Булла Александра IV от 1258 года дает нам понятие о размерах миссионерской деятельности францисканцев; она адресована к братьям в землях сарацин, язычников, греков, болгар, куманов, эфиопов, сирийцев, иберийцев, алан, катаров, готов, зихоров, руссов, якобитов, нубийцев, несториан, грузин, армян, индийцев, московитов, татар, мадьяр, а также к миссионерам среди христиан, плененных турками. Каким бы странным ни казался этот перечень, он свидетельствует о том, как широко распространялась деятельность энергичных и самоотверженных братьев. Среди татар успехи их были вначале очень значительны, сам великий хан принял крещение, а общее число обращенных было так велико, что потребовалось назначить епископа, чтобы образовать из них общину; но хан отступил от веры, миссионеры были перебиты, и тому же подверглись многие из обращенных. Миссионерство среди армян ознаменовалось обращением царя Гайка, вступившего в орден под именем брата Иоанна. Это не был единственный францисканец царской крови: св. Людовик Тулузский, сын Карла Хромого Неапольского и Провансальского, отказался от предложенной ему отцом короны, чтобы сделаться францисканцем. Быть может, с меньшим доверием следует относиться к рассказу доминиканцев о том, что восемь миссионеров проникли в 1316 году в империю владыки Иоанна Абиссинского и основали там настолько прочную церковь, что полвека спустя там можно было организовать инквизицию, во главе которой был поставлен брат Филипп, сын одного из вассальных царьков владыки Иоанна. В своем рвении он напал, вооруженный духовным и мирским оружием, на другого местного царька, бывшего двоеженцем, и был изменнически умерщвлен последним 4 ноября 1366 года; его мученическая смерть и его святость были засвидетельствованы многочисленными чудесами. С чувством законной гордости вспоминают францисканцы, что члены их ордена сопровождали Христофора Колумба в его втором путешествии, горя нетерпением начать духовное завоевание Нового Света.

Но нас занимает другое специальное поле деятельности нищенствующих; это — обращение и преследование еретиков, инквизиция, которую они сделали своим орудием. Она должна была неизбежно попасть в их руки, как только бессилие старых духовных судов сделало необходимым создание нового учреждения. Открыть еретика и доказать его вину было нелегко; для этого нужно было иметь специальную подготовку, именно ту самую, которую старались дать своим адептам ордены, подготовляя их к деятельности проповедников и исповедников. Воины креста Господня, не связанные с местом, готовые по первому знаку идти на самый край света, всей душой преданные Святому престолу, были незаменимыми слугами папской инквизиции, которой суждено было постепенно заменить собой епископский суд и привести в подчинение местные церкви.

Мнение, что Доминик был основателем инквизиции и первым генерал-инквизитором, неразрывно связано с католической традицией; его подтвердили все историки ордена и все панегиристы инквизиции; оно было санкционировано Сикстом V, а чтобы устранить всякое сомнение, приводят буллу Иннокентия III, возлагающую на Доминика обязанности генерал-инквизитора. Но мы можем сказать, что ни одно церковное предание не покоится на более шатком основании. Несомненно, Доминик лучшие годы своей жизни посвятил борьбе с еретиками; вполне достоверно также, что он, как и все остальные ревностные миссионеры того времени, если не удавалось ему убедить еретика, с радостью являлся у пылающего костра; но в этом он не отличался от других фанатиков.

Не менее страдает преувеличением утверждение, что организация инквизиции и ее упрочение были делом одного доминиканского ордена. Рим никогда не возлагал официально на доминиканцев инквизиторских обязанностей; не было также никакого официального постановления об учреждении инквизиции. Доминиканцы были только наиболее подходящим и лучше подготовленным орудием для розыска скрывающихся еретиков, тем более что их главной обязанностью были проповедь и обращение. Когда же обращение уступило преследованию, то не менее полезными оказались и францисканцы, которые разделили с доминиканцами все труды по организации инквизиции. Впрочем, всякий раз, когда того требовали обстоятельства, не задумывались возлагать инквизиторские обязанности и на любое духовное лицо.

Несомненно, первые инквизиторы были из доминиканцев. Когда, после заключения договора между Раймундом Тулузским и Людовиком Святым, серьезно принялись за уничтожение альбигойской ереси, епископские суды оказались не в силах выполнить эту задачу, и были посланы доминиканцы, которые должны были работать под руководством епископов. Понемногу в руки доминиканцев перешла борьба с ересью и на севере Франции. В 1232 году их рекомендовали таррагонскому архиепископу как людей, опытных в деле розыска еретиков, хотя формально ведение расследований было поручено им в 1249 году. Вскоре юг Франции был разделен между ними и францисканцами. В Италии Иннокентий IV в 1254 году предоставил доминиканцам Ломбардию, Романью, Тревизо и Геную, а центральная часть полуострова была отдана францисканцам; в Неаполе в это время инквизиция еще не была введена.

Иногда оба ордена работали совместно. В 1237 году францисканец был присоединен к доминиканцу в Тулузе в надежде, что репутация относительной кротости, которой славились францисканцы, смягчит отвращение населения к новому учреждению. В апреле 1238 года Григорий IX назначил провинциалов обоих орденов в Арагоне инквизиторами этого королевства; то же и в том же году сделал он и в Наварре. В 1255 году францисканский настоятель Парижа был вместе с доминиканским приором поставлен во главе французской инквизиции. В 1267 году оба ордена посылают инквизиторов в Бургундию и Лотарингию; в 1311 году два доминиканца и один францисканец совместно являются инквизиторами в Равенне.

Но все же признали благоразумным строго разграничить юрисдикцию обоих орденов, чтобы предотвратить трения между ними. Так, например, в 1266 году горячая ссора возникла между доминиканцами Марселя и францисканцем — инквизитором этого города. Раздор распространился по всему Провансу — в Форкалькье, Авиньоне, Арле, Бокере, Монпелье и Каркассоне; повсюду францисканцы и доминиканцы публично проповедовали друг против друга и возводили друг на друга всевозможные обвинения. Многочисленные послания Климента IV показывают, что папа был принужден вмешаться в дело; он запрещает на будущее время инквизиторам пользоваться своей властью для взаимных преследований. Но по-видимому, это запрещение соблюдалось не особенно строго, так как два столетия спустя, в 1479 году, Сикст IV был снова принужден запретить инквизиторам привлекать к суду членов соперничавшего с ними ордена. Как ревностно охраняли монахи границы своих территорий, прекрасно видно из спора, возникшего в 1290 году по поводу Тревизо. Эта территория принадлежала доминиканцам, но в течение многих лет обязанности инквизитора исполнял в ней францисканец Филипп Банаккорсо. Когда в 1289 году он получил епископскую кафедру в Тренте, доминиканцы, считавшие, что инквизиторские обязанности в Тревизо будут возложены на них, возмутились, когда их передали опять францисканцу брату Бонаджункта. Ломбардский инквизитор доминиканец брат Пагано и его викарий брат Вивиано зашли так далеко в своем сопротивлении, что в Вероне вспыхнули серьезные беспорядки; в дело вмешался папа Николай IV, лишивший виновных права отправлять их обязанности. Еретики, конечно, с удовольствием смотрели, как их преследователи занимались преследованием друг друга.