Органы ВЧК в 1918 г. еще не располагали специализированными разведывательными структурами, их основные усилия направлялись на «борьбу с контрреволюцией» внутри страны и подавление очагов антисоветских выступлений. Основной задачей созданного 19 декабря 1918 г. Особого отдела ВЧК являлась борьба со шпионажем и контрреволюцией в учреждениях и частях Красной армии. С февраля 1919 г. на него возлагалась задача по организации и руководству «работой агентуры за границей, в оккупированных иностранными державами и занятых белогвардейцами областях».

Советские спецслужбы иногда взаимодействовали с Сибирским бюро РКП(б) при проведении разведывательно-диверсионных акций.

На территории Сибири противоборство между советской разведкой и колчаковской контрразведкой велось с переменным успехом.

Зафронтовая разведка 5-й красной армии смогла внедрить агентуру в разведорган белогвардейской Западной армии и таким образом проводить дезинформацию противника. Началу этой операции способствовало появление в особом отделе 5-й армии видных эсеров Кондакова и Семенова. На допросе они заявили, что состоят в сибирской подпольной организации, добивающейся свержения интервентов и Верховного правителя. По заданию руководства партии они внедрились в колчаковскую разведку и включились в совместную с большевиками борьбу.

После тщательной проверки красные представили Кондакову возможность встретиться с резидентом белогвардейцев Григорьевым, который дал ему задание вернуться с отчетом в разведотдел Западной армии, возглавляемый полковником М.М. Шоховым. Последний по неизвестным причинам не стал тщательно проверять полученные от агента сведения, а сразу доверил ему группу диверсантов для переброски в тыл красных. Естественно, все они работали под наблюдением советского особого отдела. Позже их под различными предлогами подвергали «изъятию». Всего было обезврежено более 130 диверсантов.

Параллельно Кондаков, продолжая контакты с Григорьевым, снабжал его разведывательными донесениями, содержавшими дезинформацию. По признанию арестованного в Красноярске полковника М.М. Шохова, при борьбе за Златоуст командование Западной армии не допускало мысли о том, что их дезинформирует красноармейская разведка. О том, что чекисты в течение нескольких месяцев вели с ним игру, начальник разведки узнал лишь после ареста. Вот что показал он на допросе: «Была налажена, как мне казалось, надежная работа. Вся работа велась через Кондакова. От него вначале пришел ко мне Перепелкин, его информация перекрывалась нашими данными, затем ко мне в разведотдел нелегально поступали разведсводки через переходивших линию фронта моих агентов Смирнова («Богданов»), Кутасова и многих других… Все поступавшее к нам после перепроверки докладывалось командованию… За это я им щедро платил… Выдавал по 50 тысяч рублей и с новыми заданиями направлял в расположение ваших частей… Посылалась мною одна женщина с заданием поступить в штаб 5-й армии, помнится, что такие же задания имели землемер Пименов, еще один учитель, кажется, по фамилии Иванов… Потом в зафронтовую полосу посылал еще двух поляков, четырех женщин, одного артиллериста…» Полковник признал, что такое могло случиться только от неопытности его подчиненных, и заявил, что «никто из нас не был как следует знаком с искусством разведки, все мы были направлены в нее со штабной работы». К словам Шохова следует добавить, что провал случился из-за отсутствия взаимодействия между разведкой и контрразведкой, несмотря на то что обе находились в подчинении генерал-квартирмейстера. Правда, иногда разведка снабжала штабы контрразведывательной информацией. Например, начальник разведки штаба Западной армии капитан Горецкий 26 января 1919 г. сообщал начальникам штабов 1-го Волжского, 2-го Уфимского, 3-го и 6-го Уральских корпусов телеграмму о направлении трех советских агентов в расположение белых войск, с указанием возраста и примет. Были ли переданы эти сведения в контрразведку, остается неизвестным.

Успех же красных спецслужб в оперативной игре в немалой степени обусловлен взаимодействием военной разведки и особого отдела — структур, подчинявшихся разным ведомствам. Кстати, особый отдел Восточного фронта также самостоятельно вел разведку, что не являлось секретом для белых.

В целом же командование Красной армии и руководители Сибирской ЧК деятельность советской военной разведки оценивали критически, полагая, что колчаковская разведка работала более эффективно, нежели собственная. По их мнению, главная причина недостатков заключалась в отсутствии грамотных специалистов. В чем-то они были правы. В Гражданскую войну, как известно, большевики в разведку набирали людей по политическому стажу, а не военному опыту. Так, начальник 1-го отделения 1-го отдела Региструпра В.А. Срывалин, 19 февраля 1919 г., подводя итоги работы органа агентурной разведки за 10 месяцев, в своем докладе отмечал, что привлечение «партийных сил не дало пока результатов ни в качественном, ни в количественном отношениях». Характеризуя личный состав агентуры, работавшей в Сибири, он указывал: «Дальность расстояния, невозможность наладить связь — не привлекала охотников пуститься в тайную разведку в Сибирь».

Для сбора сведений во вражеском тылу вербовались возвращавшиеся домой из австрийского и германского плена офицеры и солдаты. Со временем колчаковская контрразведка научилась отличать настоящих военнопленных от мнимых. Советских разведчиков, как правило, выдавало наличие с собой больших денежных сумм. По данным контрразведки штаба ВГК, каждая партия военнопленных, переходившая фронт, насчитывала от 5 до 10% большевистских пропагандистов, снабженных соответствующими документами. Среди советских агентов также были пленные сербы, карлики, женщины и дети, которым рекомендовалось поступать рассыльными в военные учреждения. Например, при штабе 1-й армии находился 13-летний советский разведчик В.В. Вейверов.

Красные спецслужбы применяли и другие уловки для заброски агентуры: отправляли вплавь на бревне, под видом перебежчиков, которые после выполнения задания должны вернуться обратно, при отступлении подвергали порке и оставляли. Контрразведка узнавала о таких приемах, кстати, от перебежчиков. Они также сообщали о проникнувших в штабы белогвардейских воинских формирований большевистских агентах, главным образом офицерах и «интеллигентных женщинах».

Массовой заброске советской агентуры колчаковская контрразведка не смогла противопоставить надежный заслон, хотя и пыталась. Так, возвращавшихся из плена офицеров, намеревавшихся занять высокие посты в армейских структурах, зачисляли в резерв при Ставке, подозрительных подвергали проверке. Для выявления красных разведчиков белогвардейские спецслужбы в каждую партию военнопленных стремились внедрить своих секретных сотрудников.

Облегчало работу неопытных красных разведчиков отсутствие в белогвардейских учреждениях системы защиты секретов. Так, на телеграфе штаба Западной армии отсутствовал негласный контроль над лицами, допущенными к работе с секретной корреспонденцией. Всякий офицер и чиновник даже других отделов смог послушать все новости, пришедшие в телеграф, которые расшифровывались в присутствии посторонних. Недаром при аресте и обыске у одного из большевиков контрразведчики нашли копии телеграмм военного характера. Об этом факте докладывали командованию, но были ли предприняты конкретные меры по защите тайн в штабах, на данный момент однозначно ответить трудно.