Во время так называемой "странной войны" в боях потеряли всего 14 MS.406. Первая такая потеря произошла 21 сентября, когда самолет сержанта Батуа из GC1/3 сбил капитан В.Мельдерс, командир эскадрильи из группы 3/JG53. Разумеется, бои с истребителями "люфтваффе" были сильно ограничены условиями суровой зимы. Тем не менее, приобретенный в боевых условиях опыт действий на MS.406 позволил оценить степень отсталости истребителя по сравнению с противником – Bf 109Е. Эта неприятная правда была подтверждена результатами испытания французами Bf 109E-3 из II/JG54, попавшего в их руки 22 ноября после посадки в Верте, в 20 км в глубине французской территории. Несмотря на все это, некоторые группировки в министерстве авиации упорно отстаивали свою идею, что несомненно более высокая маневренность MS.406 компенсирует преимущества немецкого истребителя.

Хотя MS.406, со своей значительно меньшей нагрузкой на крыло, мог превзойти в маневре Bf 109, французский истребитель недобирал мощности, поскольку в бой он вступил практически с тем же самым 860-сильным мотором рабочим объемом 36 л, с которым четыре года назад вылетел его опытный образец. Его больными местами оказались так же вооружение и механизм изменения шага винта Шавьер 351М, которыми были оснащены две трети всех серийных MS.406. Они управлялись пневматикой, а никаких устройств для осушения сжатого воздуха не предусматривалось. Конденсация и образование льда намертво заклинивали как крыльевые пулеметы MAC 1934, так и механизмы изменения шага винта. Смонтированная на двигателе пушка HS404 являлась очень эффективным оружием со значительной разрушающей мощью, но ее полезность ограничивалась тем, что весь ее боезапас состоял из барабана с 60 снарядами. "Мануфактюр д'Арм де Шательро" работала над устройством ленточного питания, но было уже поздно.

К 10 мая 1940 г. французские ВВС в общей сложности получили 1074 MS.406. На этот день, в который началось немецкое наступление, на MS.406 летали 10 истребительных групп, относившихся к боевым. В это число входили GCIII/3 в Бово (21-я дивизия), GCII/ 2 в Лаоне и GCIII/2 в Камбре (23-я дивизия) и GCIII/1 в Норрене (25-я дивизия) в Северной зоне воздушных операций; GCI/1 в Туле, GCII/6 в Ан- люре и GCIII/7 в Витри-ле-Франсуа (22-я дивизия) в Восточной зоне воздушных операций; GCIII/6 в Шиссе и GCII/7 в Люксейле (24-я дивизия) в Южной зоне воздушных операций и GCI/6 в Марселе в Альпийской зоне воздушных операций.

Французы прилагали усилия к перевооружению групп MS.406 на Девуатин D.520 или MB Л 52, но в этот период устаревший "Моран-Солнье" нес основную тяжесть боев. Его недостатки усугублялись неправильным тактическим применением. Прочные Блок MB. 152 со звездообразными моторами часто обеспечивали требующее большого расхода топлива прикрытие сверху, a MS.406 с сильно уязвимыми моторами жидкостного охлаждения обстреливали хорошо защищенные колонны немцев. Таким образом подрывались даже те возможности, которыми обладал только MS.406. Мало хорошего было в том, что MS.406 несли самые большие относительные потери среди всех французских истребителей, участвовавших в "битве за Францию". Разумеется, были и успехи. Например, 8 июня капитан Вильям из GCI/2 сбил три Bf 109 за 15 секунд, а другие летчики этой группы в тот же самый день одержали еще 9 побед, разогнав группу из 11 Bf 109 ценой потери только двух MS.406. В другом случае, 13 мая, шесть MS.406 из GCII/2 уничтожили шесть Bf 109 за 20 секунд. В общей сложности около 150 MS.406 были потеряны в боях французскими ВВС, 75 летчиков погибли (а всего по ВВС в бою погибло 144 летчика- истребителя). Вооруженные MS.406 группы и подразделения ПВО одержали 171 подтвержденную и 93 "вероятных" побед.

Выпуск MS.406 окончательно завершили на заводе в Бужено в марте 1940 г. партией из 8 самолетов, изготовленных по контракту 1052/9, заключенному в мае предыдущего года. Они были оплачены частной организацией "Независимая касса национальной обороны". Заказ, размещенный в 1938 г. Литвой на 13 самолетов MS.406L, не был выполнен, хотя первый из них взлетел весной 1939 г. Он отличался от стандартного MS.406 только приборами и типом радиостанции. Французское правительство объявило эмбарго на экспорт и самолеты были модифицированы по образцу для французской авиации.

Хотя к 10 мая 1940 г. ВВС приняли 1074 MS.405 и MS.406, часть из них была разбита в авариях или находилась в длительном ремонте, 30 машин в декабре 1939 г. – январе 1940 г. поставили в Финляндию. 30 – в феврале-марте 1940 г. продали Турции, 135 базировались в Северной Африке, Ливане и Индокитае. Оставшиеся 815 находились в строевых и учебных частях, а также в консервации во Франции. Правительство Китая в начале 1938 г. разместило заказ на 12 MS.406, но по очевидным причинам постройка этих самолетов задержалась, а во время чехословацкого кризиса контракт был аннулирован и самолеты собрали по французскому образцу. Впоследствии соответствующее количество MS.406 взяли с французских складов и доставили морем в Хайфон для перевозки в Китай по железной дороге. Эти самолеты были в пути, когда объявили о начале войны. Один или два самолета видимо лишенных стандартной 20-мм пушки, могли достичь китайского Куньмина, но практически все (если не вообще все) были реквизированы генерал-губернатором Индокитая после начала войны для того, чтобы вооружить истребительную эскадрилью 2/596, сформированную в конце октября 1940 г. в Бач-Май.

В начале 1939 г. заказ на MS.406 также разместило польское правительство. Он включал поставки польским ВВС 160 самолетов, из них 50 – к концу августа 1939 г., а оставшиеся – партиями по 20 самолетов в месяц, В ожидании поставок была достигнута договоренность с румынским правительством о выгрузке истребителей в контейнерах в румынском порту Констанца. Затем MS.406 должны были собираться на близлежащем аэродроме или транспортироваться по железной дороге к польской границе, где будет организована сборочная мастерская. Примерно 10 августа во Львове была сформирована группа под командованием полковника Сташона, переброшенная впоследствии в приграничный город Снятии в ожидании прибытия MS.406. К 13 августа эта часть насчитывала примерно 200 летчиков и механиков.

Военный инженер Рымцевич был послан в Румынию для организации выгрузки упакованных истребителей в Констанце, но ситуация день ото дня менялась. Румынское правительство заявило, что допустит только выгрузку контейнеров, но не разрешит собирать истребители в Румынии. 15 августа грузовое судно с первой партией самолетов подошло к Босфору, но под давлением немцев румынское правительство категорически запретило выгрузку и судно было вынуждено вернуться во французский порт. Последовавшее быстрое продвижение вермахта в Польшу воспрепятствовало дальнейшим планам отправить MS.406 в Польшу.

Ранее были упомянуты различные попытки улучшить характеристики MS.406 путем установки более мощных моторов (MS.408 и MS.411), но конструкторы шли другими путями. Для того, чтобы увеличить сильно ограниченную перегоночную дальность истребителя, в декабре 1939 г. MS.406 № 1005 летал с двумя гладко прилегавшими вспомогательными баками по 148 л, которые увеличили дальность до 1500 км. Это оборудование было одобрено в январе 1940 г.; заказали 100 пар баков, некоторые из которых были использованы в 1941 г. для перегонки MS.406 в Ливан для усиления GCI/7. Этот же самый самолет использовался для летных испытаний более высоко расположенного горизонтального оперения, но эта модификация не была принята к серийному производству.