В приказах, которые Роммель издал накануне своего отъезда из армии, были рассмотрены самые мелкие детали, касающиеся организации обороны. Передовые минные поля должны были охраняться постами, расположенными отчасти на самих минных полях, а отчасти позади них. Эти посты можно было рассматривать как передовые или вынесенные вперед позиции. В миле позади них должен был располагаться широкий пояс минных полей, на тыловом краю которого возводились главные оборонительные сооружения. Одна из рот батальона, занимавшего одну такую позицию, имела на вооружении 50-мм противотанковые пушки и находилась на передовой позиции, а остальные роты занимали позиции, расположенные сзади. В среднем сектор обороны батальона составлял по фронту 1500 ярдов, а в глубину 5000 ярдов. Роммель правильно определил, что при стандартной британской тактике наступления пехотной дивизии основное время и усилия артиллерии и пехоты будут потрачены на подавление обороны передовых позиций. При подавлении сопротивления передовых позиций будет утрачен не только фактор внезапности, ослабнет также наступательный порыв и темп продвижения. Любая попытка провести атакующие мобильные подразделения сквозь порядки обороны на этом первом этапе неизбежно столкнет их с основными силами обороны на главных позициях с их сильной противотанковой артиллерией, которая, как надеялся Роммель, уцелеет во время артиллерийского обстрела, так как британцы будут опасаться нанести удар по своим наступающим частям. Такая организация наступления была характерна для британцев в предшествующий период Второй мировой войны, а также в Первую мировую войну. Нельзя сбрасывать со счетов и то, что Роммель был автором руководства германской армии по тактике боевых действий пехоты.

Подготовив схему обороны, Роммель был готов передать ее Штумме, который прибыл на место своего нового назначения 19 сентября. Задача исполняющего обязанности командующего была незавидной. Он не мог сравняться по популярности с Роммелем в глазах личного состава танковой армии и знал, что в любом случае у него будут связаны руки. Дело не только в том, что Роммель уже издал все приказы, но также объявил, что, если британцы предпримут крупное наступление, он немедленно вернется в армию. Большинство старших офицеров штаба также были больны. Гаузе, начальник штаба, был вынужден немедленно уехать, у Вестфаля была желтуха, а у Меллентина амебная дизентерия. В африканскую армию и в две германские дивизии за предшествовавшие две недели были назначены новые командующие. Генерал Тома взял на себя командование корпусом, генерал Рандов прибыл, чтобы занять место Бисмарка в 21-й танковой дивизии, а генерал Шпонек сменил Клеемана на посту командира 90-й дивизии легких танков. Штурме повезло хотя бы в том, что командир 15-й танковой дивизии Ферст и командир 164-й дивизии Лунгерсхаузен остались на своих местах. В день прибытия Штумме состоялось совещание с участием генерала Кавалльеро, посвященное вопросам материально-технического снабжения войск. Роммель потребовал, чтобы снабжение морским путем в сентябре было доведено до 30 000 тонн, а в октябре возросло до 35 000 тонн. Необходимо было при малейшей возможности переправить все свободные грузовики через Средиземное море. Нельзя было рассчитывать на проведение успешной оборонительной операции, не имея в распоряжении восьмидневной нормы боеприпасов, запаса горючего на 2000 миль пробега на каждое транспортное средство и месячного запаса продовольствия. Как обычно, в ответ прозвучали щедрые обещания, но, когда Роммель 23 сентября покидал Дерну, у него оставалось мало иллюзий на этот счет.

На следующий день он увиделся с Муссолини и еще раз обосновал необходимость немедленного улучшения снабжения и положения с транспортом в его армии. Как в Риме, так и при встрече с Гитлером и Герингом через несколько дней, у Роммеля сложилось впечатление, что его собеседники считали, что он преувеличивает свои трудности. Роммель уже несколько раз делал такие вещи, которые казались невозможными при существовавшем материально-техническом снабжении. У руководителей не было никаких сомнений, что так будет и на этот раз. Разве не сам Роммель пресекал разговоры о недостатках снабжения, называя их узколобыми увертками интендантов? На этот раз Роммель в красках живописал превосходство в воздухе британских ВВС, что не слишком расположило к нему Геринга. Он повторил свои минимальные требования относительно материально-технического обеспечения войск, и его отправили обратно с обещаниями снабдить африканскую армию моторными паромами, танками «тигр» и дымовыми ракетами, причем было ясно, что к моменту наступления британцев ничего этого нельзя будет доставить в Северную Африку из Германии.

С тяжелым сердцем отправился Роммель на лечение в Австрийские Альпы в Земмеринг. Там он мрачно размышлял о влиянии, которое окажет на ход войны американская индустриальная мощь, если немецкие подводные лодки не смогут надежно перерезать коммуникации в Атлантике. В противном случае поставки из США смогут решить исход войны не в пользу Германии. Мыслями он по-прежнему был со своей танковой армией, а письма, которые приходили от Штумме и Вестфаля, мало помогали Роммелю обрести душевный покой. Хотя работы на минных полях и оборонительных сооружениях продвигались вперед быстрыми темпами, а со стороны противника не наблюдалось никакой активности ни на суше, ни в воздухе, не было сомнений, что с каждым днем 8-я армия и военно-воздушные силы пустыни становятся сильнее. Воздушные налеты на Тобрук продолжались каждую ночь, а цена морских перевозок возросла. Большое количество судов было потоплено в сентябре, и еще больше было повреждено авиационными торпедами за период с 15 по 23 октября. Только малая часть грузов могла быть доставлена на фронт перед началом сражения. Хотя ситуация со снабжением улучшилась, оно не достигло даже минимальных требований Роммеля.

Отсутствие командующего отрицательно сказывалось на моральном состоянии солдат и офицеров немецкой танковой армии. Надежды на захват Египта развеялись в умах самых лучезарных оптимистов. Не уменьшилось число заболевших, а мухи превратились в настоящий бич. Большая часть итальянцев, за исключением солдат недавно прибывшей дивизии «Фольгоре», утратила интерес и желала только одного – скорейшего окончания войны. Противоречия между итальянцами и немцами, начавшиеся в верхних эшелонах, распространились вниз, на все уровни «сандвичей», созданных совместными усилиями германского и итальянского командования. Однако на возведении оборонительных сооружений все работали с одинаковым рвением, так как от качества этих сооружений зависело выживание солдат. Особое внимание было обращено на минные поля и на установку противопехотных мин и мин-ловушек среди противотанковых мин. На северном участке фронта, позади исходной линии укреплений уже к середине октября была возведена новая полоса оборонительных сооружений, но на юге работы ограничились усилением первого и второго британских минных полей, которые были известны в 8-й армии под названиями «Январь» и «Февраль». Артиллерия молчала, отчасти из соображений экономии снарядов, но, главным образом, из опасения открыть противнику схему расположения батарей, которые теперь были выведены из зоны досягаемости британской полевой артиллерии. Для выполнения задач артиллерию выдвигали на временные передовые позиции, а по выполнении задачи скрытно уводили на исходные позиции. Пехота по ночам тоже отдыхала, практически не высылая разъездов и патрулей. В результате немцы имели слабое представление о том, что происходит по другую сторону «ничьей земли», которая местами достигала ширины одной-двух миль, разделявших минные поля противоборствующих сторон. Немецкие и итальянские бронетанковые соединения не меняли позиций и оставались на месте. Эти дивизии должны были действовать быстро при создании угрозы фронту, как это сделала 21-я танковая дивизия, когда 131-я бригада нанесла удар по дивизии «Фольгоре» в конце сентября. В светлое время суток в войсках происходили перемещения автотранспорта, учебные стрельбы и тренировка личного состава. Количество танков в двух танковых дивизиях равнялось 220, из которых большую часть составляли устаревшие «Марк-III» с короткоствольными 50-мм орудиями, а у итальянцев было 318 средних танков и 21 легкий танк.