Историк М. А. Елизаров так оценивает трагедию бакинских комиссаров: «У англичан и сделавших на них ставку моряков-каспийцев было желание найти «козлов отпущения» за неудачу обороны города от турок. Это наложило отпечаток на то, что освобожденные перед эвакуацией большевистские руководители все-таки доставляются под влиянием сторонников Центрокаспия командой парохода «Туркмен» вместо Астрахани в Красноводск с эсеровской проанглийской властью, и вблизи него, как широко известно, вскоре расстреливаются «26 бакинских комиссаров» (среди них руководители балтийских матросов В. Ф. Полухин и Э. А. Берг). Причинам гибели «26» историки уделили немало внимания. Ими называется в основном стремление англичан и эсеров фактом расстрела «сжечь мосты» для возможности сближения Закаспийского правительства с Москвой. Следует обратить внимание, что такая возможность во многом создалась из-за потери бдительности бакинскими комиссарами, их идеализма по отношению к Центрокаспию, из-за недооценки ими смыкания левого и правого экстремизма в его деятельности. Таким образом, антибольшевистское восстание Каспийской флотилии летом 1918 года закончилось победой и его последствия соизмеримы с событиями 6–7 июля, Кронштадтом марта 1921 г. и др. решающими событиями гражданской войны. В дальнейшем матросов Каспийской флотилии ждала типичная судьба «третьей силы» в набиравшей обороты борьбе красных и белых».

В 30-е годы в беседе с главным редактором газеты «Правда» Д. Т. Шепиловым хорошо знакомый с обстоятельствами событий в Баку летом 1918 года И. В. Сталин так отозвался о комиссарах Бакинского Совнаркома: «Бакинские комиссары не заслуживают положительного отзыва. Их не надо афишировать. Они бросили власть, сдали ее врагу без боя. Сели на пароход и уехали… Мы их щадим. Мы их не критикуем. Почему? Они приняли мученическую смерть, были расстреляны англичанами. И мы щадим их память. Но они заслуживают суровой оценки. Они оказались плохими политиками. И когда пишется история, нужно говорить правду».

После ухода англичан началась подготовка к эвакуации и Каспийской флотилии. Узнав об этом, обезумевшее армянское население, боясь мести за мартовские события 1918 года, бросилось на суда. Создавшаяся паника и давка при посадке привела к гибели нескольких сотен людей. Когда в Баку вступили турки, там сразу же начались массовые погромы армянских кварталов. При этом их масштабы превзошли мартовские. Всего тогда погибло около 20 тысяч армян. Остававшихся еще в городе матросов погромы не коснулись. Более того, среди погромщиков попадались и одиночки-матросы. Что касается всей флотилии, то она, отправив пароходы с эвакуируемыми в Петровск, намеревалась повторить свой мартовский успех – артиллерийской стрельбой по городу не допустить возможных погромов русского населения. Но этот безумный шаг привел бы к обратному результату. К счастью, представители русской общественности города успели отговорить матросов.

Перед занятием города турками, по приказу Центрокаспия, часть кораблей и судов перешла в Астрахань и Петровск, часть судов так и осталась в Баку. В ноябре 1918 года, когда потерпевших поражение в Первой мировой войне турок в Баку снова сменили англичане, они перегнали корабли и суда бывшей Каспийской флотилии из Петровска в Баку и передали их проанглийскому правительству Азербайджана. 6 февраля 1919 года А. Г. Шляпников сообщил В. И. Ленину, что, по полученным им из Баку сведениям, рабочие бакинских предприятий и матросы с кораблей бывшей Каспийской флотилии настроены враждебно по отношению к английским оккупантам и что корабли и суда, на которых еще остались русские матросы, готовы перейти на сторону советской власти. А бакинские рабочие, при наступлении Красной армии, поднимут восстание. Но в реальности ничего этого так и не произошло.

Наследником Диктатуры Центрокаспия стало Прикаспийское правительство в Петровске во главе с Л. Ф. Бичераховым. Бичераховцы, воевавшие с оглядкой на флотилию, много внимания, уделявшие митингам о сохранении «завоеваний революции» и не способные установить дисциплину, в начале октября потерпели поражение от турок и, погрузившись на суда, ушли к островам южного Каспия. В середине ноября 1918 года в связи с окончанием мировой войны вновь появились в Баку с претензией на восстановление власти в духе Центрокаспия. Но времена были уже другие. На повестке дня вставал вопрос о создании деникинского флота. Борьба за революционные идеалы в его составе для матросов-каспийцев была, разумеется, неприемлема. Они делали попытки вернуться в большевистскую флотилию в Астрахани, остаться «нейтрализованными» при укреплявшемся в Баку мусаватистском правительстве, но пролитая кровь в ходе прежних «революционных разногласий» сделала эти попытки безуспешными. Каспийская флотилия (после отправки англичанами Л. Ф. Бичерахова в почетную ссылку) осталась никому не подчиненная, быстро разлагалась, матросы пьянствовали и т. п. Что касается деникинцев, учитывая антибольшевистские заслуги каспийцев и их связи с местными рабочими, долго не решались с ними связываться, всячески толкая на это англичан, на финансировании которых флотилия находилась все предшествующее время. Моральное разложение матросов, их грабежи, пьянства и дебоши наконец вывели из себя англичан, и они разоружили флотилию. Это разоружение прошло на удивление тихо, несмотря на все предшествующие угрозы матросов о бунте. В июне 1919 года на кораблях, переданных англичанам, был создан деникинский Каспийский флот. При этом подавляющее количество матросов в нем служить отказалось и деникинцы испытывали большие трудности в комплектовании его личным составом.

Что касается самих матросов-каспийцев, то судьбу их проследить достаточно сложно из-за малочисленности последних. Какая-то часть матросов (из местных) после падения Диктатуры Центрокаспия навсегда покинула флот. Часть ушла с кораблями в Петровск. Кто-то после этого двинулся воевать за революцию на сухопутный фронт, кто-то добрался до Астрахани и воевал на Волге, а кто-то так и остался на переходящих из рук в руки кораблях и в последующие годы оказался в заново сформированной Красной Каспийской флотилии. Однако свой заметный след матросы Каспия все же оставили. Провозглашенная ими Диктатура Центрокаспия навсегда вписана в историю русской революции и Гражданской войны.

Оценивая в целом деятельность матросов Каспийской флотилии и их руководящего органа Центрокаспия, можно сказать, что, в отличие от Центробалта и ЦК Черноморского флота, каспийцам удалось установить собственную независимую матросскую власть – Диктатуру Центрокаспия. И пусть эта матросская власть была недолгой, свое влияние на ход Гражданской войны в Закавказье она оказала. Кроме этого, приход к власти Центрокаспия наглядно продемонстрировал, что независимая матросская власть практически сразу становится откровенно враждебной по отношению к большевикам. В принципах правления Центрокаспия также легко угадываются и признаки будущей матросской власти мятежного Кронштадта.

Несмотря на все существовавшие в 1918–1920 годах противоречия между большевиками и матросами, несмотря на периодические мятежи, устраиваемые непокорной братвой, это никоим образом не являлось основанием для матросов налаживать отношения с белогвардейцами. К ним матросы в течение всей Гражданской войны относились резко отрицательно. Именно поэтому факты участия матросов в боях на стороне белой гвардии единичны.