Сражения на Лейте затянулись до середины декабря из-за чрезмерной осторожности генерал-лейтенанта Уолтера Крюгера, командующего Шестой армией. Самые жестокие бои шли за «хребет Брейкнек» (прозванный так по аналогии с горами в штате Нью-Йорк) у Каригары на севере острова, яростно обороняемом японцами. Однако Крюгеру помогла провалившаяся контратака японцев на американские полевые аэродромы. По оценкам американцев, к концу декабря они уничтожили 60 тыс. японцев. Десять тысяч японцев из числа подкрепления утонули, когда их транспорты были потоплены на подходе к острову. Американцы потеряли 3500 человек убитыми и 12 тыс. ранеными. Макартур, никогда не страдавший избытком скромности, объявил: это было, «возможно, самым крупным поражением японской армии за всю историю».

Настойчивость Императорского генштаба в деле усиления Лейте войсками с Лусона значительно облегчала вторжение на главный остров Филиппин, запланированное на 9 января 1945 г. Но сначала надо было захватить остров Миндоро, к югу от основного массива Лусона, чтобы построить там дополнительные полевые аэродромы. Высадка десанта и наземная операция прошли хорошо, хотя корабли сил вторжения сильно пострадали от атак камикадзе.

Командующий на Лусоне генерал Ямаcита, безрезультатно возражавший против стратегии мощной обороны Лейте, знал, что не сможет остановить наступление американских войск. Он отойдет с большей частью своих войск численностью 152 тыс. человек в горы центральной части Лусона. Меньшие силы, в количестве 30 тыс., будут оборонять японские авиабазы вокруг Кларк-Филда, а еще 80 тыс. на холмах над Манилой смогут лишить столицу воды.

Макартур собирался вторгнуться на остров с залива Лингаян, на северо-западе, и дополнительно осуществить высадку к югу от столицы Филиппин. В общих чертах это напоминало план японского вторжения три года назад. Его флот сопровождения в первую неделю января пострадал от атак камикадзе, появлявшихся низко над островом. Были потоплены авианосец сопровождения и эсминец, серьезные повреждения получили еще один авианосец, пять крейсеров, линкоры California и New Mexico, а также большое количество других кораблей. Зенитным огнем и истребителями было сбито много атакующих японских самолетов, но сбить все было невозможно. Десантные корабли отделались легко, да и само вторжение 9 января практически не встретило сопротивления. Филиппинские партизаны сообщили американскому командованию, что японцев в этом районе нет, нет и необходимости подвергать сектор сильному обстрелу. Но контр-адмирал Джесси Б. Олдендорф посчитал, что надо выполнять приказ. Дома и фермы были сильно разрушены артиллерией, а враг не пострадал.

На левом фланге I корпус вскоре встретил сильное сопротивление японцев на холмах, в то время как XIV корпус на правом фланге успешно продвигался по равнинам к Маниле. Генерал Крюгер подозревал, что Макартур требует от него быстрого продвижения, желая вернуться в Манилу к своему дню рождения, 26 января. Пожалуй, это было несправедливо. Макартур хотел освободить пленных из лагерей и по возможности захватить порт Манилы раньше, чем японцы его разрушат. Отряд американских рейнджеров, которому сильно помогли филиппинские партизаны, смог освободить 486 американских военнопленных из «марша смерти на Батаан», совершив успешный рейд на лагерь возле Кабантуана в 95 км от Манилы. Нетерпение Макартура из-за медленного продвижения росло, хотя задержки были вызваны скорее реками, подтопленными рисовыми полями и рыбными прудами, а не сопротивлением японских войск. Макартур вмешался, послав вперед 1-ю кавалерийскую дивизию. Он хотел освободить других пленных, содержавшихся в университете Санто-Томас.

Другой десант силами 40 тыс. бойцов XII корпуса высадился 29 января к северу от полуострова Батаан, но вскоре натолкнулся на укрепленные позиции японцев. Высадка к югу от Манилы 11-й воздушно-десантной дивизии дала более быстрые результаты, чем продвижение по равнине. 4 февраля они дошли до оборонительных позиций японцев немного южнее Манилы, но не знали, что их уже опередили прошлой ночью. Героический бросок передового отряда 1-й кавалерийской дивизии, который прорвался через мост, когда лейтенант морской пехоты перерезал горящий запал взрывного заряда, вывел его в северный сектор Манилы. В ту ночь их танки проломили стены вокруг университета Санто-Томас, где удерживались 4 тыс. гражданских лиц стран-союзниц.

Филиппины – архипелаг, состоящий примерно из 7 тыс. островов, – представляли собой идеальную местность для партизанских действий, и филиппинцы сразу же после оккупации делали для своего освобождения больше, чем любой другой народ Восточной Азии. На большинстве островов были сформированы партизанские отряды, частично из-за доверия к американцам, пообещавшим полную независимость, но и из ненависти к высокомерным и жестоким японцам, с их пытками и публичным отрубанием голов. Некоторыми отрядами руководили американские офицеры, попавшие в окружение на островах в 1942 г. Многие из филиппинских военных прятали свое оружие со времен капитуляции. Как только штаб Макартура в Брисбене получил подтверждение о размахе движения, субмарины начали доставлять на Филиппины дополнительное вооружение, радиостанции, лекарства, а также пропагандистские материалы Макартура. В обширных районах, куда редко рисковали заходить японцы, местные отряды Сопротивления организовывали гражданское управление и мастерские и даже выпускали собственные деньги, которые предпочитали оккупационным японским. Береговые наблюдатели с радиостанциями передавали информацию о японских кораблях, которую американские субмарины использовали весьма эффективно. Основная опасность исходила от японских подразделений радиообнаружения. Риск быть выданным местным населением был невелик: оно помогало переносить громоздкое радиооборудование в случае японских облав. На Филиппинах было очень мало коллаборационистов. Большинство из тех, кто в Маниле работал на японскую администрацию, как могли, помогали Сопротивлению разведывательной информацией.

Японцы отомстили за это после высадки войск Макартура, особенно в ходе боев за столицу страны. Ямасита не собирался оборонять Манилу, и местный армейский командир планировал отойти, согласно его приказам, но он не руководил флотом. Не обращая внимания на приказы Ямаситы, контр-адмирал Сандзи Ивабати приказал своим бойцам сражаться в городе. Оставшиеся армейские части присоединились к ним из чувства долга, и их общая численность составила до 19 тыс. человек. Когда эти силы отошли к центру, к старой испанской крепости Интрамурос и району порта, они разрушили мосты и дома. Бушующие пожары распространились по бедным районам, где дома были сделаны из дерева и бамбука. Однако в центре большинство зданий были из бетона, и их можно было превратить в оборонительные позиции.

Макартур, который собирался устроить парад победы, был крайне расстроен этой битвой, произошедшей в городе, где более 700 тыс. населения оказались в зоне боевых действий. 1-я кавалерийская, 37-я пехотная и 11-я воздушно-десантная дивизии были втянуты в бои за каждый дом. Как и в наступлении на Аахен, американцы вскоре признали необходимым атаковать каждый дом с верхних этажей и пробиваться вниз с использованием гранат, автоматов и огнеметов. Американские саперы использовали бронированные бульдозеры для расчистки дорожных завалов. Оборонявшиеся японские моряки и пехотинцы, зная, что все равно умрут, казнили филиппинцев и безжалостно насиловали и убивали женщин. Несмотря на отказ Макартура от использования самолетов, чтобы сохранить жизнь горожанам, около 100 тыс. жителей Манилы, более одной восьмой всего населения, погибли в этом сражении, продолжавшемся до 3 марта.