Жестокие бои разгорелись при осаде Пуатье, где отличился молодой герцог Генрих Гиз, прославившийся также в битвах при Монконтуре, Ниоре и Сен-Жан-д'Ажели. Военные действия завершились восстановлением порядка, о чем 8 августа 1570 года в Сен-Жермене был издан соответствующий эдикт. В нем повторялся ряд положений Амбуазского эдикта, признавалось право на свободу совести и отправления культа во всех тех местах, где дозволялось и до войны, то есть в предместьях двух городов в каждой провинции и в жилищах сеньоров с правом высшего суда. Появлялись также дополнительные гарантии: протестантам передавалось четыре укрепленных города: Ла-Рошель, Монтобан, Ла-Шарите и Коньяк, куда они могли отвести свои войска.

После войны Екатерина Медичи и Карл IX продолжили свою миротворческую политику, символами которой стали два примечательных решения: включение в состав королевского совета адмирала Колиньи, ставшего главнокомандующим протестантских армий, и брак Генриха Наваррского, наследника старшей ветви Бурбонов, сына Антуана и Жанны д'Альбре, со старшей сестрой короля Маргаритой Валуа (королевой Марго), дочерью Генриха II и Екатерины Медичи. Как известно, последствием этой свадьбы, на которую в Париж прибыл весь цвет дворян-протестантов, стала резня, устроенная в ночь святого Варфоломея.

Мы не станем пересказывать эти печально известные события: о них написано множество работ и сделано немало докладов и сообщений. В последние годы события Варфоломеевской ночи часто являлись предметом полемики во время научных дискуссий. Мы только перечислим темы, вызывающие особенно острые споры, а также приведем диаметрально противоположные мнения историков.

Покушение на Колиньи, случившееся 22 августа 1572 года, стало своеобразным детонатором будущего взрыва. Никто не сомневался, что это покушение дело рук Гизов, ибо все члены клана были убеждены, что именно Колиньи приказал убить Франсуа де Гиза, а смерть его, разумеется, требовала отмщения. Но какая роль в этом покушении была отведена Екатерине Медичи и Карлу IX? Неужели папа и Филипп II сумели оказать давление на французскую монархию?

Следующий после покушения день вызывает сплошные недоумения, и дела его, поистине, являются тайной. Какое решение принял королевский совет? Какие вопросы обсуждались на этом совете? Как велика была степень свободы, которой располагал молодой Карл IX по отношению к главам протестантской и католической партий, по отношению к папе, к королю Испании, к королевскому семейству, и в частности, к собственной матери, к общественному мнению?

Резня, начавшаяся в ночь с 23 на 24 августа, практически не поддается пониманию. Была ли она организована властью, или же, действительно, явилась стихийным выступлением населения Парижа, измученного нестерпимой жарой и враждебно настроенного к протестантам? А может, это был мятеж недовольных экономической, налоговой и религиозной политикой короля?

В 1972 году историк Анри Дюбьеф пессимистически сообщил, что источники, бывшие в распоряжении исследователей, недостойны доверия, лживы или же сфабрикованы после того, как событие свершилось, а потому узнать истину практически невозможно. Он подчеркивал, что авторы всех источников стремились защитить тот или иной тезис и сообщали только то, что было необходимо для защиты именно данного тезиса.

В 1992 году Марк Венар, настроенный более оптимистично, опубликовал статью, основанную на донесениях, написанных по горячим следам событий агентами дипломатических служб, прекрасно осведомленных о проблемах французского королевства той эпохи, а потому, на взгляд исследователя, заслуживающих доверия. Агенты полагали, что Екатерина Медичи и члены королевского совета несомненно разделяли ответственность за покушение на Колиньи, а провал покушения ускорил принятие решения, ибо угрозы со стороны протестантов становились все более ощутимыми. Похоже, король тоже был уверен в необходимости подавления гугенотского движения, однако принять меры предполагал только против нескольких десятков лиц, возглавлявших партию гугенотов: их должны были выслать за пределы королевства. Для такого шага необходимо было привлечь на свою сторону городской муниципалитет и парижскую милицию. Но парижане поняли королевское желание по-иному, а Карл не сумел остановить вспыхнувшую резню.

В своей статье Марк Венар также попытался утихомирить страсти, разбушевавшиеся в связи с полемическими публикациями Жана Луи Буржона, подвергшегося яростным нападкам большинства историков, когда-либо писавших о Религиозных войнах.

В 1968 году Жанин Гаррисон опубликовала работу под названием «Набат призывает к резне», где, подвергнув антропологическому анализу поведение разъяренной толпы, подчеркнула решающую роль плебейских масс столицы в организации резни, беспорядков и насилиях. Автор высказала предположение, что Екатерина Медичи хотела ослабить влияние Колиньи на Карла IX и, зная, что герцог Гиз хочет отомстить за отца, подталкивала его к убийству адмирала. Автор показала, что Варфоломеевская ночь была устроена не только в Париже, но и во многих провинциальных городах, таких как Орлеан, Мо, Труа, Бурж, Сомюр, Руан, Ла-Шарите, Лион, Бордо, Тулуза, Гайак.

Выводы Жана Луи Буржона основаны на работе историка Н. М. Сютерланд, выступившей с опровержением всей историографии Варфоломеевской ночи. По ее мнению, инициатором Варфоломеевской ночи был Филипп II, величайший организатор, обладавший поистине макиавеллиевской хитростью; устроив резню в Париже, Филипп II избавил Нидерланды от французской интервенции и нанес удар Франции, от которого та не могла оправиться целых полвека. Карла IX исследовательница считает несчастным молодым человеком, ни к чему не пригодным и не сумевшим подняться до уровня тех событий, которые история уготовила его правлению.

Совершенно иной портрет Карла дает историк Дени Крузе в работе «Ночь святого Варфоломея: утраченная мечта о возрождении». Для него Карл IX — это молодой человек, воспитанный в духе своего времени, исповедующий философию неоплатоников, верящий в космическую гармонию, добродетель и согласие. Опираясь на анализ придворных празднеств, тексты Ронсара, Франческо Патрици, Луи Леруа и картины Антуана Карона, автор предлагает новую систему интерпретации событий, дающую ключи к пониманию политики Карла IX и его матери. Суверен и его мать привязали «королевскую власть к мечте постепенно привести французское общество к всеобщей гармонии». Военные действия, возобновленные протестантами в 1567 году, нанесли политике, направленной на достижение гармонии, серьезный удар.

После неудачного покушения на Колиньи, вызвавшего угрозы со стороны дворян-протестантов, в воздухе вновь запахло гражданской войной: политика примирения очевидно провалилась. Желая избежать катастрофы, власть решила устранить или изгнать несколько десятков главарей партии гугенотов. Формулируя свою позицию, Дени Крузе высказывается красиво, но провокационно: он говорит о «преступлении во имя любви». Подобная интерпретация, без сомнения, породила острую полемическую дискуссию.

В заключение следует напомнить, что ночь святого Варфоломея нанесла неисцелимую травму не только протестантам, но и католикам, королю и политическим деятелям, стоявшим у руля власти. Кровь безвинных мучеников, погибших как в Париже, так и в провинциях, растеклась широкой рекой, ставшей роковым рубежом, разделившим долгий период гражданских войн на две части. После Варфоломеевской ночи ситуация в стране коренным образом изменилась. Позднее протестант, гуманист и писатель Дюплесси-Морнэ скажет: «После дня святого Варфоломея государственное здание пошло трещинами и зашаталось».