Уже 3 мая 1905 г. Мануйлов докладывал директору Департамента полиции следующее: «…Акаси встретил его как старого знакомого, и разговор сейчас же коснулся революционного движения в России. Акаси заметил, что его не удовлетворяет настоящая форма революционного движения, так как она совершенно расходится с теми планами, которые намечены были ими в предыдущих свиданиях как с Деканози, так и с другими единомышленниками. На это Деканози возразил, что местные условия весьма часто, в силу вещей, видоизменяют заранее намеченные планы и что с этим обстоятельством волей-неволей приходится считаться. Главной помехой, по словам Деканози, является войско, которое самым слепым образом исполняет приказы правительства. Акаси заметил на это, что по тем сведениям, которые были получены через посредство Деканози от офицера, в данное время в России всего от 400 до 500 тыс. войска, и, по его мнению, если бы суметь организовать стотысячную вооруженную толпу, то с уверенностью можно бы сказать, что при содействии общества эта вооруженная сила одержала бы победу над деморализованными солдатами».

«Мы готовы, как вы знаете, — сказал Акаси, — помогать вам материально на приобретение оружия, но самое главное, чтобы движению этому не давать остыть и вносить, таким образом, в русское общество элемент постоянного возбуждения и протеста против правительства».

Разговор вновь переходит на революционное брожение, и Деканози самым подробным образом рассказывает своему собеседнику о многих событиях, происходящих на Кавказе, утверждая при этом, что к осени можно ожидать весьма крупных беспорядков в Тифлисе, Баку и Батуме, куда уже доставлено весьма значительное количество оружия. Акаси развивает ту мысль, что во всем этом движении необходимо по возможности не трогать частной собственности, дабы не раздражать общество, но направить все против самодержавного правительства. «Нужно, — сказал Акаси, — чтобы движение это носило характер антицарский, а потому, по моему мнению, следовало бы громить имущество, принадлежащее Удельному ведомству. В этом направлении, — ответил Деканози, — кое-что уже начато в Таврической губернии».

Сотрудники Мануйлова сумели провести нелегальный досмотр багажа Акаси и просмотреть переписку. В середине мая 1905 г. из его чемодана была изъята и перефотографирована записка Зиллиакуса с полной калькуляцией расходов, произведенных для закупки оружия. В информационном письме руководству Департамента полиции Мануйлов так пояснял ее содержание: «Японское правительство при помощи своего агента Акаси дало на приобретение 14 500 ружей различным революционным группам 15 300 фунтов стерлингов, т. е. 382 300 франков. Кроме того, им было выдано 4000 фунтов (100 000 франков)». Кроме эсеров в качестве получателей крупных сумм в перехваченном документе значились Грузинская партия социалистов-федералистов (революционеров), Польская партия социалистов и Финляндская партия активного сопротивления.

Оружие было закуплено в столь большом количестве, что стала очевидной невозможность обеспечить его транспортировку ранее купленными яхтами «Сесил» и «Сизи». Революционеры начали переговоры о покупке целого парохода. Российские контрразведчики понимали, что операция по перехвату каналов транспортировки оружия в Россию потребует принятия масштабных мер. Мануйлов предложил руководству Департамента полиции учредить специальные резидентуры внешней контрразведки в семи крупнейших портовых городах Европы: Гамбурге, Кенигсберге, Лондоне, Ливерпуле, Гавре, Марселе и Шербуре. Эту идею активно поддерживал российский посол во Франции А. И. Нелидов, заручившийся в свою очередь поддержкой министра иностранных дел В. Н. Ламсдорфа. После доклада царю этот вопрос был направлен для выработки конкретных практических мероприятий новому министру внутренних дел А. Г. Булыгину. Однако руководство МВД и Департамента полиции подготовили успокоительный ответ, в котором фактически дезавуировали предложения Мануйлова и Нелидова.

В чем же была причина столь неожиданного решения руководства основного силового ведомства Российской империи? Так получилось, что в дело вмешалась сложная политическая и служебная интрига. После убийства членом Боевой эсеровской организации И. Каляевым московского генерал-губернатора и командующего военным округом великого князя Сергея Александровича произошла смена руководства спецслужб. 20 января 1905 г. вместо П. Д. Святополк-Мирского министром внутренних дел был назначен А. Г. Булыгин. Создатель Секретного отделения, командировавший в свое время И. Ф. Мануйлова в Париж, директор Департамента полиции А. А. Лопухин 4 марта 1905 г. получил новое назначение на пост Эстляндского губернатора, а 27 октября и вовсе был уволен в отставку. Новым директором Департамента полиции был назначен С. Г. Ковалевский. Одновременно петербургским генерал-губернатором был назначен Д. Ф. Трепов, получивший диктаторские полномочия для подавления революции. Фактически ему были переданы из ведения Булыгина все полицейские вопросы. Он настоял на возвращении в МВД и назначении на должность вице-директора Департамента полиции по политическим вопросам (с 4 июля 1905 по 11 января 1906 г.) действительного тайного советника П. И. Рачковского.

Петр Иванович Рачковский был ветераном российского политического розыска. Долгое время, с 1885 по 1902 г., он возглавлял Заграничную агентуру Департамента полиции и сумел добиться видного положения в аристократических кругах французского общества. Это был, безусловно, очень талантливый человек, усилиями которого была создана служба Заграничной агентуры Департамента полиции практически во всех европейских странах. Он сыграл большую роль при заключении франко-русского военного союза. Рачковский поддерживал дружеские отношения с крупными политическими деятелями Франции, в частности с президентом Э. Лубэ и наиболее влиятельными кардиналами католической церкви. В 1901 г. он получил аудиенцию у Папы Римского Льва XIII. «Это был прирожденный сыщик, комбинатор и авантюрист», — писал о нем один из первых историков российских спецслужб В. К. Агафонов. В начале XX в. П. И. Рачковский стал активно втягиваться во внешнюю политику и интриги, занимаясь вопросами, которые не входили в его компетенцию. Это стало отрицательно сказываться на его прямых обязанностях и в итоге привело его к отставке в 1902 г.

Отношения с Мануйловым у Рачковского не сложились еще в то время, когда тот прибыл по заданию охранного отделения в Париж в 1895 г. Желая произвести впечатление на служащих парижской префектуры, Мануйлов рекомендовал себя как представителя российского МВД, командированного якобы для негласной проверки деятельности заграничной агентуры, и предложил за вознаграждение помочь французским спецслужбам разоблачить Рачковского.

Однако об этой интриге узнал сам Рачковский и вызвал Мануйлова для выяснения отношений. Тот оказался основательно напуган и поспешил признаться, что действовал по заданию начальника Петербургского охранного отделения Секеринского и других, по мнению Рачковского, «охраненских тунеядцев». После беседы с Рачковским Мануйлов попросту бежал из Парижа и позднее появился уже в Риме. На этот раз он был аккредитован Святейшим Синодом в качестве сотрудника российского представительства при Ватикане.

Деятельность Мануйлова в Риме и особенно его конфиденциальная информация для деятелей святейшего Синода о ситуации в Ватикане во многом подорвали престиж Рачковского в Санкт-Петербурге и за границей. Это в известной степени способствовало его увольнению в отставку 15 октября 1902 г. Поэтому, вернувшись в Департамент полиции в качестве вице-директора по политической части, Рачковский не без внутреннего злорадства дезавуировал все предложения восходящей звезды политического сыска России. Большую роль в дискредитации И. Ф. Мануйлова сыграл протеже Рачковского А. М. Гартинг, возглавлявший при Ратаеве берлинскую агентуру Департамента полиции. Именно его Рачковский в августе 1905 г. назначил руководителем Заграничной агентуры Департамента полиции. «Подхалимство, интриги, подкупы и провокации, царившие в министерствах и департаментах, приводили к тому, что против министров, директоров департаментов и других крупных чиновников создавались группы недовольных, старавшихся всякими путями навредить своим противникам», — писал о нравах, царивших в правящих кругах Российской империи, и в частности в Министерстве внутренних дел того времени, видный общественно-политический деятель, профессор права Петербургского университета С. Г. Сватиков.