версия больше соответствует действительности, тем более что сами Н. В. Петров и О. В. Хлевнюк[147] обратили особое внимание на то обстоятельство, что генерал-полковник В. С. Абакумов в свое время имел самые тесные контакты со своим непосредственным куратором — начальником Управления кадров ЦК ВКП(б), секретарем ЦК А. А. Кузнецовым, — и еще в марте 1948 года они оба получили нагоняй за организацию «суда чести над двумя чекистами» без согласования с Политбюро. Более того, те же К. А. Столяров, О. В. Хлевнюк, Й. Горлицкий и Г. В. Костырченко[148] почему-то сами утверждают, что ход этому доносу дали Г. М. Маленков и его личный помощник Н. Д. Суханов. Но при этом как заговоренные все они дружно продолжают твердить о том, что во всем виноват только И. В. Сталин.　

5 июля 1951 года Политбюро, рассмотрев рюминское заявление, приняло решение: «поручить комиссии в составе т.т. Маленкова (председатель), Берия, Шкирятова и Игнатьева проверить факты, изложенные в заявлении Рюмина, и доложить о результатах Политбюро ЦК ВКП(б). Срок работы комиссии 3–4 дня»[149]. При этом, судя по известному «Журналу посетителей кремлевского кабинета И.В. Сталина», не дожидаясь выводов этой Комиссии, в ночь на 6 июля в присутствии четверки — В. М. Молотова, Г. М. Маленкова, Л. П. Берии и Н. А. Булганина — вождь устроил очную ставку В. С. Абакумова и М. Д. Рюмина. По итогам этой ставки в третьем часу ночи в сталинский кабинет был уже приглашен заместитель министра госбезопасности генерал-лейтенант Сергей Иванович Огольцов, который сходу был назначен и. о. главы МГБ СССР и пробыл в этой должности чуть больше месяца, до начала августа 1951 года. Причем в тот же день в МГБ СССР был назначен и его прямой куратор — представитель ЦК ВКП(б) Семен Денисович Игнатьев, занявший всего восемь месяцев назад важный в центральном партийном аппарате пост заведующего Отделом партийных, профсоюзных и комсомольских органов ЦК ВКП(б).　

Между тем опальный В. С. Абакумов написал на имя вождя объяснительную записку, в которой разъяснил все обстоятельства по делу Я. Г. Этингера, отмел все рюминские обвинения и заверил И. В. Сталина в личной преданности ему. Тем не менее через несколько дней Политбюро ЦК приняло специальное Постановление «О неблагополучном положении в МГБ», в котором в адрес В. С. Абакумова добавились еще пара новых обвинений, в частности в «обмане партии» и в «затягивании следственных дел». А уже 8 июля опальный министр побывал на допросе у и. о. Генпрокурора СССР К. А. Мокичева, а 12 июля он был арестован и помещен в Лефортовскую (особую) тюрьму МГБ СССР. На следующий день была арестована и вся верхушка Следственной части по особо важным делам МГБ СССР, в частности ее начальник генерал-майор А. Г. Леонов и два его заместителя полковники М. Т. Лихачев и Л. Л. Шварцман. Позднее были также арестованы начальник 2-го Управления МГБ полковник Ф. Г. Шубняков, его заместитель генерал-лейтенант Л. Ф. Райхман, управделами МГБ генерал-майор М. К. Кочегаров, начальник Секретариата МГБ полковник И. А. Чернов, его заместитель полковник Я. М. Броверман и второй заместитель начальника Следственной части по ОВД МГБ полковник В. И. Комаров.　

Судя по «Журналу посещения кремлевского кабинета И. В. Сталина», вскоре после этих событий, в конце июля 1951 года, в присутствии Л. П. Берии и Г. М. Маленкова вождь провел важную встречу с новым руководством МГБ СССР, в ходе которой дал прямые указания С. Д. Игнатьеву, С. И. Огольцову, С. А. Гоглидзе, H.