Предок Годуновых уже при Иване I Калите выехал из Костромы в Москву, но вплоть до XVII века род продолжал всячески поддерживать и развивать родовую обитель, основанную пращуром. Бояре Сабуровы и Годуновы, разбогатев на службе отечеству, сделали небольшой Ипатьев монастырь общеизвестным и всеми почитаемым. И чем богаче становились представители родов, тем щедрее были их вклады в развитие обители. Веселовский отмечал, что отношения представителей разных ветвей единого потомства Захария на протяжении четырехсот лет (XIII–XVI вв.) были «скреплены не только кровными узами, но и осознанным ощущением единого монолитного родового тела, служившего России всем богатством данного им таланта, воли и ума, своей жизнью». Вот что Веселовский писал по этому поводу: «Удивительно… род имеет свое лицо (как человек?). Впечатление, что род [живет] (через века!) как будто организм… дух захватывает от поступи в веках, повадки, общего духа, основных линий поведения – множества отдельных людей одного рода…»

XVI век стал логичным завершением отношений двух родов – Василий III женился на Соломонии Сабуровой, которая впоследствии была канонизирована как преподобная София Суздальская, а его внук, царевич Иван, женился на Евдокии Сабуровой. Емельянов-Лукьянчиков отмечает, что «трагическая судьба царевича Ивана, отложившаяся в массовом сознании через призму картины И. Репина „Иван Грозный убивает своего сына“, остается всего лишь частью художественного вымысла – кто стал виновником его смерти, неизвестно, а так как никто не мог ее предвидеть, то можно говорить о том, что Ивана прочили в цари, а Евдокию, соответственно, в царицы».

Наряду с возвышением Сабуровых улучшилось и положение их близких родичей – Годуновых. Таким образом, поднялся род, который, по мнению Веселовского, «из всех боярских родов отличался совершенно исключительной сплоченностью и верностью старым боярским традициям, а после пресечения династии Рюриковичей – воцарился».

Не последней причиной воцарения средней ветви потомков Захария являлся тот факт, что Годуновы сумели «сохранить на протяжении трех веков родовую дисциплину и верность родовым традициям», а государь Борис «не только не боялся соперничества своих сородичей, как это часто бывало, но, очевидно, был уверен в их родовой дисциплинированности и неизменной поддержке не за страх, а за совесть».

Царь Борис Годунов не «почивал» на троне, а напротив, самоотверженно трудился, служил Церкви и жаждал образования для народа. Подобно тому, как в 381 году Константинополь на Вселенском соборе был назван Новым, Вторым Римом, так в 1589 году, еще не взойдя на престол, Борис поспособствовал тому, чтобы в Уложенной грамоте Московского освященного собора, где утвердили патриаршество, о котором так давно мечтала русская церковь, была официально закреплена идея России как последнего, Третьего Рима. Именно во время правления Бориса велось массовое церковное строительство. Будучи благочестивым и глубоко верующим человеком, царь делал внушительные пожертвования монастырям.

В этот период, отмечает Емельянов-Лукьянчиков, продолжилась «характерная для времен Стоглавого собора симфония духовной и государственной властей». Во время коронации нового царя, по словам доктора искусствоведения А. Л. Баталова, происходила «сознательная ориентация на чин византийских василевсов», и Борис стал первым русским правителем, которого венчал на царство один из пяти патриархов Вселенской церкви. Поэтому нет ничего удивительного в том, что в Посольской книге по связям России с Грецией присутствует обращение к русскому царю как к царю России – Третьего Рима («Богом поставленному и Богом избранному самодержцу святому царю всеа Руси и всех благоверных христиан»), а иерусалимский патриарх Софроний V в письме Борису говорил, что «кроме Бога, инаго помошника не имеем и заступника и покровителя во днях сих, и на тебя возлагаем все наше упование и надежду».

Борис Годунов, рассуждает Емельянов-Лукьянчиков, не только «достойно нес свое служение, но и совершил деяния, к которым его, казалось бы, никто не обязывал и которые, вместе с тем, демонстрируют всю глубину личности царя Бориса Федоровича, равно как и глубокое проникновение им в суть русской национальной идеи». Он хотел создать в Москве новый, главный собор в честь Воскресения Христова – святая святых. К сожалению, с пришествием Лжедмитрия I материалы святыни, которая должна была стать центром сакрального мира, разграбили и уничтожили поляки. Все, что осталось от этих материалов, это похожие по исполнению миниатюрные макеты рак русских чудотворцев, выполненные при царе Федоре и царе Борисе. Со святая святых был также связан проект переустройства Кремля, который Годунов так и не успел воплотить в жизнь. Получается, приходит к выводу Емельянов-Лукьянчиков, что именно Борис Годунов был первым русским царем, который намеревался «внутреннее, духовное осознание сакрального преемства Иерусалим – Рим – Константинополь – Россия закрепить внешне – посредством грандиозного архитектурного проекта».

В архитектуре, иконописи, стенописи, ювелирном искусстве и книжной миниатюре в период царствования Бориса Годунова происходил бурный расцвет, который назван «годуновским стилем». Государь боролся с питейными заведениями, всячески покровительствовал книгопечатанию и развитию сферы образования, вел грамотную хозяйственную политику (к примеру, запретил беспорядочную рубку леса, регламентировал добычу «мягкой рухляди», пресек вывоз детей из родных мест), Борис регулировал демографию и запретил отбирать землю у аборигенов Урала, Сибири и Дальнего Востока, взимать подати с больных и увечных, он продолжил освоение Сибири, развивал городскую инфраструктуру, и это далеко не полный перечень его дел и заслуг.

Внешняя политика при Борисе не изобиловала войнами, он строил отношения с соседями исключительно при помощи дипломатии. Эпоха его правления характеризуется поощрением торговли и отодвиганием русской границы мирным способом все дальше на юг. Годунов искусно использовал борьбу Речи Посполитой и Швеции за Ливонию и ослабление Крыма, не упуская при этом из виду и турецкое направление.

Результаты проводимой Борисом внутренней и внешней политики и в духовной, и в культурной, и в государственной жизни поражали. По словам Л. Е. Морозовой, «все посещавшие Москву иностранцы отмечали, что никогда прежде русский царь и его дворец не были столь великолепны». И здесь, как считает Емельянов-Лукьянчиков, усматривается «залог будущего извращения образа Годунова – это печальный закон геополитики – сильный и процветающий сосед вызывает опасения».

«Сложность и многогранность его деятельности, – писал о царе Борисе историк С. Ф. Платонов, – обнаружили во всем блеске его правительственный талант и его хорошие качества – мягкость и доброту; но эти же свойства сделали его предметом не только удивления, восторга и похвал, но и зависти, ненависти и клеветы» которые «обратились в средство политической борьбы и интриги».

Приводит Емельянов-Лукьянчиков и слова митрополита Санкт-Петербургского и Ладожского Иоанна: «Есть все основания считать Годунова человеком благонамеренным… Настойчивые попытки многих исследователей найти в характере Бориса одну из причин обрушившихся на Россию бед объясняются довольно просто: не умея или не желая вникнуть в духовную подоплеку событий, историки искали „виноватого“».