Куско занимал главенствующее положение и как религиозный центр империи. Здесь располагались главные храмы официального бога-создателя Виракочи, а также храмы Солнца и Луны, поклонение которым инки пытались внедрить вместо почитания отдельных племенных божеств. Анимизм, существовавший до культа Солнца, все еще сохранялся: по всей долине Куско были разбросаны бесчисленные храмы и святыни вроде скал, источников, пещер и деревьев. К ним относились горы Уанакаури и Кенко и пещера Тамбо-Токо в Пакаритамбо. В настоящее время установлена связь всех этих святынь с легендой о том, как предок инков Манко-Капак овладел Куско. Инки проявили искусство и такт при обращении с божествами покоренных племен. Священные предметы и изображения богов, которые можно было перенести, удостоились чести быть перевезенными в Куско вместе со жрецами, которые им служили. Оказавшись там, они стали заложниками традиционного поведения своих племен. В Куско сфокусировались многие религиозные церемонии, которыми был заполнен календарь инков. В начале сезона дождей в декабре праздновалась церемония Капак-Райми, на время которой чужестранцы должны были покинуть Куско, пока подростки из семей знатных инков проходили обряд совершеннолетия. В мае отмечался праздник Айморай, посвященный сбору урожая кукурузы, а в июне устраивалось большое торжество под названием Инти-Райми в честь Солнца. Сентябрьский праздник Ситуа, или Койя-Райми, представлял собой церемонию очищения: в главной церемонии участвовали божества подвластных инкам племен, а из Куско во все концы империи отправлялись эстафеты бегунов, которые исполняли символические ритуалы изгнания духов. Пахота в отдаленных провинциях могла начаться лишь после того, как Инка вскопает землю золотым ручным плугом в Куско.

Куско временно утратил свое исключительное положение, когда Уайна-Капак довольно долго жил на севере страны, но впереди была коронация Атауальпы, который стал правителем в прежней столице. Междоусобная война и пленение Атауальпы испанцами нанесло большой урон престижу как Куско, так и правящей династии инков и всему их племени. В результате этого стали поднимать голову племена, которые не до конца ассимилировались в империи. Эта центробежная тенденция была только началом. Ее первые признаки испанцы увидели во враждебности, с которой индейцы уанка в Хаухе встретили оккупационную армию инков. Стремление к региональному и племенному обособлению стало играть все большую роль по мере того, как не так давно введенная инками система государственного управления начала рассыпаться. Это оказало неоценимую услугу испанским захватчикам. Им был на пользу как династический раскол и последующая гражданская война, так и безразличие масс населения к судьбе правящих классов инкского общества.

Считается, что был еще один фактор, сыгравший на руку испанцам: индейцы якобы приняли их за вернувшегося верховного бога Виракочу. Но мало что говорит за это. Атауальпа и его военачальники явно относились к испанцам как к обычным смертным и готовы были применить против них оружие. Ни в одной из хроник, написанной в период завоевания, нет свидетельств о том, что индейские вожди испытывали какие-либо колебания, боясь, что пришельцы могут оказаться божествами. После своего пленения Атауальпа сказал, что он позволил испанцам проникнуть в глубину страны до Кахамарки только из-за их малочисленности. Для крестьян испанцы были внушающими страх чужеземцами, но не божествами.

Легенда о соотнесении испанцев с божествами появилась, когда хронисты более позднего периода заметили сходство между мифами о происхождении инков и своими собственными библейскими сказаниями. Самые добросовестные из них, Педро Сьеса де Леон и Хуан де Бетансос, которые делали свои записи вскоре после 1550 года, были поражены тем фактом, что местные жители называли испанцев «виракочи» — по имени своего бога. «Когда я спросил индейцев, как выглядел Виракоча, когда их предки увидели его, „…“ они мне ответили, что это был человек высокого роста в белой одежде до земли, прихваченной на талии поясом; у него были короткие волосы, а на голове была корона, похожая на головной убор священника; в руке он нес нечто, что им кажется теперь похожим на требник, который носят священники». Виракоча был «белым человеком крупного телосложения, который вызывал огромное уважение и благоговение… Далее индейцы повествуют, что он путешествовал, пока не пришел на берег моря, где он расстелил свой плащ, и уплыл на нем по волнам, и больше не появлялся, и они его больше не видели. Из-за того, каким образом он их покинул, они дали ему имя Виракоча, что означает „морская пена“». Сьеса написал, что имя Виракоча впервые было употреблено по отношению к испанцам приверженцами Уаскара, которым конкистадоры явились как богоподобные избавители от китонцев Атауальпы. Родной племянник Атауальпы согласился с этим: «Они казались нам похожими на Виракочу — этим древним именем мы называли создателя Вселенной». И они загадочным образом появились со стороны того самого моря, в дали которого исчез их бог-создатель.

Испанцы только смутно догадывались о силах, действовавших в их пользу, независимо от открытой династической борьбы, из которой они пытались извлечь свою выгоду. Для них Куско представлял собой важнейший центр империи. Местные жители говорили о городе с почтением, и те три испанца, которые побывали в нем, дали завораживающие описания его сокровищ. Куско непреодолимо притягивал к себе всех испанцев из отряда Писарро. Его неприступность и армия его защитников из числа местного населения не принимались в расчет в безумном стремлении захватить самый главный приз.

Небольшой отряд Писарро теперь приступил к наиболее захватывающей части своего завоевательного похода — он отправился из Хаухи в Куско. После того как наиболее слабая часть отряда была оставлена в Хаухе в качестве гарнизона, общая численность войска Писарро составила 100 конников и 30 пехотинцев и кое-какой обслуживающий персонал из числа индейцев. Писарро имел представление о стране, которая простиралась впереди. Три испанца, побывавшие в Куско с разведывательными целями в апреле, аккуратно записывали названия городов и отмечали особенности местности вдоль своего маршрута. Эта центральная часть Анд — девственная и величественная страна, где вертикали гор глубоко изрезаны яростными водами рек, несущихся к Амазонке. Топография меняется с высотой при спуске от заснеженных горных вершин к пуне — голому туманному высокогорному плато, расположенному высоко над верхней границей произрастания лесов; спуск продолжается дальше вниз — к красивым долинам Анд, где в изобилии растут кукуруза и цветы, к удушающей жаре и кактусам в глубине каньонов. Дорога из Хаухи бежит какое-то время вдоль реки Мантаро, постоянно пересекая долины ее притоков. Затем река Мантаро резко поворачивает на север, к Амазонке, а дорога в Куско так и продолжает пересекать одну за другой большие реки, разделенные горными цепями.

Этот гористый район был бы почти непроходим, если бы не превосходные дороги инков. Знающие свое дело работники, инки преуспели в гражданском инженерном искусстве и зависели от состояния дорог в управлении империей. Главная королевская дорога пролегала вдоль горной цепи Анд, которая шла из Колумбии через Кито, Кахамарку, Хауху и Вилькасуаман в Куско и далее через современную Боливию в Чили. Параллельная магистраль проходила вдоль Тихоокеанского побережья, и две дороги соединялись многочисленными поперечными дорогами, особенно на отрезке пути от Куско до побережья через Вилькасуаман. Европа не видала таких дорог, как эти, со времен Древнего Рима. Эрнандо Писарро писал: «Горную дорогу действительно стоит увидеть. Ни в одной христианской стране с таким неровным рельефом, как здесь, не было таких великолепных дорог. Почти все они мощеные». Не имея тягловых животных и колесных средств передвижения, инки строили свои дороги только для пешеходов и караванов лам. На дорогах, вьющихся по склонам Анд, были ступени и туннели, не годящиеся для лошадей. Дороги были хорошо спрофилированы и часто, на крутых горных склонах или топких местах, имели поддерживающие их каменные насыпи и закраины. Педро Санчо описал ужасное восхождение на гору Паркос, на которую должен был взобраться отряд Писарро спустя четыре дня после ухода из Хаухи. «После того как мы перешли вброд реку, нам пришлось взбираться еще на одну гору колоссальных размеров. Когда мы глядели снизу вверх на ее вершину, нам казалось невозможным, чтобы птицы могли перелететь ее по воздуху, а что уж говорить о людях верхом на лошадях, взбирающихся на нее по земле. Но дорога оказалась менее утомительной благодаря тому, что она шла зигзагом, а не по прямой линии. В основном она представляла собой большие каменные ступени, которые изматывали лошадей, снашивали и травмировали их копыта даже несмотря на то, что их вели за уздечки». Дороги инков были узкими, шириной в среднем около трех футов; они проходили по сложной гористой местности, но их покрытие из камня-плитняка было хорошим, и длинные ступенчатые переходы, которые утомляли лошадей испанцев, тоже были добротные.