Один из лучших белых военачальников Восточного фронта Викторин Молчанов отмечал: «После Казани офицерство перестало верить в возможность при существующем правительстве что-либо сделать и удирало туда, где по слухам было лучше. Слишком много вынесли обид, огорчений при правительствах демократических… Так думало большинство офицерства, и мне кажется, никто не может упрекнуть его за это. Не слабые духом уходили в тыл, а во многих случаях убежденные, что они делают как лучше». Даже безупречно дисциплинированные прежде чехословацкие роты нередко отказывались выходить из резерва на смену находившимся на передовой товарищам. Даже в отряде Каппеля Казанский конный полк отказался выполнять боевые приказы и ушел с уфимского участка фронта на восток, в Челябинск.

Наступило временное затишье, и Чапаев занялся обустройством войск, решал вопросы взаимодействия с местными властями и местными жителями. Поддерживать дисциплину иногда приходилось жесткими методами. В одном из сел красноармеец буквально разгромил церковь, вытащил деньги из церковных кружек, глумился над иконами. Затем хулиган надел рясу священника, бегал по селу, крича «Царя нет и Бога нет!». Это вызвало возмущение жителей. Начдив быстро оценил обстановку, понял, что богохульство может вызвать конфликт между крестьянами и бойцами. Он приказал арестовать хулигана, которого немедленно расстреляли перед строем на глазах жителей села. Эта мера остудила некоторые горячие головы среди красноармейской молодежи. Чапаев показал, что прочный и спокойный тыл для него важен и он не допустит какого-либо ущемления имущественных прав крестьян и надругательства над верой.

Командование Восточного фронта намеревалось развить успех и разработало план окончательного разгрома Народной армии и занятия района Самары и Сызрани. Удачный исход этих операций означал возвращение контроля над богатыми зерном и скотом районами Поволжья, серьезное облегчение продовольственного кризиса и выход к Уральскому промышленному району.

Наступление дивизии Николаевских полков было назначено на 16 сентября. Накануне наступления Василий Иванович приказал частям дивизии занять исходное положение для наступления на самарском направлении. Для наступления на село Левенка Чапаев выделил пять полков. Три полка (Балашовский, 1-й Саратовский и Пензенский пехотные) должны были занять села Карловка, Любитское и Жестянка, после чего развить активные действия по направлению сел Кузебаево, Нижняя Покровка и Петриково. В помощь им со станции Алтата должен был подойти Новоузенский полк. В первые дни наступление развивалось медленно, дивизия Николаевских полков продвинулась только на несколько верст, что вызвало недовольство Вацетиса: «Немедленно примите все меры для дальнейшего безостановочного движения вверх по Волге. Все войска, действующие в этом районе на правом берегу, и флотилия подчиняются командарму 1-й для операции против Сызрани. 4-я армия должна немедленно двинуться на Самару и занять ее, имея в виду, что с севера по левому берегу против Самары действует симбирская группа 1-й армии… Необходимы крайне решительные и энергичные действия, дабы нанести противнику окончательный удар под Самарой».

В этот момент в войска 4-й армии прибыл председатель Реввоенсовета 4-й армии Лев Троцкий. Появление Троцкого всегда сопровождалось большой помпой и многолюдными митингами, на которых перед собравшимися выступал руководитель Красной армии, один из лучших ораторов того времени. Его стремительные перемещения по фронтам — особая глава Гражданской войны. После драматичной истории в начале августа под Свияжском, когда Троцкий лишь по счастливой случайности избег плена, был сформирован специальный поезд, состоявший из двенадцати вагонов. Кроме салона для председателя РВСР и совещаний с участием его ближайших сотрудников, в состав эшелона входили вагоны для охраны, броневагоны с орудиями, платформы для броневика и нескольких легковых машин представительского класса, вагон-склад, цистерна с горючим и… вагон-ледник, где хранились свежие овощи, фрукты, мясо и деликатесы для Троцкого и его окружения. Кроме того, к поезду были прикомандированы два аэроплана для разведки. Общая численность персонала поезда составляла более двухсот человек, в том числе отлично обмундированной роты охраны.

Сначала Троцкий появился в Саратове, затем посетил отбитые у белых Вольск и Хвалынск. Как указано в записках Савина, одного из адъютантов Троцкого, командующий армией доложил председателю РВСР о плохом снабжении армии, несвоевременном отпуске винтовок, патронов, бензина и бронеавтомобилей. Троцкий немедленно отдал телеграфное распоряжение о снабжении армии всем необходимым, выделил из «своих запасов» цистерну бензина и две бронемашины. 20 сентября поезд наркомвоенмора отправился в Пугачев.

Есть распространенное мнение, что председатель Реввоенсовета намеревался отстранить Чапаева от должности начдива за партизанщину и самоуправство и даже арестовать и расстрелять его. Троцкого изначально направляли под Саратов, чтобы проинспектировать и «подтянуть» расположенные там части и соединения Красной армии и проверить благонадежность командного состава.

Председатель Реввоенсовета был встречен вернувшимся на свою должность начдивом Захаровым, а также командирами бригад и полков. Захаров доложил Троцкому о плохом снабжении и недостатке людей после напряженных боев. Командующий армией Тихон Хвесин, которого обвиняют в бедах дивизии, немедленно распорядился пополнить ее.

После детального обсуждения наступления на Самару решили разделить Николаевскую дивизию на две части: ударную группу, которая должна была стремительно двигаться вперед, не дробя своих сил, для защиты флангов и тыла от возможных ударов уральских казаков. Вторую группу, составленную из полков первой дивизии и резервов, предложили возглавить Чапаеву.

Адъютант Троцкого писал: «Чапаев долго упорствовал и не соглашался на принятие командования второй дивизией, ссылаясь на то, что почти все части первой дивизии созданы им, что они ему дороги и он с ними настолько сжился, что уход его может вызвать ропот в рядах красноармейцев и тем самым повлиять на успех наступления. Надо сказать, что тов. Чапаев, этот степной орел, действует с начала открытия фронта исключительно партизанским способом… Население, по рассказам очевидцев, где появлялся Чапаев, было терроризировано. Его жестокость известна многим, кому приходилось с ним сталкиваться, существовали эти отряды путем того, что отбиралось от населения, — продовольствие, фураж, обоз, лошади и проч. Расчеты за взятое не производились, что создавало ропот населения на Красную Армию. В стане неприятеля имя Чапаева со страхом произносится не только женщинами и детьми, а и казаками, которым приходилось не раз быть битыми чапаевцами. Эта личность, можно сказать, вполне легендарная».

Вероятно, многое из описания чапаевских «художеств» по отношению к мирному населению преувеличено: если бы наш герой вел себя подобным образом в уезде, где действовали и комплектовались его полки, он бы не смог ни получать продукты, ни нормально передвигаться, ни пополнять свои части: крестьяне просто прятались бы от «бойцов-разбойников» в оврагах и перелесках, которыми изобиловал Николаевский уезд, или по меньшей мере укрывали там зерно, скот и лошадей.

Тем не менее в записках нет даже упоминания о снятии Чапаева с должности и тем более аресте. Троцкий знал о боевых заслугах Чапаева и ставил их выше его недостатков — склонности к самостоятельным действиям, недоверию к высшему руководству и тыловым управленцам. Кроме того, он понимал, что несправедливое отстранение Чапаева от должности может вызвать волнения и даже вооруженное восстание в одном из самых боеспособных соединений Красной армии, что скажется на устойчивости фронта и развитии боевых операций на ключевом направлении. Мятеж под Саратовом угрожал негативным развитием событий не только на Восточном фронте, но и на примыкавшем к Саратовской губернии фланге Южного фронта, который вел боевые действия под Царицыном против донских казаков атамана Петра Краснова.