Между тем на польско-советском фронте произошли изменения. В результате августовского наступления поляков, войска Красной Армии отступили к Полоцку, Лепелю, на Березину. Центр белорусской политической жизни переместился в Минск, значение Вильни уменьшилось. В этой связи изменился и персональный состав войсковой комиссии.

22 октября 1919 года Пилсудский своим декретом утвердил членов БВК. Председателем ее стал П. Алексюк, в комиссию вошли полковники Гассан Конопацкий (командующий белорусским войском) и Давид Якубовский, штабс-капитаны Франтишек Кушель и Андрей Якубецкий, а также Симон Рак-Михайловский, Юстин Мурашко, Антон Овсяник и Александр Прушинский (поэт Алесь Гарун) — заместитель Алексюка в случае его отсутствия.[22] БВК разделилась на подкомиссии: вербовочно-агитационную (руководитель П. Алексюк), квалифиционную[23] (А. Якубецкий), по выработке уставов (А. Прушинский), культурно-просветительской работы (С. Рак-Михайловский).

Пилсудский официально разрешил создание белорусских национальных частей из числа добровольцев, но не дивизий, и даже не полков, а только двух батальонов. Местом их формирования был указан Слоним (позже Барановичи), а БВК должна была находиться в Минске. Белорусское командование подчинялось главному командованию польской армии. Сформированные части предписывалось направить на польско-советский фронт в пределах Белоруссии.

Комиссия начала свою деятельность с того, что провела регистрацию добровольцев, прежде всего офицеров, унтер-офицеров и солдат, а также врачей и бывших чиновников тыловых служб российской армии. Чтобы не допустить в войско ненадежные элементы, БВК собирала подробные сведения о каждом кандидате. Всего БВК зарегистрировала 485 офицеров и военных чиновников белорусского происхождения.

В марте 1920 года она открыла в Варшаве 9-месячные курсы при офицерской школе подхорунжих и 3-месячные курсы в Оструве Мазовецком для подготовки подофицеров, всего на 100–120 белорусских курсантов. По предложению полковника Конопацкого, кандидаты в курсанты проходили предварительную подготовку, в ходе которой они изучали не только основы военного дела, но и белорусский язык (в том числе белорусскую военную терминологию), а также курс белорусоведения. Тем временем БВК переводила на белорусский язык польские военные уставы.

Однако 17 апреля 1920 года полковник Конопацкий подал в отставку под предлогом плохого состояния здоровья. На самом деле причиной отставки стали его разногласия с руководством БВК. Пилсудский подписал прошение об отставке 22 мая. Вместе с ним ушел в отставку и начальник штаба белорусских формирований полковник Бородич. Вместо Бородича начальником штаба польское командование назначило офицера из легионов, майора Ю. Тунгуз-Зависляка. Он же исполнял обязанности командира белорусских отрядов.

Еще более серьезным препятствием деятельности БВК, чем внутренние трения, являлись разногласия белорусских политических деятелей с польскими властями на местах, подозрительно относившихся к самой идее создания белорусской армии. В связи с неопределенной политикой центральной власти в Польше по белорусскому вопросу польская администрация, как могла, мешала работе БВК — не предоставляла помещений для вербовочно-агитационных пунктов, даже арестовывала некоторых белорусских деятелей. Военное командование не выдавало оружия и обмундирования, не отпускало из плена красных командиров-белорусов, ранее служивших в царской армии.

Все эти трудности и проблемы способствовали распространению антипольских настроений в белорусском национальном движении, особенно среди членов партии социалистов-революциониров (эсэров). Дело кончилось тем, что руководство этой партии решило начать партизанскую борьбу против польской оккупации, для чего заключило союз с большевиками. Впрочем, большевики обманули белорусских эсэров. Они использовали их в борьбе против Польши, а после своего возвращения в Белоруссию запретили деятельность партии социалистов-революционеров, арестовали ее лидеров и всех активистов на территории БССР.

В закрытом документе 2-го (разведывательного) отдела генштаба Войска Польского «Краткий очерк белорусского вопроса» (1928 год) было дано описание проникновения белорусских эсэров в БВК. По мнению его составителей, эсэрам удалось провести в БВК своих людей — А. Якубецкого, Ф. Кушеля, С. Рак-Михайловского, А. Овсяника, А. Прушинского и даже «коммуниста А. Здановича». Более того, штаб Западного фронта прислал на подмогу им резидента — полковника Шолкова. Далее утверждалось, что в результате происков эсэровских агентов в белорусские части не брали офицеров, ранее служивших у белогвардейцев (в войсках Корнилова, Юденича, Колчака, Деникина). Зато охотно записывали бывших бойцов и командиров Красной Армии.

Однако современный белорусский историк из Белостока Олег Латышонок доказал, что офицеры польской контрразведки намеренно преувеличили эсэровскую опасность. Их обвинения в адрес С. Рак-Михайловского, А. Прушинского и Ф. Кушеля были необоснованными. Что же касается полковника Шолкова, якобы резидента «красных», то именно правительство БНР во главе с Антоном Луцкевичем добилось освобождения Шолкова из тюрьмы в Чехословакии, куда его отправили белые российские генералы за «белорусский шовинизм». Одним словом, офицеры польского генштаба стремились скомпрометировать саму идею создания белорусских воинских частей.

Ради улучшения отношений между белорусскими политическими партиями и польскими властями, в том числе по военным вопросам, был избран новый политический деятель — Вацлав Ивановский. Ему Наивысшая Рада БНР, с одной стороны, и политический отдел Литовско-Белорусского фронта польских войск — с другой стороны, поручили вести переговоры с государственным руководством Польши.

Уже в первых числах февраля 1920 года Вацлав Ивановский встретился в Вильне с Пилсудским. В ходе переговоров Ивановского с вице-министром иностранных дел Польши Леоном Василевским удалось добиться уступок в сфере культурно-просветительской работы белорусских национальных организаций. На фоне этих переговоров польские власти взялись за упорядочение дел с белорусским войском. В феврале 1920 года Министерство военных дел утвердило штат управления белорусских частей: 25 офицеров, 19 подофицеров и 24 рядовых, а также 31 нестроевой солдат и 7 возчиков. Итого 106 человек в составе штаба, плюс к ним еще 20 в интендантской службе.

В марте 1920 года Министерство военных дел изменило систему набора в армию. Вербовку добровольцев оно передало специальным мобилизационным комендатурам. Отныне БВК могла лишь направлять в такие комендатуры своих офицеров для учета белорусских добровольцев. Правда, подбор кандидатов для обучения в офицерской и подофицерской школах остался за ней. Однако тех воинских подразделений, которым предназначались эти кадры, по сути дела еще не было.

С конца мая и до начала июля 1920 года БВК завербовала всего лишь 150 рядовых солдат. Они составили 1-ю роту белорусских стрелков в Минске. Польское командование направило в нее 16 белорусских офицеров.