Антикатолическая и антисоцинианская кампания 1680-х гг. после 1689 г. утратила прежний напор. С 1690 г. вновь возобновилась тенденция к формированию более терпимого и свободного общества. Несмотря на это, малые Церкви все еще подвергались многочисленным ограничениям. Реформатская Церковь, при поддержке Генеральных Штатов и провинциальных, и городских властей, по-прежнему пользовалась неоспоримым превосходством над своими соперницами в общественной жизни, сфере образования, печати, благотворительности и проповедовании перед большими конгрегациями. В сложившейся ситуации тенденция к согласию с официальной Церковью оказалась сильнее, чем тенденция к отходу от нее, поощрявшаяся растущей веротерпимостью. Республика в действительности вовсе не была открытой сценой, на которой соперничавшие религии постоянно вербовали в свои ряды новых приверженцев и повышали статус. Напротив, господствующая тенденция заключалась в сведении к минимуму разнообразий и неуклонным успехам реформатской Церкви в деле конфессионализации нидерландского народа.

В отношении конфессионализации коренного нидерландского населения только реформатская Церковь и католики добились существенных результатов. Поддержка коллегиантов, квакеров и других новых «сект» временно выросла в Амстердаме и Роттердаме, но в других местностях им не удалось в какой-либо степени умножить число сторонников. «Sortez hors d'Amsterdam, de Leyden et de Rotterdam, oil il у a quelques sectaries, — отмечал Брюн, — vous en trouverez fort peu ailleurs. Dans le villages il n'y en a presque point, si que n'est quelque peu d'Anabaptistes. Pour ce qui est des Luthériens, Borellistes et d'autres je ne crois pas que le nom у soit connu». («3a исключением Амстердама, Лейдена и Роттердама, где есть некоторое количество сектантов, вы найдете немного других. Среди деревень нет почти ни одной, где можно найти хоть нескольких анабаптистов. Что касается лютеран, бореллистов и других, то я не думаю, что само их название там известно» (фр.)) Нидерландское квакерство росло медленными темпами примерно до 1700 г., а затем стало угасать.

Особенно впечатляющим был стремительный упадок ремонстрантизма. Он начался после репрессий 1618-19 гг. и уже далеко зашел к 1630-м гг. Но даже если мы опустим более раннюю фазу истории ремонстрантов, прежде чем они смогли организоваться в качестве отдельной Церкви в 1630-х гг., очевидно, что эта Церковь впоследствии не сумела сохранить, не говоря уже о том, чтобы увеличить, количество своих сторонников в нидерландском обществе. Во многих отдаленных городах и местностях, где ремонстранты некогда имели сильную поддержку в массах, оппозиция официальной Церкви в 1630-х и 1640-х гг. быстро сошла на нет. В своем поздравлении, обращенном к реформатской конгрегации в Хёсдене в августе 1634 г., Воэций замечал, что если раньше город был глубоко разделен между «арминианами» и «гомаристами», то в последние годы «чистое слово Божье» взяло верх, и многие бывшие ремонстранты стали убежденными контрремонстрантами. За пределами Голландии ремонстранты уцелели в последней трети столетия в изолированных анклавах в Кампене, Леувардене, Харлингене, Доккуме и Неймегене, а также во Фридрихштадте в Шлезвиге, но полностью исчезли где-либо еще. Хубер отмечал в 1680-х гг., что количество ремонстрантов в Доккуме особенно заметно сократилось в последние годы. Хотя ремонстрантизм еще обладал некоторой силой в Гауде, Лейдене, Гааге и одном или двух голландских городах, заверения Брюна, утверждавшего, что «Arminiens ne se trouvent qu'a Amsterdam et a Rotterdam; ailleurs le nombre en est presque imperceptible» («арминиане живут только в Амстердаме и Роттердаме; в других местах их число почти равно нулю» (фр.)), нельзя назвать далекими от истины. В Амстердаме количество ремонстрантов первоначально оставалось устойчивым, но с 1650-х гг. стала наблюдаться тенденция к его сокращению как в абсолютном, так и в относительном выражении. Воэций даже предполагал, что нидерландская веротерпимость в том виде, в каком она получила развитие в Амстердаме после 1630-х гг., обрекла ремонстрантизм на упадок, ограничив ремонстрантские богослужения всего лишь одной неприметной «скрытой церковью», тем самым позволив «выпустить пар» давления со стороны ремонстрантов за свободу отправления культа, но лишив их возможностей для увеличения своей церковной общины. Таким образом, терпимость, которой пользовались амстердамские ремонстранты после 1630-х гг., была, в известном смысле, разновидностью скрытой нетерпимости, постепенно отодвигавшей ремонстрантскую Церковь на обочину духовной жизни. Еще более впечатляющим был закат некогда крупной ремонстрантской конгрегации в Роттердаме. Здесь до 1672 г. их община осталась устойчивой, но затем, в последней четверти столетия, испытала прогрессирующий упадок. Община роттердамских ремонстрантов все еще насчитывала 7 000 человек в 1670 г., немногим больше, чем католическая, составляя фактически 1/6 часть населения. К 1700 г. их число сократилось примерно до 6 000 человек, менее 1/8 общей численности горожан, и уже заметно уступало числу роттердамских католиков.

Меннониты также пребывали в упадке. Их Церковь была более старой, чем ремонстрантская, и длительное время охватывала существенную часть населения в Голландии, Утрехте, Фрисландии и Гронингене. Анабаптисты были в других провинциях, в частности, у них имелось существенное число сторонников в северо-западной части Оверэйссела, в Блокзейле и Гетхорне и вокруг них. Хотя после 1673 г. меннонитская Церковь во Фрисландии пользовалась официальной веротерпимостью и оказалась в более выгодном положении в Голландии, чем остальные, в своей деятельности она по-прежнему сталкивалась с немалыми затруднениями. Особой проблемой анабаптистов была их зависимость от проповедников и религиозных наставлений внутри Республики. В отличие от католиков, лютеран и евреев, они не имели крупных центров власти и обучения за пределами Республики, из которых они могли бы получать поддержку. Также они имели ограниченный доступ к сфере образования и прессе, и сталкивались с определенными трудностями при основании новых конгрегаций там, где их прежде не существовало, из-за сопротивления официальной Церкви и местных властей. Усилия анабаптистов по расширению своего присутствия в Оверэйсселе в 1660-х гг., особенно в областях Энсхеде и Хенгело, встречали яростное противодействие.

Как правило, нидерландский анабаптизм так и не смог упрочить свои позиции в XVII в. в тех местностях, где его последователям не удалось приобрести точку опоры веком ранее. В то же время во второй половине XVII в. наблюдалась отчетливая тенденция к ослаблению анабаптистских общин, даже в их главных центрах. В Харлеме, одном из основных центров меннонитского вероучения в Голландии, их насчитывалось в 1620 г. около 15% городского населения. С подавлением ремонстрантизма после 1619 г. в ряды меннонитов (а также католиков и лютеран) влились бывшие ремонстранты. Но ближе к концу века их численность начала сокращаться, составив менее 11% городского населения к 1707 г.

Во Фрисландии анабаптисты потеряли влияние и в городах, и в сельской местности. В конце XVI в. число анабаптистов доходило до 20% от общей численности населения. В 1666 г. во Фрисландии было примерно 20 000 анабаптистов, проживавших в 72 общинах, что составляло около 13% населения. В средних десятилетиях XVII в. анабаптисты все еще превосходили по численности фрисландских католиков. Но, несмотря на то, что католической Церкви так и не удалось умножить свою паству во Фрисландии, сокращение числа меннонитов привело, в конечном счете, около середины XVIII в., к тому, что католики сменили их в качестве второй по числу прихожан Церкви в провинции.