Получив донос, Лжедмитрий приказал без промедления арестовать трех братьев Шуйских. Приставами (тюремщиками) Шуйских были назначены бояре Басманов и Салтыков. При Борисе Годунове Михаил Глебович Салтыков руководил розыском о заговоре Романовых, при самозванце расследовал заговор Шуйских. Боярин усердствовал, чтобы доказать свою преданность новому государю. Но главными инициаторами розыска были, по-видимому, Богдан Яковлевич Бельский и Петр Федорович Басманов.

Шуйским было предъявлено обвинение в государственной измене. Официальная версия дела заключала в себе много неясного. Даже близкие к особе Лжедмитрия люди по-разному излагали вину князя Василия. Боярина обвиняли то ли в распространении слухов, порочивших государя, то ли в организации форменного заговора с участием многих тысяч лиц.

В письме из Москвы от 4 июля 1605 г. иезуит А. Лавицкий сообщал, что Шуйского осудили за то, что он называл «Дмитрия» врагом и разрушителем истинной православной веры, орудием в руках поляков. Один из секретарей самозванца, поляк С. Слонский, рассказывал, что именно он передал государю донос купца, подслушавшего, как Шуйский называл царя Растригой и изменником. Яков Маржарет, телохранитель Лжедмитрия, писал, что Шуйского обвинили в «преступлении оскорбления величества».

Другую версию изложили командиры польского наемного войска С. Борша и Я. Вислоух, находившиеся в Москве во время суда над Шуйскими. В июле 1605 г. Я. Вислоух сообщил в письме к брату, что в Москве открылась измена: Шуйские начали убеждать народ, что «Дмитрий» — не истинный царь, а польский королевич, который хочет православную веру разрушить, а лютеранскую ввести; заговорщики хотели истребить поляков и уговорили для этого 10 тысяч детей боярских; поляков должны были сжечь с дворами (трактирами) и перебить, но поляки узнали об этом и известили царя. Ротмистр С. Борша воспроизвел ту же версию, но в более кратком варианте. По его словам, Шуйские разработали план переворота, в котором должен был участвовать народ, — они задумали «ночью зажечь Москву и учинить над царем и над нами (польскими солдатами. — Р.С.) предательство».

Опираясь на преданные «вору» казачьи и польские отряды, П. Ф. Басманов арестовал множество лиц, которых подозревали в заговоре с Шуйскими. Розыск проводился с применением изощренных пыток. Показания современников о результатах расследования расходятся в самом существенном пункте. Телохранитель самозванца Конрад Буссов утверждал, будто бы многие духовные лица и стрельцы на пытках подтвердили измену боярина Шуйского. Совсем иначе изложил дело голландец Исаак Масса. По его словам, никто из предполагаемых сообщников боярина не мог привести надежных доказательств его вины. Некоторые из арестованных под пытками признались в преступлении, прочие же все отрицали.

Согласно русским источникам, из страха москвичи «друг на друга клеветаху», Растрига же «многих поймав и разными пытками пытаху: иные же, не стерпев пыток, на себя говоряху, а иные же крепяхуся, а иные и впрями сво, Ростригу, обличаху».

В конце концов инициаторы розыска отказались от намерения организовать крупный политический процесс с участием многих видных лиц. Лжедмитрий распорядился привлечь к суду вместе с Шуйскими лишь нескольких второстепенных лиц. В их числе были Петр Тургенев, Федор Калачник и некоторые другие купцы. Род Тургеневых пользовался известностью в Москве. До опричнины дядя Петра Тургенева был ясельничим в дворцовом ведомстве у царя Ивана Грозного. Петр Никитич служил головой в дворянских сотнях. Он так и не получил воеводского чина, но имел один из высших поместных окладов — 500 четвертей земли — и числился «выборным» дворянином из Воротынска. Федор Калачник, судя по прозвищу, был посадским человеком.

Чтобы устрашить столичное население, Отрепьев велел предать «изменников» публичной казни. Дворянина Петра Тургенева вывели на пустырь (Пожар) и там обезглавили. Сообщение о казни Тургенева имеет документальное подтверждение. В подлинной челобитной Дениса Петровича Тургенева подчеркнуто, что отца челобитчика, Петра Тургенева, убил «вор-Рострига». Монах Авраамий Палицын называет Петра мучеником и обличителем «вора». Сохранилось предание, что торговый человек Федор Калачник, идя на казнь, во все горло кричал, что новый царь — антихрист и все, кто поклоняется этому посланцу сатаны, «от него же погибнут».

Лжедмитрий и его окружение не желали раздражать дворянство. Зато с простонародьем они не церемонились. В первые же дни правления нового царя, записал Масса, пострадало много простых людей и горожан в Москве, так что ночью и втайне только и делали, что пытали, убивали и губили людей.

Автор «Иного сказания» утверждал, что князь Василий Шуйский и его братья были арестованы на третий день после вступления Лжедмитрия в Москву, а 25 июня 1605 г. их передали в руки палача. Приведенная дата ошибочна. Достоверно известно, что казнь Шуйских была назначена на воскресенье 30 июня. Как бы то ни было, очевидцы единодушно подтверждают, что суд над Шуйскими занял несколько дней.

Установив хронологию заговора Шуйских, С. Ф. Платонов писал: «Трудно понять причины той торопливости, с какою они постарались отделаться от нового царя»; «…Шуйские необыкновенно спешили и… все их «дело» заняло не более десяти дней. Очевидно, они мечтали не допустить «розстригу» до Москвы, не дать ему сесть на царство». С. Ф. Платонов принял на веру официальную версию заговора Шуйских. Между тем эта версия едва ли заслуживает доверия.

В массе своей московское население приветствовало нового царя. На его стороне была военная сила. Лжедмитрий был на вершине успеха. Планировать в таких условиях переворот было безумием. Шуйский же всегда был трезвым и осторожным политиком.

Спешили не столько Шуйские, сколько Лжедмитрий. Даже если заговора не было и в помине, самозванцу надо было выдумать таковой.

В Польше коронный гетман Ян Замойский, выступая перед сеймом в начале 1605 г., резко высмеял россказни самозванца и заявил, что если уж поляки хлопочут о возведении на московский трон старой династии, то им надо иметь в виду, что законным наследником Московского княжества «был род Владимирских князей, по прекращении которого права наследства переходят на род князей Шуйских». О речи гетмана говорили по всей Польше, и самозванец не мог не знать о ней.

Из начальных бояр только один Василий Шуйский отказался подчиниться приказу Лжедмитрия и не явился в Серпухов. Это усилило подозрения самозванца, который имел все основания беспокоиться, что князь Василий предъявит претензии на трон при первом же подходящем случае.

Отрепьев мог расправиться с Шуйским тем же способом, что и с Федором Годуновым. Но с некоторых пор он был связан договором с Боярской думой. Следуя традиции, Лжедмитрий объявил о созыве собора для суда над великим боярином.

Находившийся в те дни в Кремле поляк А. Лавицкий писал, что Шуйских судили на большом (многочисленном) соборе, состоявшем из сенаторов, духовенства и других сословий. Капитан Маржарет, перешедший на службу к Лжедмитрию, утверждал, что Шуйские подверглись суду «в присутствии лиц, избранных от всех сословий». Следуя рассказам поляков из окружения самозванца, Георг Паэрле записал, что в суде участвовали как сенат (дума), так и народ. Свидетельства иностранцев полностью совпадают с данными русских источников. Как подчеркнул «Новый летописец», Лжедмитрий «повеле собрати собор» с приглашением духовных властей, бояр и лиц «ис простых людей».