От Сантьягу флотилия Дрейка двинулась в юго-западном направлении, обходя с юга гористые острова Фогу и Брава. Флетчер дал красочное описание действующего вулкана на Фогу:

«Собираясь запастись питьевой водой, мы подошли к острову Фогу, расположенному южнее Сантьягу. Он получил свое название от португальцев, поскольку постоянно извергает огонь весьма необычным образом, значительно превосходя Этну, как мне кажется, а я видел их обоих. Так что этот остров можно с уверенностью назвать одним из чудес света, ибо в его северной части возвышается большая гора, вершина которой достигает, по приблизительной оценке, шести английских миль, а то и больше. Полый внутри, этот пик устремляется ввысь наподобие шпиля. Подножие горы находится в глубинах моря, а из ее огромной воронки сначала выходит, словно из дымохода, весьма густой дым, который в полуденное время, когда солнце стоит в зените, наполняет воздух и полностью затмевает его большой диск, так что не видно даже луча света; ни один ночной мрак не сравнится с этим. Когда дым рассеивается, тут же вырывается наружу множество языков пламени — с такой силой и стремительностью, что кажется, они готовы пронзить небеса, а свет, исходящий от них, столь ярок, что даже самая темная ночь кажется ясным солнечным днем. Затем, когда пламя исчезает, следом идет огромная масса пемзы, разбрасываемая в воздухе во все стороны. Падая вниз, куски пемзы покрывают воду, и их, плавающих на поверхности моря, собирают, словно губки. Наконец, выбрасывается множество тяжелых черных твердых пород, застывших, словно кузнечная зола, которые, едва попадая в воздух, тут же с шумом катятся по склону вниз, к подножию, где, накапливаясь, постоянно увеличивают толщину горы. Это зрелище сразу же показалось нам необычайным и страшным, демонстрирующим огромное, непостижимое могущество Господа, пути коего неисповедимы».

Англичане попытались найти удобную стоянку возле соседнего с Фогу острова Брава, чтобы пополнить здесь запасы питьевой воды, но лот нигде не мог достать дна. Пришлось лечь в дрейф и спустить на воду шлюпки. По словам Флетчера, на Браве не было постоянного населения — моряки нашли там лишь хижину какого-то монаха-отшельника, который, завидев их, бросил «реликты своего фальшивого вероучения» и убежал.

Брава оказался «самым зеленым и цветущим островом» во всем архипелаге: на нем росло множество ореховых, фиговых, апельсиновых, лимонных и банановых деревьев, а также кокосовых пальм; с живописных склонов к морю стекали прозрачные ручьи, напоминавшие «серебряные струи».

1 февраля, когда шлюпки доставили на корабли воду и фрукты, Дрейк освободил всех пленных португальцев, отдав им свой новый пинас (тот, что был собран на Могадоре) вместе с небольшим запасом вина, хлеба и рыбы. Настало время пересечь Атлантику. На следующий день, воспользовавшись попутным ветром, корабли распустили паруса и пошли от островов Зеленого Мыса на зюйд-зюйд-вест, в сторону Южной Америки.

Во время перехода через Атлантический океан согласию, царившему на кораблях флотилии, пришел конец. Между Дрейком и его бывшим приятелем Томасом Даути начались серьезные трения. Два летописца экспедиции, Фрэнсис Флетчер и Джон Кук, утверждают, что проблемы с Даути начались после того, как он был переведен с борта «Кристофера» на призовое судно «Мэри» в качестве капитана. Компилятор их дневников пишет: «Дело приняло дурной оборот после одного столкновения с генералом, в котором Даути стоял на страже чести своей и всего дела. Когда у африканских берегов было захвачено португальское торговое судно, генерал назначил его капитаном Даути и приказал ему хранить доставшуюся добычу, не делая исключений ни для кого. Но на грех на этот же корабль был назначен и брат генерала Томас Дрейк, и будто бы этот Томас Дрейк нарушил запрет, взломал один из ящиков и запустил в него свою жадную руку. Даути узнал об этом и доложил по долгу службы своему начальнику. Фрэнсис Дрейк, говорили люди, пришел в неистовый гнев и кричал на Даути, что тот хочет запятнать честь не только его брата, Томаса, но и его лично, но что он, генерал, этого не допустит. Надо правду сказать, что характер нашего командира был властный и крутой».

Дрейк опросил членов команды «Мэри». Трубач Джон Брюэр (паж сэра Кристофера Хэттона), корабельный плотник Эдвард Брайт и некоторые другие заявили, что воровал не брат генерал-капитана, а Даути. Тогда решено было обыскать каюты обоих подозреваемых. Среди вещей Томаса Дрейка ничего подозрительного не нашли, зато в каюте Даути обнаружили кое-какую мелочь, принадлежавшую португальцам и не внесенную в общую опись: пару перчаток, горсть монет и небольшое кольцо. Оправдываясь, Даути сказал, что эти вещи не имели особой ценности и были открыто, при свидетелях, подарены ему одним из португальских пленников. Принятие подобных «презентов» не считалось преступлением.

Отстранив Даути от командования призом, Дрейк приказал ему перейти на борт «Пеликана», чтобы командовать там солдатами в его отсутствие; сам же генерал-капитан временно остался на борту «Мэри». Вслед за Даути на флагманский корабль был отправлен и доверенный человек Дрейка — Джон Брюэр. Ему, по всей видимости, было поручено провоцировать Даути с целью последующей его компрометации. Брюэр успешно справился с поставленной задачей. В один из дней Даути набросился на него с бранью, употребив выражения, которые весьма задели Дрейка (по мнению некоторых авторов, Даути велел матросам стащить с Брюэра штаны и отлупить его палками). Генерал-капитан приказал Даути подойти к борту «Мэри» на шлюпке и, отказавшись выслушать его, крикнул:

— Оставайтесь в лодке, Томас Даути, ибо я отправляю вас на «Суон», где отныне вы будете содержаться под стражей!

Джон Честер, командовавший «Суоном», приставил к заключенному надзирателя в лице Хью Смита, которому было велено «не вступать с ним в беседы и не брать из его рук никаких вещей». Мастер «Суона», Джон Сэроколд, имел репутацию грубой скотины и, вероятно, должен был позаботиться о том, чтобы сделать пребывание Даути на борту флибота невыносимым.

Переход флотилии Дрейка через Атлантику занял 63 дня. 17 февраля, согласно данным Клиффа, корабли пересекли экватор (Нуньо да Силва записал, что это случилось 20 февраля).

«Почти весь переход пришелся на тропический пояс, — читаем в отредактированных записках Флетчера, — и мы на собственном опыте убедились, как несправедливы были древние, когда они говорили, что под тропиками не может быть жизни вследствие невыносимой жары и солнечного света. Для нас тропики и на воде, и на суше были земным раем. Единственное, от чего мы несколько страдали, это от необходимости беречь запас воды. Но и то в течение долгого времени, по обе стороны экватора, мы каждый день имели дождь…

Много мы дивились и любовались на летающую рыбу, которой видели множество. Когда за ней гонятся дельфины или крупная рыба, она при помощи своих плавников, которыми пользуется, как птица крыльями, взлетает в воздух на довольно значительную высоту. Но она не может держаться в воздухе долго; после десяти-двенадцати взмахов ей снова надо опуститься в воду. Иногда она падает на палубу идущих кораблей. Мы отметили дорогой еще следующие явления. Так, если после дождя, который ежедневно лил на экваторе, промоченное платье не стиралось вскоре и не просушивалось, оно истлевало и превращалось в прах. Далее, под тропиками совершенно исчезла вошь, которая так мучила многих наших матросов с момента отправления из Англии… Когда мы подходили к бразильским берегам, на нас нельзя было найти ни одного насекомого. Наконец, когда мы находились на экваторе и солнце стояло в зените, тела наши не давали никакой тени».