Годунов занял трон, будучи тяжелобольным человеком. Физические и умственные силы его быстро угасали. 13 апреля 1605 г. царь Борис умер от апоплексического удара.

Его смерть дата толчок дальнейшему развитию Смуты. Перед самой кончиной царь отозвал из лагеря под Кромами главных бояр — Мстиславского и Шуйских. Их место заняли воеводы большого полка боярин князь Михаил Катырев-Ростовский и Петр Басманов.

Явившись под Кромы, Басманов убедился в том, что в армии назрел мятеж. Ему предстояло либо подавить мятежников, либо примкнуть к заговору. Душой заговора были бояре Голицыны и рязанцы Ляпуновы. После недолгих колебаний Басманов возглавил мятеж.

Армия присягнула царю Федору Годунову. Но многие дворяне уклонились от присяги. Заговорщики вступили в сговор с атаманом Корелой. По сигналу донские казаки произвели вылазку из Кром и ударили по царскому лагерю. Тем временем мятежники проникли в воеводский шатер посреди лагеря и связали воеводу Ивана Годунова. Из-за начавшейся паники верные воеводы не сумели организовать отпор кучке мятежников и бежали из лагеря. В течение трех дней остатки армии шли через Москву на север. Лишившись поддержки дворянского ополчения, Годуновы утратили контроль над положением в столице.

Князья Шуйские имели основание негодовать на Годуновых. Накануне решающих событий князь Василий и Мстиславский были сняты с высших воеводских постов и отозваны в Москву. Годуновы опасались оставлять армию в руках руководителей Боярской думы. Поведение Федора Мстиславского внушало им особое подозрение. Толковали, будто Семен Годунов предлагал убить главу думы.

Василий Шуйский соблюдал осторожность, и династия надеялась на его лояльность. Он не раз клялся перед толпой, что своими руками похоронил царевича Дмитрия.

1 июня 1605 г. в окрестности столицы прибыли казаки под командой Корелы. С толпой жителей и казаков атаман прорвался через крепостные ворота в Москву, после чего Гаврила Пушкин взошел на Лобное место и прочитал «прелестные грамоты» самозванца.

Царь Федор Годунов с матерью тщетно пытались утихомирить толпу. Им пришлось выслать к народу думных людей. Дьяк Афанасий Власьев — лучший оратор думы — обратился к москвичам с вопросом о причинах необычного сборища.

Из Кремля выехали князья Шуйские и другие бояре. Многое зависело от поведения князя Василия. У него было немало приверженцев среди горожан и купцов, возглавлявших посадскую общину.

Шуйский и другие бояре просили толпу разойтись и указывали, что в государстве объявлен траур. Свидетели происшедшего — англичане отметили, что речи бояр были двуличными. Сановники говорили таким безразличным тоном, «что видно было, что при этом участвует один язык».

Василий Шуйский не подумал использовать свое влияние и дар убеждения, чтобы спасти гибнущую династию. Сторонники Годунова в думе стушевались при виде бушующей толпы. Недруги использовали момент, чтобы свести давние счеты с Годуновыми.

Народ ворвался в Кремль и принялся громить дворы Годуновых. Мятеж дал выход недовольству черни. Посадские люди разнесли дома многих состоятельных людей и торговцев, нажившихся на голоде.

После смерти Бориса его вдова вернула в Москву двоюродного брата, Богдана Бельского, надеясь на его верность. Но она ошиблась. Бельский поспешил примкнуть к мятежникам и фактически взялся править именем Дмитрия. Он позаботился о том, чтобы затворить крепостные ворота, и расставил караулы по всему Кремлю. Бельский помог самозванцу добиться послушания от Боярской думы.

Междуцарствие было коротким. Прошло два дня, и дума приговорила послать своих представителей к «царевичу». Бельскому удалось запугать думу известиями о походе Лжедмитрия I на Москву.

Самозванец потребовал к себе главных бояр — Василия Шуйского с братьями, Мстиславского и других. Но дума оказала неповиновение и отправила в Тулу боярина князя Ивана Воротынского, 20 лет бывшего не у дел.

В Москве знать не скрывала своего презрения к павшей династии. Царь Федор Годунов и его родня были взяты под домашний арест. По настоянию вельмож свежая могила Бориса в Архангельском соборе была раскопана, труп предан поруганию. Действия бояр развязали руки «вору».

Отрепьев потребовал, чтобы к нему в Серпухов явилось все руководство думы. Не по своей воле к нему отправились Дмитрий Шуйский, Федор Мстиславский и другие бояре. Князь Василий Шуйский уклонился от этой сомнительной чести и остался в столице.

Узнав о разорении могилы Бориса, самозванец потребовал от главных бояр истребления «этих чудовищ, кровопийц и изменников», то есть царя Федора Борисовича и его семьи. Осуществить его приказ взялись князь Василий Голицын, Мосальский и Сутупов.

Палачами царской семьи стали дворянин Михалка Молчанов и Андрей Шерефединов, выходцы из опричной среды. Они явились на старое подворье Бориса Годунова в сопровождении отряда стрельцов, захватили царицу и ее детей и развели «по храминам порознь».

Царица Мария Годунова-Скуратова была задушена. Федор Годунов отчаянно боролся за жизнь, стрельцы долго не могли с ним справиться.

После казни боярин Василий Васильевич Голицын велел созвать перед домом народ и, выйдя на крыльцо, объявил «миру», что «царица и царевич со страстей» отравили себя ядом.

20 июня 1605 г. Лжедмитрий торжественно вступил в столицу и водворился в царском дворце. Низложив Иова, он поставил во главе церкви своего «угодника» — грека Игнатия.

Вслед затем Лжедмитрий произвел перемены в высшем боярском руководстве. Наибольшим влиянием в думе пользовались князь Василий Шуйский и его братья. На их головы и обрушился удар. «Вор» использовал доносы на Шуйских, поступившие от П. Ф. Басманова, польских секретарей и телохранителей.

Василий Шуйский некогда расследовал обстоятельства смерти царевича Дмитрия. Поэтому к нему постоянно обращались с тех пор, как в Литве объявился самозванец. В кругу доверенных лиц князь Василий допускал откровенность даже после того, как Лжедмитрий занял Москву.

Однажды на двор к князю Василию явились некоторые из московских купцов и горожан, чтобы поздравить его с царской милостью. Шуйский будто бы проехал по улицам столицы с «царем» в его экипаже. В ответ на поздравление одного купца, пользовавшегося полным доверием хозяина, Шуйский в сердцах сказал про нового государя: «Черт это, а не настоящий царевич… Не царевич это, а расстрига и изменник наш». Стоявший поодаль купец подслушал разговор и поспешил донести о нем. Русские источники называют имена купцов и посадских людей, с которыми Шуйский вел неосторожные разговоры. Самым влиятельным из них был Федор Савельевич Конь — крупнейший архитектор и строитель своего времени. В поздних русских «Сказаниях» дело представлено так, будто великий поборник православия князь Василий призвал к себе Федора Коня и другого известного в Москве человека, Костю Лекаря, и сказал им, что государь — злой враг, богоотступник и еретик Гришка Отрепьев. Шуйский якобы сам наказал Коню: «Поведайте тайно в мире с разсуждением, чтобы християне… еретика познали». Федор Конь и Костя Лекарь поведали «про еретика без рассуду многим людям», после чего о крамоле узнал Петр Басманов.