Ломбардская Лига, набравшая силу со времен неудавшегося придворного сейма в Равенне (в ноябре 1234 года), не собиралась смиряться, и уж конечно вялые попытки переговоров Папы не оказали на нее никакого влияния. Только на Троицу 1234 года Грегор IX призвал городам пропустить через Альпы германскую армию, шедшую ему на помощь против снова восставших римлян, а также и впредь подчиняться его третейскому решению. «Большая Аллилуйя», которая должна была принести вечный мир, уже осенью 1233 года бесславно превратилась в войну между противоборствующими городами.

В Германии всеобщее религиозное возбуждение также уже много лет провоцировало отделение широких масс населения от официальной церкви. Стремление к особому благочестию, подражанию Христу, стерло границы между Единоспасающей Церковью и сектами, наставляющими истинных христиан (прежде всего вальденсами, ср. ниже, гл. 7). Чтобы возвести заслон против этой угрозы, понтифики Иннокентий III и Гонорий III после долгих раздумий постановили включить нищенствующие ордена францисканцев и доминиканцев в систему католицизма, но этим решением была погребена идея «чистой» церкви. Законы о язычниках, принятые Фридрихом, должны были положить конец успешной пропаганде «нищенствующих», и главным образом, с помощью доминиканцев, которые вскоре были названы «Domini canes», «собаки господина». В марте 1232 года Фридрих провозгласил по всей территории государства ужесточенный вариант законов о еретиках.

Папским инквизитором в Германии уже с 1227 года был мрачный Конрад Марбургский, духовник ландрафини Элизабет Тюрингской, которая после смерти ее мужа (1227) вела жизнь, полную деятельной любви к ближним и ужасных самобичеваний. Только после ее смерти в 1231 году Конрад, принадлежащий, возможно, согласно последним исследованиям ордену премонстратов, с полной силой стал исполнять свои обязанности главного инквизитора. Ко времени «Большой Аллилуйи» он колесил по Германии, чтобы предать сожжению «язычников» всяких мастей. Так как королю поступала часть от конфискованного имущества жертв инквизиции, он гарантировал Конраду и другим ловцам еретиков полную неприкосновенность. Преследования переросли в массовые убийства и оргии произвола, в которых Конрад отличался особой, граничащей с сумасшествием яростью. В конце концов выяснилось, что жертвами вердикта главного инквизитора пали приближенные короля, как, например, граф фон Сайн, фон Солмс, фон Арнсберг, а также графиня фон Лоц. После этого 25 июля 1233 года на придворном сейме в Майнце Генрих занял позицию против папского инквизитора. Это придало угнетенным храбрости, и уже через пять дней позднее по пути домой из Майнца в Марбург Конрад был убит.

Папа, как раз собиравшийся уменьшить инквизиционные страсти в Германии, призвал к новым гонениям на язычников, в случае необходимости должен был быть организован крестовый поход. Это решение Верховного Пастыря вызвало горячее негодование в Германии, которое король Генрих хотел использовать в целях своей оппозиционной политики. Первая волна нарастающей популярности после его выступления против действий Конрада помогла ему при втором нападении на герцогство баварское. Вторая волна террора, организованная епископом Хильдесхаймским, дала королю возможность укрепить свою позицию не только против Папы и императора, но и против территориальных князей. Около 50 обвиненных Конрадом человек, часть из которых уже была осуждена по «статье» язычество, попросили судебного расследования их дел, поэтому 2 февраля 1234 года Генрих созвал открытый придворный сейм во Франкфурте. Во время заседаний полемика была чрезвычайно жесткой, а также было много выступлений против епископа Конрада и доминиканцев. Генрих весьма умно сумел стать исполнителем народной воли, велев разработать масштабный законопроект, подчинявший инквизицию светским судам. Это был имперский закон, означавший урегулирование территориальных отношений, а также, с другой стороны, мирный договор и объявление перемирия между Генрихом и князьями. Королю молчаливо засчитывался его успех в Баварии, но за это он должен был подтвердить князьям их привилегии: 1231 год начался с закрепления их территориальной власти. Кроме того, в случае «мятежа» этот закон мог быть использован в качестве оружия против короны, как это и случилось вскоре. Некоторое практическое значение этот имперский закон, принятый без согласия императора, имел лишь как средство ограничения бессовестных пыток инквизиции. Крестьян штединга, объявленных по понятным причинам язычниками, он не защитил от ужасной бойни, учиненной так называемым крестовым войском. Нижнесаксонские и фризские штедингеры (т.е. «население побережья») начиная с первой половины 12 века возделывали земли по рекам Яде и нижнему Везеру, а также наслаждались личной свободой. Графы Ольденбургские и архиепископы Бременские не захотели довольствоваться одними только оброком и церковной десятиной. Они приступили к сооружению укрепленных замков на этих территориях, чтобы перевести свободных крестьян в положение крепостных. Те же в 1204 году прогнали угнетателей и в дальнейшем уклонялись от уплаты дани и десятины. Из-за благоприятного политического расклада штедингерам на некоторое время удалось утвердить свою независимость. В конце концов, жадные феодалы решили пойти сложным, но не менее действенным путем. В 1230 году на синоде в Бремене они обвинили самонадеянных крестьян в язычестве и призвали к большому крестовому походу против них. В этом отчаянном положении угнетенные вынуждены были обратиться к Ордену немецких рыцарей, чтобы с помощью их магистра, который часто бывал при императорском дворе, достичь Фридриха. Император ограничился тем, что выпустил в 1230 году в Капуа грамоту, в которой уверял «всех штедингеров» в своем благоволении к ним за те «благодеяния», которые они оказали Ордену, но никакой реальной помощи не последовало. На Рождество того же года крестьянам удалось наголову разгромить возглавленное архиепископом Бременским войско крестоносцев без какой-либо помощи со стороны. Дальнейшие нападения «крестоносцев», которых поддержал только Папа, закончились для них же еще печальнее, так как к «еретикам» присоединился Отто Люнебургский. В 1234 году в мае на земли штедингеров напало почти 40-тысячное войско «крестоносцев» под предводительством герцога Брабанта и графа Ольденбургского, полностью пренебрегая мирным договором, оглашенным королем Генрихом два месяца назад. У последнего же были много других проблем. Папа с негодованием отреагировал на действия Генриха против инквизиции, и это снова противоречило интересам Фридриха, так как Грегор IХ нуждался в нем как в посреднике в споре с верхнеитальянскими городами. Теперь «борцов за веру» не могло удержать ничто. 27 мая 1234 года при Альтенэше полегло около 11 тысяч крестьян, давших отчаянный отпор значительно превосходящему их войску убийц. Выжившие бежали в соседние страны.

Тем временем король Генрих в лихорадочном темпе возводил юго- западный немецкий бастион, призванный помочь ему в открытом мятеже против императора и Папы. При этом единственная разумная линия его поведения – планомерная поддержка городов – должна была прекратить существование. Он был рад любому союзнику, а каждого врага старался побороть по мере сил. Более или менее последовательно продолжалась поддержка монастырей. В остальном же по огромному количеству различных документов дарения, например, в пользу Ордена немецких рыцарей (т.е. для их магистра Германа фон Сальцы, который всегда мог замолвить словечко у императора), можно понять, что Генрих уже слышал тяжелую поступь судьбы и поэтому целиком отдался лихорадочной деятельности.