Это было особо заметно в северных районах, где освобождение советскими войсками Кирова и прорыв немецкой линии фронта создавали возможность для более тесного взаимодействия партизанских групп с Красной армией. Партизанские отряды, организованные НКВД и партийными работниками, оказались в прямом подчинении одной из советских дивизий и получали подкрепление людьми и оружием от Красной армии. В свою очередь партизаны снабжали части Красной армии продовольствием и направляли призывников из контролируемых ими районов. Когда немцы попытались захватить Киров и ликвидировать брешь между 2-й танковой и 4-й армиями, партизаны оказывали поддержку войскам Красной армии, не только разрушая линии коммуникаций в тылу, но и обороняя отдельные участки фронта.

Усиление мощи партизанского движения путем увеличения его численности и совершенствования организации продолжалось на протяжении всего 1942 года, вопреки всем попыткам немцев воспрепятствовать его развитию. Основным типом партизанского подразделения в начале 1942 года являлся самостоятельный отряд, чья численность постепенно возрастала и могла достигать от 100 до 400 человек. Новыми партизанами становились отбившиеся от своих частей красноармейцы, отпущенные или сбежавшие военнопленные и местные жители. Хотя крупномасштабный призыв местного населения начался лишь осенью 1942 года, существуют свидетельства того, что, например, на севере области значительное количество мужчин призывного возраста было зачислено в партизанские отряды еще в начале этого года. Руководство партизанами на раннем этапе осуществляли работники местных партийных и государственных органов, а также офицеры Красной армии, уцелевшие во время боев в окружении либо направленные извне, обычно самолетами.

Использование советской авиации для поддержки партизан не ограничивалось лишь доставкой командиров и специалистов в партизанские районы. Начиная с весны 1942 года партизаны регулярно получали различные поставки (в частности, оружие, боеприпасы и отдельные виды продовольствия) самолетами, которые либо сбрасывали грузы на парашютах, либо приземлялись на специально подготовленных аэродромах. Для этого использовались небольшие одномоторные учебные самолеты, а также самолеты американского производства С-47.

Увеличение размеров партизанских отрядов сопровождалось изменениями в их организации. Отряды стали делиться на роты и взводы, аналогичные таким же подразделениям Красной армии. Введение военной системы организации было завершено к началу 1943 года с созданием бригад, делившихся на батальоны, роты и взводы. Бригады в основном создавались путем слияния нескольких самостоятельных отрядов. Целью такой реорганизации было обеспечение четкости управления и лучшей координации действий, а также усиление ударной мощи. Кроме того, реорганизация позволяла усилить контроль за партизанскими отрядами со стороны партийных и правительственных органов. Уже упоминалось о руководстве партизанскими отрядами Красной армией на севере области; на юге руководство партизанами осуществлялось командованием, получавшим указания из Ельца, где находились штаб Брянского фронта, а также Орловский областной комитет партии. Командование возглавлял Д. Емлютин, бывший офицер НКВД из Орла и один из выдающихся партизанских командиров на оккупированной территории. Под его руководством действовали от тридцати до сорока партизанских отрядов, а позднее все бригады на юге области. В западной части Брянской области, то есть в Клетнянских и Мамаевских лесах, внешнее руководство партизанами осуществлялось командованием советского Западного фронта. В управлении партизанскими отрядами важную роль играла авиация, обеспечивавшая тесную связь между партизанскими центрами и командованием в советском тылу.

Усиление и реорганизация партизанских отрядов позволяли им расширять районы и наращивать мощь своих действий, направленных, во-первых, на нарушение системы снабжения немецких войск и, во-вторых, на срыв усилий немцев по установлению контроля над оккупированной территорией и эксплуатацией ее ресурсов. Удары по линиям коммуникаций в основном наносились путем взрывов железнодорожных путей, минирования автомагистралей и атак из засад на железнодорожные составы и транспортные средства. За период с мая по октябрь 1942 года более тысячи таких ударов было отмечено командованием тыла 2-й танковой армии немцев, в чьем ведении находилась большая часть Брянской области.

Другой основной разновидностью действий партизан были усилия, направленные против упрочения оккупационного режима и призванные воспрепятствовать использованию немцами рабочей силы и местных ресурсов. С этой целью партизанские отряды нападали на деревни, забирали продовольствие, угоняли скот и сурово наказывали людей, сотрудничавших с немцами или враждебно настроенных к партизанам. В первую очередь партизаны стремились уничтожать чиновников местных администраций и членов многочисленных отрядов вспомогательной полиции, организованной немцами. Нападения на деревни и реквизиция продовольствия, с одной стороны, были направлены на удовлетворение насущных потребностей партизан, которым приходилось существовать вдали от обжитых мест. С другой стороны, такие акции представляли собой определенную разновидность психологической войны, которая должна была удержать людей от оказания поддержки немцам и заставить их сохранять лояльность советскому режиму. Такие усилия оказывались все более и более успешными, по мере того как у людей исчезала уверенность в победе Германии и они убеждались в нежелании и неспособности немцев удовлетворить их основные нужды и чаяния.

Существование партизанской проблемы признавалось немецким командованием еще в феврале 1942 года. По мнению командования тыла, партизанское движение представляло собой прямую и постоянно усиливающуюся угрозу безопасности в тыловых районах, и оно потребовало выделения дополнительных войск для борьбы с этой угрозой. В ответ на этот запрос в Брянскую область была переброшена дополнительная дивизия охраны (707-я). В июне 1942 года была проведена первая крупная операция против партизанских отрядов, действовавших на севере области; в ней принимали участие один танковый и два пехотных полка. В результате этой операции партизаны и их сторонники понесли значительные потери, также удалось на время рассеять партизанские отряды, но большинству партизан вместе с их командирами удалось избежать гибели или плена, и они просто ушли в другие районы, где происходило переформирование отрядов для будущих действий. К тому же многих из тех, кого немцы включали в данные о партизанских потерях, следует считать не активными партизанами, а местными жителями. Эта операция, как достигнутыми результатами, так и использованными методами, стала образчиком большинства операций против партизан, которые последовали в 1942 году и в дальнейшем проводились в 1943 году. Как правило, они не достигали главной цели, то есть полного уничтожения партизанского движения в этом регионе.

Если по первоначальному плану немцев меры безопасности в тылу должны были ограничиваться охраной основных путей снабжения и важных населенных пунктов, то вскоре после оккупации этого региона командование осознало, что разгромить партизанское движение с помощью одной лишь оборонительной стратегии нельзя. Но имевшиеся в распоряжении войска были столь малочисленны и столь плохо подготовлены, что немцам приходилось уделять основное внимание защите железных и шоссейных дорог, а также крупных военных объектов. Вдоль основных шоссейных и железных дорог через определенные промежутки создавались опорные пункты, а расположенные на путях снабжения или рядом с ними населенные пункты находились под пристальным наблюдением. Кроме того, были организованы небольшие мобильные группы, призванные препятствовать партизанам в проведении взрывов военных объектов и железнодорожных путей. В целом этой оборонительной системе удалось обеспечить проходимость на основных путях снабжения войск. Но она не смогла остановить роста партизанского движения, базировавшегося в лесах и болотах, где принимаемые немцами меры вряд ли могли нанести ему серьезный урон.