Посещение столиц каждой из провинций было организовано по определенной схеме. Прежде всего король и канцлер Франции отправлялись в парламент. Местные парламенты нередко простирали свои полномочия столь далеко, что возлагали на себя часть функций центральной власти — разумеется, в ущерб последней — и проводили политику, идущую вразрез с политикой короля. Так, парламент Экса присвоил себе функции настоящего католического правительства Прованса и отказался ратифицировать Амбуазский эдикт от 19 марта 1563 года, положивший конец Первой религиозной войне. Король применил санкции и в марте 1564 года отстранил всех членов парламента от должности, а на их место назначил временный совет, состоящий из членов Парижского парламента и двух советников Большого совета.

Король не намерен был принимать крайние меры. Его визит, подготовленный губернатором и канцлером, планировался как начало диалога, а в случае необходимости — и переговоров с членами парламента относительно восстановления прежнего порядка. В парламенте прошла церемония, именовавшаяся ложем правосудия, с присутствием короля и соблюдением всех необходимых формальностей. Трибуна, где, облаченный в парадную мантию, с парадной цепью ордена Святого Михаила на шее, располагался король, символически возвышалась над креслом первого президента парламента. Место короля, находившееся на самом верху в центре, служило своего рода точкой отсчета, книзу от которой, строго соблюдая иерархию, располагались все остальные: справа от монарха сидела королева-мать, на некотором расстоянии от нее принцы крови, коннетабль и губернатор провинции. У подножия возвышения находилось место канцлера, сидевшего лицом к депутатскому корпусу. Когда король брал слово, канцлер вставал и обнажал голову; его примеру следовали все присутствующие. Во время краткой приветственной речи канцлера стояли только советники суда, правда, с покрытыми головами, а председатели, подобно принцам крови, имели право сидеть. Адвокатам же все время приходилось стоять с непокрытыми головами.

Во всех выступлениях канцлера подчеркивалась роль короля как законодателя и верховного судьи, наделявшего парламенты соответствующими полномочиями. В Бордо, где среди магистратов не было единства, а также слишком мало внимания уделялось королевским директивам, король повел себя властно и напомнил о принципах, на которых зиждилась монархия. Желая призвать парламенты к исполнению их непосредственных обязанностей, король одновременно хотел им дать больше прерогатив, что позволило бы уменьшить давление на них со стороны Парижского парламента, который, по его мнению, имел ярко выраженную тенденцию выступать в качестве опекуна монархии. Впрочем, несмотря на протесты разгневанного парламента Парижа, в августе 1563 года в Руане было объявлено о совершеннолетии Карла IX.

Но король желал не только убедиться в правильной работе парламентов, он проявлял интерес к функционированию других институтов, к поведению чиновников в округах. Он наводил порядок в городах, управляемых ненадежными олигархиями, которые во время Первой религиозной войны сдавали города протестантам, даже не попытавшись оказать сопротивление. Эдикт Кремье (1564), действие которого распространялось на все населенные пункты, где находились резиденции архиепископов, епископов, парламентов и президиальных судов, позволял властям осуществлять контроль над деятельностью магистратов. Монарх вмешивался в дела многих городов, в частности таких, как Труа, Вьенн, Гренобль, Экс, Марсель, Ним, Монпелье, Тулуза, Ош, Бордо, Байонна, Нерак, Ла-Рошель, Нант; он укреплял свою власть и стремился исполнить пожелания подданных. Например, в Провансе пожелание сохранить только консулов-католиков было исполнено, но в Шалоне-на-Марне монарх отказался выполнить пожелание совета запретить протестантам исполнять публичные должности. Таким образом он пытался установить согласие посредством мер, казавшихся ему наиболее подходящими для каждой конкретной ситуации в отдельности. В Нераке, вотчине сторонников Реформации и столице королевы Наваррской Жанны д'Альбре, он установил паритет между католиками и протестантами, занимавшими должности консулов и чиновников городского правления.

Король выступал защитником городских вольностей, оказывал максимальную поддержку независимым муниципалитетам — например, в Лимузене. Во время поездки король, повсюду завязывая личные отношения с городской буржуазией, не гнушался приехать на обед в поместье или особняк влиятельного нотабля.

Такую же политику проводил он и в отношении провинциальных дворян, ибо всего лишь 15% этих дворян регулярно приезжали ко двору и служили в армии. Для дворян, проживавших в провинции, равно как и для чиновничьей и городской элиты, визит короля был удачной возможностью поговорить с монархом. И дворяне охотно использовали ее: снимались с насиженных мест и отправлялись на встречу с королем. Государь внимательно выслушивал их просьбы, стараясь не уступать давлению со стороны местных властей, нередко убеждавших его отказаться от проводимой им политики примирения. Наглядный пример тому дает визит короля в Тулузу, где монарх наотрез отказался идти на уступки местным властям. В Каркасоне король узнал, что около тысячи дворян из Гиени и Гаскони съехались в Тулузу, чтобы просить его отменить Амбуазский эдикт и изгнать протестантов из королевства. После продолжительного обмена грамотами, монарх в конце концов согласился вступить в столицу Лангедока, не дожидаясь, пока неугодные ему дворяне покинут ее. Он даже дозволил этим дворянам присутствовать на церемонии торжественной встречи его персоны при въезде в город, однако категорически запретил им критиковать его политику. Инцидент завершился компромиссом: Карл IX не намеревался сжигать мосты в отношениях с антагонистическими группировками королевства, а, напротив, стремился выступать в роли арбитра и миротворца.

Так, шаг за шагом, монарх и его мать объезжали разоренную Первой религиозной войной страну, и все восемьсот двадцать девять дней, которые длился этот вояж, иначе говоря, с 24 января 1564 года по 1 мая 1566 года, терпеливо восстанавливали отношения со своими подданными, проживавшими в удаленных от столицы провинциях. Нигде долго не задерживаясь, монарх, а следом за ним и весь его двор, начали путешествие с посещения Бар-ле-Дюка, затем король проехал по берегам рек Соны и Роны, пересек Прованс, Лангедок, побывал в Байонне, в Бордо, а оттуда вернулся в долину Луары.

Это путешествие позволило двору избежать давления со стороны знатных кланов, прервать затяжной конфликт между Монморанси и Низами, и, наконец, убедить провинции принять Амбуазский эдикт, ставший символом проводимой королем политики.

После окончания Первой религиозной войны перед Екатериной Медичи встала нелегкая задача ликвидировать все задолженности и урегулировать отношения с Англией. В Хэмптон Корт протестанты подписали с Елизаветой I соглашение о том, что в обмен на поддержку передадут ей порт Гавр. Когда война окончилась, англичане заявили, что готовы отдать порт Гавр в обмен на порт Кале, который во время царствования Генриха II герцог Гиз отвоевал у англичан. Возвращать Кале никто не собирался, снарядили военную экспедицию под предводительством коннетабля Монморанси, и при поддержке Конде 30 июля 1563 года порт вновь перешел к французам.