Святой престол старался в начале XIII века выработать единую систему подавления ереси. Некоторые историки утверждают, что инквизиция родилась 20 апреля 1233 года, когда были подписаны две буллы Григория, поручавшие доминиканцам преследование ереси. Григорий обращался к епископам: «Видя, что вы поглощены вихрем забот, мы находим полезным облегчить ваше бремя. Поэтому мы решили послать братьев-проповедников к еретикам Франции и соседних провинций и умоляем и убеждаем вас во имя уважения, которое питаете вы к Святому престолу, помогать им вашим благорасположением, и вашими советами, и вашей поддержкой, дабы они могли хорошо выполнить свою задачу». Другая булла обращена «к приорам и братьям ордена проповедников, инквизиторам». После упоминания о сыновьях погибели, защищающих ересь, в ней говорится: «Вот поэтому во всех местах, где вы будете проповедовать, вы уполномочиваетесь, в случае если грешники, несмотря на предупреждение, будут продолжать защищать ересь, навсегда лишать духовных их бенефиций и преследовать их и всех других судом безапелляционно, призывая на помощь светскую власть, если в этом встретится надобность, и прекращая их упорство, если нужно, посредством безапелляционного наложения на них духовных наказаний». Немного спустя после опубликования булл Григорий поручил приору Тулузы указать хорошо подготовленных братьев, чтобы проповедовать в епархии крестовый поход и преследовать судом еретиков сообразно с новыми статутами.

Чтобы определить главные принципы, которыми должна была руководствоваться инквизиция, в 1243 и 1244 годах созвали в Нарбонне большое собрание от трех провинций — Нарбонны, Арля и Э; длинный ряд канонов, принятых по этому случаю, стал уставом инквизиторской деятельности. Эти каноны были адресованы: «Нашим любимым и верным сынам о Господе Иисусе Христе, братьям-проповедникам и инквизиторам». Епископы выражаются осторожно в следующих словах: «Мы пишем вам эти вещи не потому, что хотели бы связать ваше мнение, ибо неприлично ограничивать свободу, предоставленную вашему благоразумию, формулами или правилами иными, чем исходящими от Святого престола; но мы желаем прийти на помощь вам в вашем самопожертвовании, согласно с указаниями, полученными нами от Святого престола, чая, что вы, несущие на себе наши тяготы, должны находить у нас помощь и совет от чистого сердца». Епископы отказывались от права суда и приведения в исполнение решений. Решения теперь провозглашались от имени инквизиторов, хотя, если в них принимал участие епископ или другое важное лицо, что случалось часто, их упоминали как членов суда.

Передача инквизиции древней епископской юрисдикции по делам еретиков осложняла отношения между епископами и инквизиторами. В Италии епископская независимость была уничтожена давно, и епископы не могли серьезно помешать введению новшества. Но во Франции, и в особенности в Лангедоке, хотя прелаты и были более независимы, чем в Италии, распространение ереси требовало активной деятельности и бдительности, превышавших возможности епископов, и они были вынуждены принести в жертву часть своих прерогатив. Впрочем, и здесь они уступили не без борьбы.

Инквизиторы сначала позволяли себе выносить решения от своего имени, не упоминая епископов. Но почти тотчас же легат Альбано указал, чтобы они не осуждали еретиков и не накладывали епитимии, не согласовав предварительно решения с епископами. В 1246 году на соборе в Безье епископы выработали ряд подробных указаний для инквизиторов, «охотно уступая смиренным просьбам, с которыми вы к нам обратились». В течение некоторого времени папы вели себя так, будто продолжали считать епископов ответственными за подавление ереси в епархиях и истинным источником правосудия. В 1245 году Иннокентий IV разрешил инквизиторам изменять или смягчать приговоры с согласия епископа. В 1247 году он говорит о епископах как о настоящих судьях ереси, предписывая им без устали работать над обращением грешников раньше, чем вынести решение, влекущее смерть, пожизненную тюрьму или паломничество за моря; даже в случаях упорствующих еретиков они должны обсудить с инквизитором или с другими сведущими лицами вопрос, требуют ли спасение грешника и интересы веры, чтобы приговор был вынесен или отложен. Однако уже в 1248 году Валансьенский собор прямо обязал епископов объявлять и исполнять решения инквизиторов под угрозой, что им будет запрещен вход в их собственные церкви.

Вопрос об участии епископов в решениях долго вызывал споры. В 1288 году Николай IV предписал все суммы, получаемые от штрафов и конфискаций, передавать людям, избранным с согласия епископа и инквизитора, и постановил, что они могут расходоваться только с разрешения епископа, которому должен представляться подробный отчет о расходах. Это было серьезным ограничением независимости инквизиторов, но спустя шестнадцать лет Бенедикт XI запретил епископам требовать отчеты; отныне инквизиторы должны были представлять их только в папскую канцелярию или особым уполномоченным папы.

Если были колебания в упорядочении отношений между церковными и судебными властями, то в отношениях инквизиции со светской властью неопределенности не было. Иннокентий IV 15 мая 1252 года разослал ко всем владетельным лицам Италии буллу «Об истреблении», устанавливавшую систематические гонения как существенный элемент жизни каждого государства и каждого города, хотя эффективности работы системы мешал плохо определенный круг действий епископов, инквизиторов и монахов, области компетенции которых были еще слабо разграничены. Исполнительной власти было приказано изгонять еретиков. Всякий, открывший еретика, мог завладеть его имуществом. Всякий магистрат через три дня после вступления в свои служебные обязанности должен был избрать по указанию своего епископа и двух монахов от каждого нищенствующего ордена двенадцать добрых католиков при двух нотариусах и двух или более служащих, обязанность которых заключалась в задержании еретиков, конфискации их имущества и в выдаче их епископу или его викариям. Их содержание оплачивалось государством; их свидетельства принимались без присяги; никакое свидетельство не имело силы против единогласного свидетельства троих из них. Они несли свои обязанности в течение шести месяцев; их полномочия могли быть продлены на следующий срок; в любое время они могли быть смещены по просьбе епископа и монахов. Третья часть поступлений от штрафов и конфискаций причиталась им. Они были освобождены от всякой службы, несовместимой с их обязанностями; никакой закон не должен был мешать их деятельности. Глава светской власти прикомандировывал к ним, по их просьбе, своего заседателя или рыцаря; всякий житель должен был под угрозой крупного штрафа оказывать им содействие по первой просьбе.

Когда следователи или инквизиторы посещали местность, подчиненную их юрисдикции, с ними был уполномоченный монарха. Прибыв в город или деревню, этот уполномоченный должен был принудить трех людей, пользовавшихся хорошей репутацией, или даже всех жителей под присягой указать всех еретиков или указать их имущество или хотя бы лиц, которые живут не так, как все верные католики. Государство должно было задерживать всех подозреваемых, заключать их в тюрьмы, препровождать под надежным конвоем к епископу или инквизитору и в течение пятнадцати дней приводить в исполнение всякое решение, вынесенное по обвинению в ереси. Кроме того, на светской власти лежала обязанность при необходимости применять пытку к тем, кто откажется выдать еретиков. Если при задержании оказывалось какое-либо сопротивление, община должна была в течение трех дней выдать всех принимавших участие в возмущении или выплатить огромный штраф. Исполнительная власть должна была составить четыре копии списка приговоренных к изгнанию за ересь; одна копия хранилась для публичного чтения (три раза в год), вторая передавалась епископу, третья — доминиканцам, четвертая — францисканцам. В задачу власти входило разрушение домов еретиков и тех, кто их укрывал, а также сбор штрафов. Те, кто был не в состоянии платить, заключались в тюрьму и содержались там, пока за них не вносили деньги. Доход от штрафов и конфискаций разделялся на три части: одна — городу, другая — следователям, третья — епископу и инквизиторам, которые должны были употреблять ее на преследование еретиков.