Позднее в тот же день, 28 декабря, Джалили был арестован прямо в госпитале вместе с остальными членами кабинета Амина и несколькими членами Центрального комитета. Те, кто был связан с Ватанджаром, как и прочие высокопоставленные сторонники Тараки, напротив, были вскоре освобождены. Их место в огромной тюрьме Пул-и-Чархи заняли те, кому повезло меньше. Джалили также оказался в их числе. Бывшего министра содержали в маленькой, темной камере с затопленным полом, часто били, отказывали в посещении туалета. Позже офицеры разведки перевили его в тюрьму службы безопасности для допросов.

Джалили пережил несколько неудавшихся заговоров с целью казнить его и других бывших членов кабинета. Тогда он был даже приговорен к смерти. Но под давлением его друзей, которые благополучно пережили смену режима, суд смягчил приговор, заменив смертную казнь пожизненным заключением. Джалили предстояло провести в тюрьме несколько десятилетий, включая шесть лет одиночного заключения.

Как и для большинства афганцев, советское вторжение оказалось для Джалили неожиданностью. В особенности он был уверен в том, что никакие реальные различия, не говоря уже о вражде, не могут поссорить правительство Амина и Кремль. Позже он пришел к заключению, что Советы лишь изображали дружбу до последней минуты, при этом сотрудничая с «группой четырех» и другими сторонниками Тараки, чтобы вбить клин между двумя афганскими лидерами. Джалили полагал, что «группа четырех» все время замышляла убить Амина, в том числе и той ночью, когда был застрелен Сайед Тарун, начальник штаба Тараки, и советский посол Пузанов одобрял это.

Но к этим выводам он пришел лишь с оглядкой на прошлое. В больнице, слушая радиосообщение о назначении Кармаля президентом, Джалили не мог понять, почему кремлевское руководство, которое он считал достаточно мудрым, идет на такой риск, поддерживая неспособного управлять страной Кармаля и надеясь, что он лучше всех сможет восстановить стабильность в Афганистане. Позже Джалили заключил, что Кармаль и «группа четырех» просто убедили Кремль поверить в то, что афганцы будут с радостью встречать советские войска.

Независимо от надежд, которые Кремль возлагал на Кармаля, по поводу окончательного приговора для Амина не оставалось никаких сомнений. Точно так же, как и не ставился вопрос о том, не лучше ли было продолжать работать с прежним президентом, чем убивать его. Советские радио- и телерепортажи после вторжения описывали Амина как кровавого тирана, которого свергли как раз вовремя, чтобы спасти афганский народ от кризиса.

Спустя несколько дней после вторжения, 2 января 1980 года, начальник внешней контрразведки КГБ Олег Калугин встретился с Юрием Андроповым в его московском офисе. Их разговор прервал телефонный звонок. Звонил Борис Иванов, связной КГБ в Кабуле. Его отчет о ситуации в Афганистане после вторжения сильно взволновал Андропова.

— Послушайте, Борис, объясните Кармалю, что он немедленно должен появиться на телевидении, — сказал Андропов. — Прошло уже три дня после переворота, а никакого выступления не было. Он должен понимать, что люди нуждаются в объяснении. Сделайте все, чтобы это произошло как можно скорее!

И в следующем месяце Кармаль выступил с серией импровизированных выступлений по всей стране…

28 января Андропов сам посетил заснеженный, укрытый туманом Кабул. Председатель КГБ был в хорошем настроении и в первый же день после прибытия начал обед с обсуждения советских хоккейных команд с маршалом Сергеем Соколовым, новым командующим советскими войсками в Афганистане. Когда Андропов вернулся в Москву, Брежнев посчитал афганский вопрос закрытым и приказал вывести войска. Однако «триумвират» в составе Андропова, министра иностранных дел Громыко и министра обороны Устинова возразил, что вывод войск будет серьезной ошибкой. И даже если Амин теперь устранен, Кармалю потребуется время, чтобы проявить свою власть и установить стабильность в Афганистане. Советские войска должны остаться, пока афганское правительство не упрочит свои позиции, поясняли они в отчете Брежневу. Вывод войск заставил бы афганцев считать Москву ненадежным партнером. Они должны остаться и оказать помощь правительству.

Расхождение во мнениях между теми, кто принимал решения в верхах, и непосредственными исполнителями, становилось все больше. В июне 1980 года пленум Центрального Комитета КПСС единогласно одобрил решение о вторжении, хотя само это слово, конечно, не упоминалось. Никакое предварительное обсуждение афганской проблемы не проводилось, ни один из участников пленума не задал ни единого вопроса. Даже участившиеся нападения мятежников на советские конвои, следовавшие через Гиндукуш, и гарнизоны в различных городах страны не вызывали особенного беспокойства. Но советские военные и гражданские специалисты в Афганистане смотрели на происходящее вокруг по-другому. В январе представитель КГБ в Кабуле Богданов встретился с маршалом Соколовым, который обрисовал ему общую военную ситуацию. «Вы знаете, чего я боюсь? — спросил Соколов. — Того, что афганская армия скоро растает и мы останемся один на один с повстанцами».

Бывший министр связи Гулябзой тоже был обеспокоен. Еще до советского вторжения он встречался с Бабраком Кармалем, чтобы обсудить создание объединенной партии при поддержке Советов, а когда было сформировано новое правительство, он был назначен министром внутренних дел. Гулябзой оставался начальником полиции в течение большей части 1980-х годов, несмотря на то, что три раза уходил в отставку. Однажды, после одной такой отставки он в течение двух недель томился дома, прежде чем его попросили вернуться на свой пост и помочь восстановить порядок, так как сторонники фракции «Хальк», к которой принадлежал и он сам, из-за непрекращающейся внутрипартийной вражды убили триста конкурентов из фракции «Парчам».

Вскоре Гулябзой признался маршалу Соколову, что как бы сильно он сам ни надеялся на поддержку Советского Союза, в Афганистане все равно никогда не будет мира, пока там остаются советские войска. Правда, даже после удаления всех русских из аппарата министерства внутренних дел, он не мог избежать давления со стороны. Однако он посоветовал, чтобы советские войска поменьше появлялись на улицах Кабула днем и чтобы советские дипломаты и советники также проявляли сдержанность.

Даже если этот совет и был принят во внимание, было уже слишком поздно рассчитывать на общественную поддержку вторжения. Многие сельские районы Афганистана, недовольные реформами старого правительства Амина, теперь были на грани того, чтобы присоединиться к стихийному сопротивлению новому правительству. Мятежники называли себя «моджахедами», то есть «воинами священной войны» или «джихада». Поначалу их вооружение состояло в основном из мушкетов XIX века, британских винтовок Ли Энфилда времен Второй мировой войны и автоматов АК-47, большинство из которых было похищено со складов правительственных войск. Не доверяя советским войскам, командиры которых заявляли, что они здесь только для того, чтобы помочь им, моджахеды воспринимали их как очередных иностранных интервентов и готовились сражаться против них.

Представитель КГБ в Кабуле Леонид Богданов был одним из тех, кто опасался за будущее страны, но не долго. Он покинул Кабул в апреле 1980 года.