Дальнейшее пребывание у панамских берегов становилось бессмысленным. Настала пора подумать о том, как доставить захваченную добычу на родину. Дрейк предложил еще раз наведаться на реку Магдалену: там можно было подстеречь какой-нибудь добротный испанский корабль и достать необходимое количество провианта. Команда единодушно поддержала своего капитана.

В открытом море англичане вновь встретили французское судно, на котором находились товарищи пропавшего капитана Тетю (позже стало известно, что испанцы обезглавили французского капитана, а его голову выставили на всеобщее обозрение в Номбре-де-Дьосе). Французские моряки согласились сопровождать фрегат Дрейка до острова Сан-Бернардо, после чего отвернули в сторону и ушли своей дорогой.

Очутившись у входа в Картахенскую бухту, корсары заметили в ней испанский «серебряный флот», который как раз снимался с якоря. Подняв на мачтах флаг с крестом Святого Георгия и разноцветные шелковые вымпелы, Дрейк гордо прошел на виду у испанцев в сторону устья Магдалены. Там, в двух лигах от устья, англичан застала ночь и они легли в дрейф. Примерно в два часа пополуночи течение реки вынесло в море легкий испанский фрегат водоизмещением около 25 тонн. Корсары тут же начали стрелять по нему из пушек, мушкетов, луков и арбалетов; с фрегата ответили несколькими орудийными выстрелами. Пока испанцы перезаряжали свою артиллерию, англичане приблизились к их судну вплотную и взяли его на абордаж. Овладев призом, Дрейк и его люди обнаружили на его борту большой запас провизии: маис, мед, кур и свиней, а также немного денег.

На рассвете капитан велел высадить всех пленных испанцев на берег и возвращаться на старую базу к Панамскому перешейку. Прибыв туда через пять дней, англичане поставили свои фрегаты на якорь и выгрузили часть маиса на берег. Затем в течение недели они занимались кренгованием судов и починкой такелажа. Пинасы были расснащены и преданы огню.

За день или два до отплытия Дрейк пригласил на борт фрегатов Педро и трех его ближайших помощников, чтобы сделать им подарки. Для их жен капитан выбрал несколько отрезов шелка и полотна, но неожиданно на глаза вождю марунов попалась сабля, подаренная Дрейку капитаном Тетю. Вождь сразу же загорелся желанием получить ее вместо всех прочих предложенных ему вещей. Дрейк изменился в лице. Ему не хотелось расставаться с подарком французского капитана, но, не желая обидеть Педро, он все же отдал саблю ему.

Распрощавшись с марунами, англичане подняли паруса и взяли курс на западную оконечность Кубы — мыс Сан-Антонио. Обогнув его, они пошли в сторону Гаваны и через несколько дней перехватили в море небольшой испанский барк. На его борту обнаружили несколько сотен шкур и помпу для откачки воды. Шкуры корсаров не заинтересовали, но помпа в виду намечавшегося трансатлантического перехода показалась им весьма полезной вещью. Конфисковав ее, Дрейк позволил испанцам плыть дальше.

Вернувшись к мысу Сан-Антонио, англичане высадились на песчаный берег и сначала пополнили запасы провизии за счет найденных днем черепашьих яиц, а затем за счет пойманных ночью двухсот пятидесяти черепах. Часть черепах они съели на том же берегу, а часть, засолив и высушив, взяли с собой в дорогу.

От берегов Кубы Дрейк направился в сторону Флориды, а оттуда начал переход через Атлантику. Довольно быстро, всего через 23 дня, он достиг островов Силли, откуда рукой было подать до Плимута.

9 августа 1573 года, когда в церкви Святого Андрея проходила воскресная служба, участники экспедиции благополучно прибыли в Плимутскую гавань. Из семидесяти четырех человек на родину вернулось сорок. Известие о возвращении Дрейка молниеносно облетело весь город; прихожане толпой выбежали из церкви и бросились на пристань встречать своих героев. Священник запер двери храма на замок и поспешил за ними.

В следующем столетии английский поэт и драматург Уильям Давенант (1606–1668) посвятил панамской экспедиции Дрейка драму, озаглавленную «История сэра Фрэнсиса Дрейка, выраженная с помощью инструментальной и вокальной музыки, а также зрительного искусства». Спектакль, насыщенный музыкой, танцами и песнями моряков и симарронов, был встречен публикой на ура.

Нет сомнений, что Дрейк и его люди вернулись из плавания богатыми людьми. После раздела добычи он, по некоторым оценкам, получил не менее 20 тысяч фунтов стерлингов — и как командир экспедиции, и как собственник одного из кораблей. Но поскольку новые политические реалии — наметившееся сближение Англии с Испанией — явно диссонировали с антииспанскими действиями Дрейка, ему пришлось почти на два года уйти в тень.

Весной 1575 года, имея рекомендательное письмо от Джона Хокинса, капитан Дрейк поступил на службу к графу Эссексу. Последнему королева поручила подавить восстание в Ирландии, организованное вождями местных кланов против британских колонизаторов. Сохранился «Отчет о жалованье, выплаченном тем, кто находился под командованием графа Эссекса с 30 апреля по 16 октября 1575 года», в котором содержится список кораблей и капитанов, участвовавших в ирландской экспедиции. Первым в списке значится корабль «Фалкон» под командованием Фрэнсиса Дрейка; далее — фрегат «Рэндир» и вспомогательное судно «Корк» под командованием капитана Джеймса Сидея; затем — судно «Лимнер» капитана Джона Поттера; и, наконец, флибот «Форчунейт» под командованием шкипера Джорджа Аллена. По мнению Дж. Корбетта, Дрейк мог быть владельцем двух или даже трех судов, указанных выше.

В июле того же года под командованием Дрейка находились три фрегата, которые обеспечивали переброску отряда Джона Норриса на остров Ратлин, расположенный у северного побережья Ольстера; на этом острове укрылась часть ирландских «мятежников» вместе с женщинами, детьми и стариками. Ирландцев защищал небольшой шотландский гарнизон, засевший в замке Брюс-Касл. Первая атака на замок была отбита, но когда англичане доставили на берег две пушки, шотландский гарнизон согласился капитулировать. Однако едва защитники замка и гражданские лица обоих полов вышли из ворот крепости, солдаты Норриса набросились на них и устроили кровавую бойню. По английским данным, было вырезано около двухсот человек. Затем каратели в течение нескольких дней рыскали по пещерам, фотам и ущельям острова, убивая прятавшихся там стариков, женщин и даже детей. Участвовал ли Дрейк в этом варварском избиении — неизвестно. Но, зная, как в дальнейшем он поступал с пленными — всегда с подчеркнутой учтивостью, — его биографы ставят под сомнение возможность участия капитана в столь жестокой акции. Скорее всего, Дрейк оперировал на море, где английские фрегаты захватили и сожгли 11 шотландских галер.

Во время ирландской кампании Дрейк подружился с Томасом Даути — бывшим доверенным слугой графа Эссекса, человеком «смелым, набожным и весьма образованным». Вместе они вернулись в Англию осенью 1575 года. В это время англоиспанские отношения вновь стали напряженными, и «партия войны» при дворе Елизаветы, возглавляемая новым государственным секретарем Фрэнсисом Уолсингемом, готова была начать активные антииспанские действия. Дрейк привез с собой в Лондон письма графа Эссекса, рекомендовавшие его Уолсингему как способного человека, который, учитывая его прошлый опыт, мог быть использован «для службы против испанцев».