Характерной чертой нидерландской конфессиональной сцены в конце XVII в. была неизменная неудача, преследовавшая лютеранскую Церковь в попытке оказать сколько-нибудь реальное воздействие на нидерландское население, несмотря на близость лютеранских государств в Германии и большое количество немецких и скандинавских иммигрантов, исповедовавших лютеранство. Враждебность официальных властей также играла значительную роль, особенно за пределами крупных городов Голландии. В Зютфене лютеране, в основном солдаты и офицеры гарнизона, в 1650-х гг. устраивали тайные молитвенные собрания, но не имели разрешения приглашать лютеранских проповедников извне для проведения формальных богослужений. Больше всего raad опасался, как бы лютеране не стали проповедовать свое вероучение среди больших масс местного населения. В июле 1668 г. немецким офицерам в Зютфене было разрешено организовать церковную службу, пригласив на нее лютеранского проповедника со стороны, при условии, что она не будет иметь публичного характера, и без допуска на нее «кого-либо из местных жителей». Только в период французской оккупации в 1672 г. лютеране Зютфена смогли беспрепятственно организовать свою общину, и только в 1681 г. у них появился первый постоянный проповедник. В Гронингене обстановка была похожей. После 1672 г. лютеранские молитвенные собрания в городе больше не подвергались преследованиям, но только в 1687 г. raad, наконец, узаконил отправление лютеранского культа. Первые лютеранские церкви были построены в Зютфене только в 1693 г., а в Гронингене — в 1696 г. В Оверэйсселе только Зволле был сравнительно терпим к лютеранам (как и к католикам), позволив им образовать свою конгрегацию в 1649 г. В Девентере лютеранские богослужения находились под запретом до 1672 г., но после учреждения лютеранской общины во время мюнстерской оккупации, с 1674 г. культ был разрешен.

Еще одной провинцией, где веротерпимость к лютеранам проходила медленный и долгий процесс становления, была Фрисландия. Петиция о свободе отправления культа, поданная «сенату» Франекерского университета в 1650 г. тридцать одним немецким и скандинавским студентом, была отклонена. Около 1660 г. лютеранские духовные общины были созданы в Харлингене, где они поддерживали тесные связи с Норвегией и странами Балтики, и Леувардене. Но петиция лютеран Леувардена о разрешении на строительство церкви в 1668 г. была отвергнута. Первая лютеранская церковь, построенная во Фрисландии, была завершена в Харлингене только в 1669 г. Город Леуварден формально распространил веротерпимость на лютеран только в 1681 г.

В Голландии основным ограничением был введенный в 1624 г. Штатами запрет лютеранства в сельской местности. В общем и целом, за исключением Бодегравена и Заандама, запрет оставался в силе. Заандам стал интересным примером ограниченного характера нидерландской веротерпимости в Золотой Век, так как он был не только передовой промышленной зоной, но и, вследствие своей обширной торговли строевым лесом, поддерживал связи с лютеранскими государствами. Заандамские лютеране, однако, столкнулись с упорным противодействием. Когда они начали строить церковь и школу в Западном Заандаме в 1644 г., классис Харлема пожаловался на это Hof'у Фрисландии, что побудило Штаты повторно издать свой общий указ, запрещавший лютеранский культ в сельской местности. Общий запрет был повторно обнародован, с особым упоминанием Заандама, в 1655 г. Жалобы продолжали поступать до конца 1680-х гг. Напротив, большинство голландских городов с начала XVII в. терпимо относились к отправлению лютеранского культа, но даже здесь встречались исключения. Дордрехт, ведущий торговлю по Рейну, отказывался дать разрешение на строительство лютеранской церкви до самого 1689 г.

Как и у лютеран, количество евреев в Республике росло вследствие иммиграции, происходившей — опять-таки подобно лютеранам — преимущественно из Германии. Община сефардов (португальских евреев) в Амстердаме быстро росла в период 1647-72 гг., когда трансокеанская торговая система достигла своего наивысшего расцвета, но после этого почти не увеличивалась. Более того, хотя она продолжала играть более значительную роль в финансах и заморской торговле, чем община немецких евреев, она была сравнительно небольшой, насчитывая в конце XVII в. максимум около 3 000 человек. Напротив, намного более бедная община немецких евреев начала быстро расти с последней четверти XVII в., как в Амстердаме, так и в Республике в целом.

К 1672 г. общины немецких евреев прочно укоренились в Роттердаме, Амерсфорте и Леувардене, так же как и в Амстердаме. Небольшие общины сефардов также имелись в Мидделбурге, Роттердаме, Амерсфорте, Марсене, Нейкерке, Гааге и Алкмаре. Но многие города и сельские территории в Республике продолжали отказывать немецким евреям и сефардам в разрешении селиться в них. Город Гронинген окончательно снял свой запрет на создание еврейской общины только в 1761 г., Утрехт — в 1789 г., а в Девентере этого пришлось ждать до 1790-х гг. Среди городов Гелдерланда только Неймеген разрешил евреям селиться в нем в конце XVII в., Арнем дал аналогичное разрешение только после того, как город стал более либеральным в конфессиональном отношении, в 1720-х гг. В Лейдене, Харлеме и Делфте евреям не разрешалось селиться до 1720-х-1730-х гг. В Амстердаме численность португальской и немецкой еврейских общин к 1700 г. была приблизительно равной и составляла в общей сложности около 6 000 человек, или около 3% городского населения. Еврейское население Соединенных Провинций после 1648 г. постоянно росло, но только в немногих местностях, и даже там — часто в условиях строгих ограничений.

Совершенно иная конфессиональная ситуация сложилась в Генералитетских землях, где основная масса населения оставалась непоколебимо верной католической Церкви. Здесь церковную политику определяли не провинциальные власти и не городские советы, а Генеральные Штаты и Raad van State. Но решения по конфессиональным вопросам в Генералитетских землях принимались коллективно семью провинциями, и, особенно, Голландией, поэтому неудивительно, что в политике по отношению к диссентерским Церквям между Генералитетскими землями и Семью Провинциями было немало общего.

Единственными округами, где на основании декрета Генеральных Штатов от 1632 г. разрешалось публично исповедовать католическую веру, были Маастрихт и Овермаас. Вследствие этого конфессиональная ситуация в них коренным образом отличалась от той, что существовала в остальной части земель Генералитетских земель. Маастрихт был единственным городом в Республике, где многие церкви и значительная часть церковной собственности оставались во владении католиков, где процветали католическое образование и монашеская жизнь. В результате, здесь было несравненно большее количество католических священников (в 1662 г. белое и черное духовенство насчитывало не менее 515 человек), чем где бы то ни было еще в Республике, больше, чем во всех остальных провинциях вместе взятых. Во всей Голландской католической миссии (т.е. на территории Республики, за вычетом Генералитетских земель), даже в 1701 г. было всего 379 священников, и 36 из них проживали на соседних немецких территориях Лингена и Клеве. Большая часть населения Маастрихта сохраняла приверженность старой вере, считая протестантов чужаками и оккупантами. Но даже несмотря на это, благодаря наличию гарнизонов — и бегству сюда после 1633 г. групп немецких кальвинистов — реформатская община была существенной, составляя в конце XVII в. 20% от общей численности населения. Raad van State, несомненно, хотел бы, чтобы город и прилегающая местность утратили свой столь ярко выраженный католический облик, но, что следует особо подчеркнуть, не пытался добиться этого путем распространения веротерпимости на другие диссентерские Церкви. Неформальная лютеранская община существовала в Маастрихте с 1640-х гг., но синод Гелдерланда (который отвечал за поддержку реформатской Церкви в Маастрихте) сопротивлялся всем ходатайствам лютеран о создании собственной Церкви, и терпимое отношение в городе к лютеранам началось лишь в период французской оккупации в 1672 г.Даже после ухода французов, хотя лютеранам больше не препятствовали проводить молитвенные собрания, лишь в 1684 г. им даровали право иметь собственную церковь. А евреям в Маастрихте не разрешалось селиться до 1790-х гг.