К этому времени Писарро стоял во главе армии богатых людей, так как все они имели долю добычи в самом успешном грабеже, который только был в истории. Одним из убитых в сражении на Вилькаконге был Эрнандо де Торо; по приказу Писарро его состояние было оценено и составило 13 брусков 15-каратного золота, общий вес которых составил 4190 песо. Торо был отважным молодым идальго, одним из самых популярных в отряде, но он подстрекал Сото вырваться вперед и занять Куско. Другой жертвой был Мигель Руис, оставивший 5873 песо, из которых 3905 песо составляло золото и наличность по долговым распискам двух других конкистадоров. Другие погибшие: Гаспар де Маркина, Франсиско Мартин Сойтино, Хуан Алонсо и испанец по имени Эрнандес — все они к этому времени уже получили свою долю при распределении сокровищ.

Дневной бой закончился попыткой Сото выманить индейцев вниз, на ровную местность. Он приказал своим людям отступать шаг за шагом вниз по склону горы. Некоторые индейцы бросились их преследовать, бросая камни при помощи пращей, и испанцы сумели расправиться с ними, убив около 20 из них. Но основная часть войска инков отошла к вершине горы, а измотанные боем испанцы разбили на ночь лагерь на небольшом холме, как ярко описал Руис де Арсе, «одержав крошечную победу и натерпевшись страха». Лагерь индейцев находился от них на расстоянии двух полетов стрелы на более высокой горе, откуда они кричали оскорбления перепуганной кучке захватчиков. Испанцы провели ночь во всеоружии, и почти никто не спал. Сото поставил дозорных и проследил, чтобы 11 раненым людям и 14 раненым лошадям была оказана помощь — хотя трудно себе представить, что можно было сделать для истекающих кровью людей на том холодном, ничем не защищенном горном склоне. Он также пытался поднять боевой дух своих людей ободряющими речами.

Никакие слова Сото не смогли бы произвести такой эффект, какой произвел на не смыкавших глаз испанцев звук трубы, который они услышали в час ночи. Тридцать всадников во главе с Альмагро, посланных Писарро вперед, соединились с 10 кавалеристами, оставленными Сото сопровождать добычу, которую они захватили в Вилькасуамане. Этот отряд услышал о сражении и шел вперед в ночи, а трубач Педро де Алькончель дул в свою трубу на манер корабельной сирены.

Индейцы встретили новый день, уверенные в своей победе, и вдруг обнаружили, что побитое вчера войско чудесным образом удвоилось. Ликующие испанцы заняли боевые позиции и стали продвигаться вперед, вверх по склону. Индейцы отступили, а те, кто остался на склоне, были убиты. Появление тысячи воинов из Куско не поправило ситуацию, и единственным спасением для индейцев было то, что опустился туман. Такие серебристые туманы часто держатся по краям Апуримакского ущелья, если утро прохладное. Когда едешь сквозь такой туман, съежившись от холода, то ждешь не дождешься, когда же в просвет между облаками прорвется солнце, чтобы заблестеть на влажных травинках и ослепительно засиять на снегах Сорая и Салькантая.

Сражение на Вилькаконге было описано его участниками как «яростная и чрезвычайно опасная схватка, в которой пятеро испанцев были убиты, а другие ранены, так же как и многие лошади». Наконец-то воины армии Кискиса воспользовались рельефом местности, чтобы схватиться с врагом. Они доказали, что испанцы и их кони были уязвимы и смертны. Они уничтожили часть крошечного передового отряда Сото. Если бы они продолжили бой и уничтожили его целиком, они, возможно, набрались бы достаточно смелости и опыта, чтобы расправиться с меньшими по численности отрядами Альмагро и Писарро поодиночке. Индейская армия уничтожала и гораздо более крупные отряды испанцев в сходных условиях местности в последующие годы. Но это всего лишь гипотеза. Реальность же была такова, что Кискис стал действовать слишком поздно. Он не сумел с выгодой для себя воспользоваться ситуациями, когда испанцы переправлялись через реки, преодолевали крутые подъемы и пробирались через тесные долины, где его люди могли бы устроить засаду и поймать в ловушку отряд наглых завоевателей.

Альмагро и умеривший свой пыл Сото сделали привал в крепости на вершине подъема и стали ждать Писарро. Губернатор переправился через реку Апуримак в среду 12 ноября и переночевал в местечке Лиматамбо, расположенном ниже места сражения. Он присоединился к своим на следующий день, и объединенные силы испанцев направились к деревушке Хакихауана (в настоящее время — Анта), расположенной всего лишь в 20 милях от самого Куско. Ожесточенная схватка на Вилькаконге показала, что Чалкучима как заложник был бесполезен. Испанцы убедились, что он каким-то образом управлял передвижениями их врагов. Узнав о сражении, Писарро велел надеть на него цепи и сделал своему пленнику страшное объявление: «Теперь ты увидел, как с Божьей помощью мы всегда одерживали победы над индейцами. И так будет всегда. Можешь не сомневаться: они не скроются от нас и не вернутся в Кито, откуда бы они ни пришли. И ты можешь также быть совершенно уверен в том, что ты сам никогда больше не увидишь Куско. Потому что, когда я приду туда, где меня ожидает капитан де Сото с моими людьми, я прикажу сжечь тебя заживо». Чалкучима внимательно выслушал эту горячую речь и затем коротко ответил, что он не несет ответственности за нападение индейцев. Писарро, уверенный в соучастии Чалкучимы, ушел, не закончив разговор. Судьба великого полководца инков была решена, когда два отряда испанцев соединились, так как и Альмагро, и Сото были убеждены в том, что за сопротивлением индейской армии стоял Чалкучима. В четверг вечером 13 ноября его вывели на площадь Хакихауаны, чтобы сжечь живьем. Монах Вальверде попытался уговорить его пойти по пути Атауальпы и принять перед смертью крещение. Но воин отверг его предложение. Он заявил, что не желает становиться христианином и считает христианские законы непонятными. И вот Чалкучима опять оказался на костре, «который поспешили зажечь вожди и самые близкие его друзья». Умирая, он призывал бога Виракочу и полководца Кискиса прийти к нему на помощь.

Кискис все еще представлял собой серьезную угрозу. Его армия располагалась между испанцами и столицей инков. Он мог попытаться устроить еще одно генеральное сражение на склонах гор над городом или предпринять отчаянную оборону самого Куско. Дружески расположенные индейцы доносили испанцам, что китонцы намереваются поджечь тростниковые крыши городских домов, как они уже попытались сделать это в Хаухе. Куско лежит в складке долины и не виден путешественнику, движущемуся с северо-запада, пока он не окажется непосредственно над ним. Но когда колонна испанцев подошла поближе, стали видны клубы дыма, поднимавшиеся из-за цепи гор. Оказалось, что это начал гореть Куско. Сорок всадников помчались вперед, чтобы не дать части китонской армии спуститься в город и завершить его разрушение. Они обнаружили, что основная часть армии Кискиса предприняла последнюю попытку не допустить отряд захватчиков в Куско: ее силы были стянуты на оборону дороги. «Мы увидели, что все воины поджидают нас на подъезде к городу». Последовал жестокий бой, в ходе которого индейцы, «значительно превосходящие нас числом, решительно напали на нас, громко крича». Индейцы отбросили испанцев от дороги, ведущей в город Куско. Хуан Руис де Арсе с горечью писал, что «они убили трех наших лошадей, включая мою собственную, которая стоила мне 1600 кастельяно; и они ранили многих христиан». Некоторые испанские всадники были вынуждены отступить вниз по склону горы. «Индейцы никогда раньше не видели, как отступают христиане, и подумали, что они делают это специально, чтобы выманить их на равнину». Поэтому они остались под защитой горных склонов и стали выжидать, пока не подошел Писарро со своим отрядом. Две армии встали лагерем на склонах гор близко друг к другу, и захватчики провели ночь; не сняв с лошадей уздечек и седел. Сам Писарро назвал сражение на подступах к Куско «боем по всему фронту».