Назначение Чапаева начальником новой, меньшей по числу полков дивизии выглядит не унижением, а, напротив, признанием его заслуг. Реввоенсовет в лице Троцкого надеялся, что «степной орел» сможет создать вторую дивизию, такую же дисциплинированную и стойкую, как и первая. А число полков — дело второстепенное: по мере становления Красной армии дивизии постепенно переводились на единый штат с одинаковым числом частей и специальных подразделений.

После переговоров с Троцким Чапаев согласился принять новую дивизию. Бывший комбриг и председатель Реввоенсовета направились в деревню Раевка, где находились 1-й и 2-й Николаевские полки. Троцкий обошел строй, обменялся приветствиями с бойцами и произнес короткую речь: «Товарищи красноармейцы! Славные дела полков Николаевской дивизии хорошо известны Советской Республике, которая высоко их ценит. Имя командира бригады товарища Чапаева популярно и гремит со славой по всей Республике России. Чтобы отметить отличившиеся полки Николаевской дивизии, Всероссийский Центральный Исполнительный Комитет награждает полк Революционным знаменем… От имени Совета Народных Комиссаров и Исполнительного Комитета приказываю выдать каждому красноармейцу в виде подарка месячный оклад содержания, то есть 250 рублей, не считая обыденного получаемого ими жалованья. Призываю вас поклясться, в знак чего поднять левую руку кверху, что все как один человек будут сражаться до последней капли крови с заклятым врагом рабочих и крестьян — с буржуазией, эксплуататорами, наемниками капиталистов и не сложат оружия до окончательной победы пролетариата».

«Клянемся!» — дружно ответили красноармейцы и командиры.

Тут же на месте Троцкий удовлетворил ходатайство Чапаева о переименовании полков в «имени Стеньки Разина» и «имени Пугачева». Вопрос о награждении Чапаева орденом Красного Знамени был отложен, но заслуги комбрига по достоинству оценили материально: он получил золотые часы и личное именное оружие — револьвер «наган» с надписью «Чапаев».

О каком противоречии, о каком стремлении Троцкого сместить с должности, унизить и тем более арестовать «легендарную личность» можно говорить? Понятно, что как Кутяков в 1930-е годы, так и уцелевшие в годы репрессий и на полях сражений Великой Отечественной войны чапаевцы не могли сказать доброго слова ни о Троцком, ни о его окружении. Негативное суждение об опальном председателе Реввоенсовета (или вообще умолчание о нем) было необходимым условием одобрения статьи или книги к печати.

Так или иначе, Чапаев 22 сентября вступил в командование Николаевской дивизией, дивизия Николаевских полков была переименована в Самарскую. Чтобы пополнить Николаевскую дивизию, местные власти провели мобилизацию пяти призывных возрастов, уже побывавших на фронте (1893–1897).

21 сентября командование фронта приказало 4-й армии ускорить операции на сызранском и самарском направлениях, чтобы ликвидировать последний район обороны, который удерживала Народная армия Комуча. Бывшая чапаевская дивизия наступала на Иващенково и Батраки. Вацетис раздражался из-за низких темпов наступления. «Операции против Сызрани и Самары слишком затягиваются, и противник уже успел подтянуть кое-какие резервы, успел привести в порядок свои разбитые отряды и вновь перешел в наступление, причем ему даже удалось потеснить наши части на симбирском направлении, — отмечалось в телеграмме штаба Восточного фронта. — Это печальное явление можно объяснить только медленным развитием наших операций, поэтому Главком приказывает вам немедленно начать решительное наступление против Сызрани и Самары и в ближайшие уже дни овладеть этими городами, после чего энергично развить свое наступление на восток».

Прежняя чапаевская дивизия наступала на Сызрань и Самару, встречая сопротивление отчасти деморализованного противника. Однако попытка Интернационального полка помочь восставшим рабочим Иващенковских заводов завершилась драматично: полк с большими потерями вынужден был прорываться из окружения, а само восстание было подавлено чехословаками с большими жертвами среди повстанцев и мирных жителей.

Дни Комуча были сочтены. Начальник оборонявшей Самару 2-й дивизии Народной армии Андрей Бакич 5 октября признал, что его войска небоеспособны: «Вследствие продолжительных боев на предмостных позициях, а затем тяжелой обстановки на левом берегу собранные части совершенно выбились из сил… При настоящих условиях и настоящем состоянии частей они к бою непригодны и стоят на позициях потому, что нет натиска противника. Изложенное в равной степени касается народной армии и чехвойск». Павел Петров писал: «Как всегда при отступлении, а в Гражданскую войну в особенности, дух бойцов был таков, что опасность мнилась там, где ее не было. Будь наступление красных энергичнее, они, конечно, не дали бы уйти из Самары громадной ленте эшелонов и заняли ее по крайней мере 5 октября. Но действия Николаевской группы были весьма нерешительными, и красные вступили в Самару 7 или 8 октября».

Николаевская дивизия в этот период обеспечивала фланг Самарской дивизии и 4-й армии и одновременно вела наступление на уральских казаков. 30 сентября Чапаев получил новую задачу от штаба 4-й армии: «В связи с переходом в наступление… вашему отряду выступить по направлению Кузебаева, Ишимбаева, долина р. Таловка. Для поддержания связи с частями, действующими к югу и северу, приказываю иметь ядро отряда: с 3 по 4 октября в районе Кузебаева, с 5 по 7 октября в районе Ишимбаева. Задача отряду к 12 октября прервать пути на севере от Уральска в районе Чеганский, Новоозерный».

В тот же день Чапаев сетует командарму на неисправность броневика из-за отсутствия подшипников и бензина, на следующий день объясняет сложность выполнения его приказа: «Снаряды до сего времени не получены, хотя я употребил все усилия, но везде тормоз. При кавалерийском полку нет ни одного пулемета. Жду повторения или отмены упомянутого приказа. Если отмены не будет, то бросаю броневик и иду выполнять задачу. Еще считаю долгом сообщить: нецелесообразно оставлять занятые пункты и идти в указанное место, а здесь открыть фронт, что и может послужить катастрофой Самарской дивизии. Еще снова прошу подтвердить приказ № 422 или отменить, как я считаю».

Одновременно Чапаев послал отделу снабжения штаба 4-й армии телефонограмму весьма грозного содержания: «Приказываю вам… доставить в 12-часовой срок на ст. Рукополь 10 000 снарядов и 500 000 патронов, ввиду того, что уже послано несколько требований, но от вас еще не получено. Запасы в полках истощились во время боя под Жестянкой, во всей бригаде имеется 1000 снарядов и патронов 50 000… За неисполнение сего требования объявляю вас перед всем революционным войском как не идущих в контакте с нами, о чем доложу Центральному Исполнительному Комитету».

На следующий день командарм Хвесин подтвердил свой приказ, и чапаевцы начали наступление. Неясно, прибыли ли необходимые боеприпасы в бригаду немедленно или наш герой преувеличивал неурядицы, но 5 октября бронемашина «Череп», на которой Чапаев вместе с Троцким принимал парад Николаевских полков, участвовала в бою и с ее помощью у противника были отбиты три орудия. Бой, по донесению начдива, был ожесточенным, противник перешел в контратаку и захватил подбитый артогнем броневик, но повторной атакой был обращен в бегство. При этом полки Николаевской дивизии, по донесению штаба, потеряли троих убитыми и девятерых ранеными, противник понес более серьезные потери — 200 человек убитых.