Труднее было решать внутренние проблемы: католики плохо приняли Амбуазский эдикт, а папа назвал его «позорным миром». Протестанты также не выражали особых восторгов по его поводу, а многие даже обвиняли Конде в предательстве, ибо он согласился на неудовлетворявший их компромиссный мир.

Вновь возникла угроза со стороны Гкзов, уверенных, что гугенот Польтро де Мере убил Франсуа де Гиза по наущению адмирала Колиньи. Щепетильный адмирал торжественно отверг обвинение в организации убийства, однако, обладая характером цельным и открытым, не считал нужным сдерживать свою радость по поводу отбытия в мир иной главы дома де Гизов, укрепляя тем самым клан Гизов в мысли о его причастности к этому убийству. Пизы настойчиво требовали у Екатерины Медичи отмщения. Вопрос даже был поднят на королевском совете, однако монарх осмотрительно отложил решение его на три года, запретив обеим партиям в этот период искать правосудия в суде или же решать вопрос силой оружия. Как известно, эта вендетта завершилась в ночь святого Варфоломея убийством Колиньи, которым руководил лично герцог Генрих Гиз, ворвавшийся в дом адмирала с отрядом отборных солдат.

Несмотря на все трудности, Карл IX и его мать при помощи конкретных мер и третейских судей, умело дозировавших приговоры, проводили политику, обеспечивавшую сосуществование двух религиозных общин и двух крупных знатных кланов. В этом же направлении трудился не покладая рук и канцлер де Лопиталь, опубликовавший в феврале 1566 года знаменитый Муленский ордонанс, где были изложены основные положения реформы правосудия. Так, в частности, были уточнены функции парламентов, вводился контроль над судами, куда теперь регулярно направляли судебных чиновников (тех, кто в XVII веке станет называться интендантами), приезды которых тотчас прозвали «набегами», был изменен порядок проведения судебных сессий в провинциях, назначены высокие юридические чины. Парижский парламент попытался протестовать против реформ, ущемлявших его прерогативы, но в конце концов смирился.

По окончании войны остро вставала проблема праздности дворян, находившихся при дворе; не имея возможности снискать славу на поле боя, дворяне с азартом вступали в схватки друг с другом, и зачастую эти поединки заканчивались трагически.

Чтобы занять, а главное, развлечь дворян, Екатерина Медичи возобновила традиции времен Франциска I и стала устраивать грандиозные празднества в Фонтенбло: пиры, турниры, театральные представления, прогулки верхом. Знатные сеньоры, в том числе и протестанты, с удовольствием участвовали в королевских развлечениях, не обращая внимания на едкие замечания пасторов и предупреждения Кальвина. Усилия Екатерины Медичи и Карла IX позволили Франции вкусить плоды четырехлетнего мира. За эти годы страна залечила раны и отстроилась после гражданской войны. Но умы не пришли в состояние умиротворения, стычки между католиками и протестантами продолжались: достаточно было одной искры, чтобы широкомасштабный конфликт запылал вновь. В Нидерландах мятеж, поднятый против Филиппа II Испанского, стал началом восстания политического, направленного на защиту традиционных свобод северной страны, против жесткой централизаторской политики и непреклонного католицизма испанского монарха.

Французские сторонники реформированной церкви тяжело переживали жестокие меры, предпринимаемые испанцами против их единоверцев на севере, и упрекали французский двор в нежелании поддержать борьбу Нидерландов против Испании. Протестанты подозревали, что Екатерина Медичи ведет двойную игру и втайне поддерживает переписку с Филиппом II с целью как можно скорее раздавить протестантское движение в Европе.

Скорее всего, французское правительство действительно не намеревалось предпринимать какие-либо действия в связи с испано-нидерландским конфликтом. Но несмотря на политику нейтралитета, правительство, опасаясь бесчинств испанских солдат на французской территории, все же рекрутировало швейцарцев. Испанские армии дошли до Милана и теперь направлялись в Нидерланды, а путь их лежал через Савойю, Франш-Конте и дальше вдоль границ Дофине, Бургундии и Шампани.

Протестанты с тревогой наблюдали за рекрутированием швейцарцев, понимая, что эта сила в любую минуту может быть использована против них. Они задавались вопросом, не заключили ли Филипп II и Екатерина Медичи, встречавшиеся в Байонне во время большого путешествия Карла IX по Франции, тайный католический альянс.

Собравшись на совещание в замке Валери (современный департамент Йонна), вожди протестантов решили перейти в наступление. Полагая, что Карл IX попал под дурное влияние матери и двора, они по примеру герцога де Гиза, который в 1562 году превратил и короля, и его мать, и двор в настоящих узников, решили похитить короля.

Планы Колиньи и Конде провалились. Находившийся в Монсо король в сопровождении швейцарцев и коннетабля Монморанси спешно вернулся в Париж. Маленькая армия щвейцарцев сумела предотвратить нападение Конде, стремившегося дать решающее сражение. Две армии шли вместе до самого Буржа. Оттуда Карл IX направился в столицу, где ему ничто не угрожало.

Несмотря на удачно проведенную военную операцию, для юного семнадцатилетнего монарха и Екатерины Медичи возобновление военных действий, инициаторами которых были протестанты, стало провалом политики примирения. В королевстве разгорался мятеж гугенотов. Накануне праздника Святого Михаила в Монтеро, Орлеане и Ниме сторонники реформированной церкви выступили против нотаблей, священников и монахов. В результате погромов погибли восемьдесят человек.

В Сен-Дени начались переговоры. Протестанты, похоже, не имели серьезных претензий к правительству Карла IX, однако их сильно беспокоили расползавшиеся повсюду слухи о честолюбивых планах Гизов, о формировании наемных отрядов швейцарцев, об обещании истреблять еретиков, данном Карлом IX Филиппу II. К требованию помешать распространению слухов протестанты присоединили требование полной свободы отправления культа, созыв Генеральных штатов с целью — как это уже было в 1560 году — уменьшить налоговое бремя и реформировать государственный аппарат.

Сигналом к возобновлению военных действий стали осада Парижа и сражение при Сен-Дени, состоявшееся 10 ноября 1567 года. В этом сражении погиб старый коннетабль Монморанси. Командование королевскими армиями было передано герцогу Анжуйскому, юному брату Карла IX и будущему королю Генриху III. Опекать неопытного полководца было поручено испытанным воинам, таким как герцог Немурский, герцог Монпансье и маршал де Косее.

23 марта 1568 года в Лонжюмо был подписан мир, но это оказалось лишь временное затишье. Екатерина обвинила канцлера Мишеля де Лопиталя в излишне мягком обхождении с гугенотами. 24 марта 1568 года у канцлера отобрали печати и предложили ему удалиться к себе в поместье, расположенное вдали от Парижа. Час примирения, символом которого являлся Лопиталь, миновал. Екатерина Медичи сменила политику и ясно дала поняты теперь она берет в союзники исключительно католическую партию.

В провинциях, расположенных в центре и на западе Франции, в окрестностях Ла-Рошели, куда прибыли Жанна д'Альбре со своим сыном (будущим королем Генрихом IV), конфликт разгорелся вновь. Наставник герцога Анжуйского, маршал де Таванн, королевский наместник и главнокомандующий королевских армий дал протестантам сражение неподалеку от Жарнака. 13 марта 1569 года Конде был ранен, взят в плен, и Монтескью, капитан гвардии герцога Анжуйского, добил его. Другие вожди протестантов также были предательски убиты. И все поняли, что в этой войне, в отличие от войны 1562 года, принципы уступили место разгулу насилия.